黃麻全基因組SSR鑒定與特征分析

姚嘉瑜 張立武 趙 捷 徐 益,2 祁建民 張列梅,*

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黃麻全基因組SSR鑒定與特征分析

姚嘉瑜1,**張立武1,2,**趙 捷1徐 益1,2祁建民1張列梅1,*

1福建農林大學作物遺傳育種與綜合利用教育部重點實驗室 / 福建省作物設計育種重點實驗室 / 作物科學學院, 福建福州 350002;2福建農林大學海峽聯合研究院基因組與生物技術中心, 福建福州 350002

黃麻是世界上重要的天然韌皮部纖維作物之一。然而, SSR標記的缺乏限制了黃麻的遺傳改良。本研究從圓果種黃麻測序品種CVL-1的基因組、基因、CDS和cDNA中挖掘SSR信息, 利用SSR Primer軟件查找SSR位點, 并分析其分布特征。結果表明, 基于基因組序列共開發了153,242個基因組SSR, 平均密度為467.20個SSR Mb–1; 基于cDNA序列開發了10,747個SSR, 平均密度為260.85 SSR Mb–1。大部分重復基元為二至四核苷酸, 占76.91%, 其中cDNA序列SSR中三核苷酸重復基元數量較多而基因組SSR中二核苷酸重復基元數量較多。對于不同類型的SSR重復基元, 隨著重復單元數量的增加, 其基因組和cDNA的SSR分布頻率呈現逐步降低特征。黃麻全基因組SSR標記鑒定, 不僅可以豐富黃麻分子標記的數量, 而且為剖析黃麻重要農藝性狀的遺傳機制奠定基礎。

黃麻; 基因組; cDNA; SSR

黃麻為錦葵科(Malvaceae)黃麻屬(spp.)一年生次生韌皮部纖維作物, 其纖維產量占世界麻類纖維總產量的80%。黃麻屬有100多個種, 具有栽培價值的有圓果種()和長果種(), 兩者具有不同生長習性, 存在生殖隔離, 皆為二倍體(2= 14), 主要在孟加拉、印度和中國等國家種植[1-3]。在世界范圍內, 黃麻的產量和種植面積僅次于棉花, 是麻紡工業的重要原料, 每年黃麻生產產值達到23億美元[3]。……