絕大多數的牛仔褲是用人工合成靛藍染色的,這種染料模仿了從木藍屬植物(Indigofera)中提取的染料。靛藍染料的合成過程需要甲醛在內的多種有毒化學品,染色過程也是如此,造成了巨大的污染。在世界有些地區,牛仔布工廠附近的河流呈現藍色,毒害、殺死魚類,影響著工人和居民的健康。由于每年生產的靛藍染料超過4萬噸,靛藍造成的污染十分嚴重。
加州大學伯克利分校的研究者試圖讓藍色牛仔褲的制作過程更環保,他們改造了一種大腸桿菌,使其成為生產靛藍前體的“化工廠”。這種前體性質穩定,可以一直保存到需要用的時候。傳統的合成靛藍需要化學加工來還原、溶解靛藍染料,使其能在棉布纖維上析出。而這種大腸桿菌生產的前體則不同,它只需要一種額外的酶,且最后的成品與傳統合成靛藍“一模一樣”。
然而,牛仔布制造中出現的大量污染源于染色后的漂洗以及為了做舊效果的打磨,即使是由細菌生產的靛藍染色的,依舊會在沖洗時產生骯臟的污水,而這種細菌生產的靛藍造成的污染不會比原先更少。