基于轉錄組數據的網絡分析挖掘鼻咽癌與口腔鱗癌的共享功能模塊

陳應堅，廖苑君，林帆，孫勝南，趙小蕾，覃繼恒，饒紹奇

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基于轉錄組數據的網絡分析挖掘鼻咽癌與口腔鱗癌的共享功能模塊

陳應堅1,2，廖苑君1,2，林帆1,2，孫勝南1,2，趙小蕾2，覃繼恒2，饒紹奇2

1. 廣東醫科大學公共衛生學院，東莞 523808 2.廣東醫科大學醫學系統生物學研究所，東莞 523808

鼻咽癌和口腔鱗癌是兩種在臨床上高度相關的疾病，從分子層面系統性研究這兩種疾病的相互關系卻鮮見報道。本研究通過大規模的轉錄組數據分析識別鼻咽癌和口腔鱗癌的共享功能模塊及其核心基因(一因多效模塊和基因)，以期闡明這兩種疾病共享的分子機制。從GEO數據庫獲取這兩種癌癥的兩套轉錄組數據，應用倍數法和經驗貝葉斯方法篩選出鼻咽癌差異表達基因1279個，口腔鱗癌差異表達基因1293個，其中兩者共享基因278個。以共享基因為種子，通過蛋白質-蛋白質互作知識引導構建基因網絡，其中最大子網包含1290個基因和1766互作對。應用Newman算法提取了15個共享功能模塊。對這些模塊進行拓撲學分析，挖掘出58個核心基因，包括已知的與鼻咽癌或口腔鱗癌相關的基因(如、、、和等)和鮮有報道的基因(如、、、和等)。通路富集分析發現鼻咽癌和口腔鱗癌的共享功能模塊參與多個生物學通路，包括p53信號通路、ECM受體相互作用、黏著斑、細胞周期等。本研究表明鼻咽癌和口腔鱗癌具有相似的致癌機制，所挖掘的共享模塊可能是這兩種疾病演化的核心分子相互作用機制。

鼻咽癌；口腔鱗癌；基因芯片；……