人HNRNPA1基因及蛋白質(zhì)的生物信息學(xué)分析

馬素珍，劉丹丹，張方方，潘曉麗，劉勝利，朱艷琴

(河南中醫(yī)藥大學(xué) 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心，河南 鄭州 450008)

采用生物信息學(xué)的方法分析人HNRNPA1基因的啟動(dòng)子情況及蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)、信號(hào)肽及NLS、親疏水性、跨膜區(qū)域、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、相互作用的蛋白質(zhì)及GO注釋.選擇合適軟件對(duì)HNRNPA1相關(guān)信息進(jìn)行分析.結(jié)果顯示，預(yù)測(cè)的HNRNPA1基因存在1個(gè)啟動(dòng)子；HNRNPA1蛋白質(zhì)是由372個(gè)氨基酸組成的具有NLS、無(wú)跨膜結(jié)構(gòu)的親水不穩(wěn)定蛋白質(zhì)，其等電點(diǎn)為9.17；哺乳動(dòng)物中氨基酸序列高度保守；二級(jí)結(jié)構(gòu)以無(wú)規(guī)卷曲為主，預(yù)測(cè)的三級(jí)結(jié)構(gòu)經(jīng)拉曼圖分析可信度高；HNRNPA1多定位于細(xì)胞核，與RNA的選擇性剪接及mRNA運(yùn)輸有關(guān).此外，啟動(dòng)子的甲基化對(duì)HNRNPA1表達(dá)影響明顯，其蛋白質(zhì)具有NLS、無(wú)跨膜結(jié)構(gòu)且不穩(wěn)定，屬于親水蛋白質(zhì)，分布于細(xì)胞核，對(duì)mRNA的成熟具有重要作用.

HNRNPA1；RNA；選擇性剪接；生物信息學(xué)

HNRNPA1(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1)是核不均一核糖核蛋白家族中重要的一員，是一種重要的RNA(ribonucleic acid)結(jié)合蛋白質(zhì)，通過(guò)調(diào)控轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后RNA的剪接修飾調(diào)控了mRNA(messenger ribonucleic acid)的成熟及運(yùn)輸過(guò)程[1-2].HNRNPA1可以影響多種生物學(xué)過(guò)程，如細(xì)胞的自我更新[3]、蛋白質(zhì)正常成熟[4]、免疫反應(yīng)[5]等.HNRNPA1與多種疾病的發(fā)生發(fā)展具有重要的關(guān)系，如HNRNPA1的突變會(huì)引起人遺傳性包涵體肌病[6]，抑制HNRNPA1的表達(dá)會(huì)通過(guò)影響細(xì)胞周期而抑制肺腺癌的增殖[7]，通過(guò)調(diào)控雄激素受體的表達(dá)影響前列腺癌的發(fā)生[8].另外，它還與乳腺癌[9]、胃癌[10]、胰腺癌[11]等腫瘤的發(fā)生發(fā)展相關(guān).分析HNRNPA1的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)，期望對(duì)深入研究該蛋白質(zhì)在機(jī)體生長(zhǎng)發(fā)育……