明亡后,永樂正本也不知其蹤。正本去了哪里?后人主要有以下幾種不同的看法:
一是隨明世宗殉葬于永陵說。因為在明代帝王中,曾閱讀過《永樂大典》的,僅孝宗、世宗兩人。世宗對《永樂大典》“殊寶愛之”,所以正本極有可能殉葬于永陵。在明代,生者所愛書籍殉葬不乏其人,如20世紀山東發(fā)掘魯荒王朱檀墓時就有《黃氏補千家集注杜工部詩史》等典籍。而明永陵的宏偉超過明代諸陵,以其建筑規(guī)模,也存在殉葬《大典》正本的可能。但嘉靖四十五年十二月朱厚熜(即明世宗)逝世,次年隆慶元年三月辦完喪事,而《大典》錄副工作到四月份才告結(jié)束,沒有正本錄副就無法進行,永陵說疑問重重。
二是有研究認為藏于皇史宬夾墻。歷史學家、山東大學教授王仲犖先生等認為修成于明世宗嘉靖十三年(1534年)的皇史宬,大殿墻壁奇特,東西墻厚3.5米,南北墻厚6.1米,為建筑中所罕見?!队罉反蟮洹氛居锌赡懿赜诨适穼k夾墻內(nèi)。
三是郭沫若等先生提出的大典毀于明亡之際的看法,認為正本是被李自成率領農(nóng)民起義軍焚毀了。
四是毀于清朝乾清宮大火一說。據(jù)《鮚埼亭集外編》記載:雍正年間,《永樂大典》副本由皇史宬移藏翰林院,全祖望在翰林院看時發(fā)現(xiàn)有缺,于是猜測正本“乃知其正本尚在乾清宮中,顧莫能得見者”。到清末,繆荃孫不但承襲此說,還進一步發(fā)揮:“嘉慶二年(1797年),乾清宮一場大火,正本被燒毀了?!庇械膶W者指出這沒有根據(jù)。因為乾隆曾清理宮藏圖書,所有善本全部集中乾清宮旁的昭仁殿。但是《永樂大典》有1萬多冊,如正本在乾清宮是極易被發(fā)現(xiàn)的,《天祿琳瑯書目》中未編入《大典》,證明正本當時并沒有藏在乾清宮中。