也談科技期刊中幾種常見分子生物學名詞符號的規范編排

周桂蓮，許育彬，席美麗，華千勇

(西北農林科技大學《麥類作物學報》編輯部 陜西楊凌712100)

大多數生物學、農學和醫學期刊都會刊登分子生物學論文。這類論文中常常涉及到基因、基因在染色體上的位點以及引物、分子標記等內容。盡管這些內容早已不是什么新鮮事物，但在許多期刊發表的這類論文中，基因、位點、引物、分子標記、引物序列等符號的編排格式至今仍然五花八門；而且因為無據可依，致使許多編輯人員無所適從。雖然已經有人撰文探討過基因、蛋白質、內切酶、病毒和質粒的正斜體編排問題[1-5]，但論述都比較簡短，且都未涉及基因位點、引物、分子標記等符號以及基因芯片型號、引物的核苷酸序列、基因符號中阿拉伯數字的規范編排問題，有些文章還給出了一些含糊甚至錯誤的信息，比如有文章稱：“按照《TIG 遺傳命名指南》[6]，人類基因的符號由斜體大寫的拉丁字母與正體的阿拉伯數字組成。”這其中“正體的阿拉伯數字”就是個錯誤信息，《TIG遺傳命名指南》中并沒有這樣的信息。因此，本文統計分析了國內外 130種生物學期刊關于這些符號的編排格式，提出了這些符號的規范使用建議。

1 國內外科技期刊中幾種常見分子生物學名詞符號的現行編排格式

1.1 問題調查與數據統計方法

在中國知網《期刊全文數據庫》中選取80種近幾年刊登分子生物學論文較多的學術性中文科技期刊，其中，生物學期刊20種，農學期刊30種，醫學期刊30種；在美國《科學引文數據庫》中選取50種近幾年刊登分子生物學論文較多的英文科技期刊，其中，生物學期刊10種，農學期刊20種，醫學期刊20種。于2017年6月下旬，分別用“分子標記”“基因”“位點”“引物序列”“基因芯片”(或其相應的英文)為關鍵詞逐刊檢索其2016年以來發表的論文，每刊取不同期號發表的2～4篇文章，統計其中基因、基因位點、引物、分子標記符號以及SNP基因芯片型號的編排格式，同時統計了引物序列轉行時是否加有連字符的情況。

1.2 調查結果與分析

1.2.1 基因符號的現行編排格式

簡單地說，基因是含特定遺傳信息的核苷酸序列，是遺傳信息的最小功能單位[7]。具體一點說，基因是基因組序列中與調控、轉錄和/或其他功能序列相關聯的有確定位置的區段，對應于一個遺傳單位[8]。基因的命名在不同物種間還沒有統一的規則，但各物種內的基因命名已趨于遵循統一的規則，具體可參見有關文獻[6-12]。比如細菌的基因符號由3個小寫斜體字母組成，具有相同表型的不同基因座(locus，如今一般被翻譯為基因位點)突變用斜體大寫字母后綴相區別，等位基因用緊隨基因座名稱后的一系列特定的數字來表示[6]，如araA2表示ara基因座A的2位突變。因為每一個物種都有一個國際性的基因命名委員會，已經注冊的基因都已被命名，并且經過了有關委員會的審批[6-10]，作者在撰寫論文時，一般都會自覺采用已有的名稱；在命名新發現的基因時，一般也都會遵循本物種的基因命名規則。因此，絕大多數學術期刊中出現的問題都不是基因名稱是否正確，而是基因符號的編排格式不規范。最普遍的問題是基因符號的正斜體格式不規范。在《TIG遺傳命名指南》[6]中，所有基因符號中的字母都被要求為斜體，包括表示復等位基因的上角標字母(如豌豆crtys)在內；數字的正斜體雖然沒有明確要求，但所有舉例中，無論是阿拉伯數字還是羅馬數字，也不管它們在基因符號的末尾、中間，還是上標位置，一律都是斜體(例如細菌基因lacA1，lac-23；枯草芽孢桿菌突變體基因spo0A，spoⅡB；斑馬魚基因cyctf219)，未見一處例外。而從表1可知，在筆者調查的80種國內學術期刊中，基因符號有多種編排格式，其中，所有字母和數字均為斜體的期刊只占36.25%，字母為斜體、數字為正體的期刊占31.25%，還有少量期刊是部分字母為斜體、部分字母(比如代表基因座的大寫字母)和數字為正體(比如將大腸桿菌aroG 基因寫成aroG)；最不應該發生的情況是，在不同文章，尤其是不同期號的不同文章中，格式不統一，在這一篇文章中是字母和數字均為斜體，在另一篇文章中是字母斜體、數字正體，這樣的期刊還不少，占到了總數的13.75%。這正是沒有統一標準造成的不良后果。

國外 SCI收錄期刊的格式統一度要高得多。在所調查的 50種期刊中，基因名稱和基因符號的字母和數字均為斜體的期刊占 90.00%；字母為斜體、數字為正體的期刊占 10.00%，多為亞非拉國家主辦的期刊；沒有字母和數字均為正體的期刊。

1.2.2 基因位點符號的現行編排格式

基因在染色體上占有的特定位置叫基因位點，又稱為遺傳基因座[13]。一個基因位點上往往存在兩個或兩個以上的基因，這些基因被稱為等位基因或復等位基因[14]。基因位點符號一般也都由字母和阿拉伯數字組成，有時也會有連字符。在《TIG遺傳命名指南》[6]中，基因位點(locus)被翻譯為基因座，一般是在基因符號后加上適當的后綴來表示；基因位點符號中的字母和數字也都為斜體，如 1B染色體上控制小麥株高的位點符號為 Rht-B1。國內學術期刊在基因位點符號的編排格式上更為混亂(見表 1)，在筆者調查的 80種期刊中，字母和數字均為正體的期刊比例最大(32.50%)；字母和數字均為斜體的期刊次之(27.50%)；字母為斜體、數字為正體的期刊也占有不小的比例(21.25%)；在不同文章中格式不統一的期刊占 18.75%，其中個別期刊在同一篇文章中前后的格式都不一致，有的是字母和數字均為正體，有的是字母斜體、數字正體。

國外 SCI收錄期刊的格式也不夠統一，但與基因符號的情況相似，仍然以字母和數字均為斜體者占絕大多數(82.00%)；字母為斜體、數字為正體的期刊只占 10.00%；不同文章中格式不統一的期刊占8.00%。后兩類多為亞非拉國家主辦的期刊。

1.2.3 引物和分子標記符號的現行編排格式

引物(primer)是人工合成的、作為 DNA 復制起始點的兩段寡核苷酸序列[15]。分子標記(molecular markers)有廣義和狹義之分。廣義的分子標記是指可遺傳并可檢測的 DNA序列或蛋白質，狹義的分子標記是指 DNA標記，也就是能反映生物個體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段[16]。

引物和分子標記的符號一般也都由字母和數字組成，應該用正體還是斜體，也沒有統一規定，國內學術期刊在其編排格式上也不夠統一(見表 1)。在筆者調查的 80種中文期刊中，引物符號中的字母和數字均為正體的期刊占 70.00%，字母和數字均為斜體的期刊占 8.75%，在不同文章中正斜體格式不統一的期刊占 21.25%；分子標記符號中的字母和數字均為正體的期刊占48.75%，字母和數字均為斜體的期刊占16.25%，字母為斜體、數字為正體的期刊占 7.50%，在不同文章中或者同一篇文章的正文與圖表中正斜體格式不統一的期刊占27.50%。

SCI收錄的國外期刊中，引物符號的格式比較統一，字母和數字均為正體的期刊占86.00%，均為斜體的期刊占12.00%；不同文章中格式不統一的期刊只占2.00%；分子標記符號的格式也比較統一，字母和數字均為正體的期刊占 82.00%，均為斜體的期刊占12.00%；不同文章中格式不統一的期刊占6.00%。

表1 國內外科技期刊所發表的分子生物學論文中幾種常見名詞符號的編排格式Tab.1 Formatting of normal nouns and symbols for molecular biology papers published in domestic or overseas sci-tech journals

需要特別說明的是，有一類 SSR(Simple sequence repeats)標記，比如檢測小麥抗病基因的 SSR標記 Xcfd81、Xwmc154、Xgwm429等等，其符號開頭的 X代表基因位點，所以這類標記符號一般都被排為斜體，這是應該的。同一種期刊的不同論文或同一篇論文中，這類標記被排為斜體，其他標記(如SCAR標記 SCAR203)被排為正體，筆者在調查統計時，未將其視為“格式不統一”。

1.2.4 引物序列的現行編排格式

引物序列(Primer sequences)即引物的核苷酸序列，也就是 DNA或 RNA中堿基的排列順序，如 5'-GTGATGAAGTCGGAGTGGCA-3'，其中的 A、T、G、C代表4種堿基。有些引物比較長，含有四五十個堿基，排版時往往需要轉行，轉行時，不宜在堿基之間加連字符，因為一個連字符代表一個省略的堿基，轉行時所加的連字符容易被誤認為省略了一個堿基。

國內中文期刊中，引物序列符號轉行時不加連字符的期刊占 57.50%，轉行時加連字符的期刊占42.50%。SCI收錄的國外期刊中，引物序列符號轉行時不加連字符的占 92.00%，轉行時加連字符的占8.00%，后者基本為亞洲和非洲期刊。

1.2.5 SNP基因芯片型號的現行編排格式

基因芯片又稱DNA 芯片(DNA chip)、DNA 微陣列(DNA microarray)、DNA 微陣列芯片(DNA microarray chip)，是以預先設計的方式將大量的生物訊息密碼(寡核苷酸、cDNA、基因組DNA 等)固定在玻片、硅片、聚丙烯膜、尼龍膜等固相載體上組成的密集分子陣列[17]。其中的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms，單核苷酸多態性)基因芯片有90K、60K等不同型號。SCI收錄的國外期刊中，這種K為大寫者占96.00%，為小寫者僅占4.00%，并且與數字之間均無空格。但國內中文期刊中，這種K有大寫、小寫、與數字之間留空格和不留空格4種格式，如90K、90,K、90k、90,k，有時同一篇論文中出現4種或3種格式：K為大寫、與數字之間無空格的期刊占38.75%；K為小寫、與數字之間有空格或無空格的期刊占17.50%；在不同文章或同一篇文章中格式不統一的期刊占31.25%。

2 上述符號的規范編排建議

沒有統一的國家標準，可能是造成我國眾多科技期刊分子生物學名詞符號編排不規范的主要原因。因此，中國科技期刊編輯學會應該盡快牽頭制定與上述分子生物學符號編排格式有關的國家標準，讓相關期刊有據可依。在標準制定中，應以《TIG遺傳命名指南》為基準，以方便期刊排版操作為原則，以多數國際性期刊的習慣格式為標樣。筆者在此提出幾點建議，供標準制定者和有關期刊參考：①根據《TIG遺傳命名指南》及90%國外期刊的慣例，建議基因和位點符號中的字母和數字都用斜體。②根據 80%以上國外期刊的慣例，建議引物和標記符號中的字母和數字都用正體。③將引物序列盡量排在同一行，必須轉行時，一定不要加連字符。④根據 95%以上國外期刊的慣例，建議SNP基因芯片型號中的字母大寫，字母與數字之間不留空格。■

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