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食用植物油DNA提取和檢測研究進展

2018-01-28 02:28:40王鳴秋李詩瑤
中國釀造 2018年5期
關鍵詞:檢測方法

王鳴秋,李詩瑤,劉 艷,楊 碩,馬 弋,高 冰*

(1.湖北省食品質量安全監督檢驗研究院,湖北 武漢 430000;2.湖北工業大學 輕工學部,湖北 武漢 430000)

隨著我國對食用植物油日益增長的消費需求,其產品呈現多樣化、層次化和細分化的局面,市場上流通各種植物油品類,包括大豆油、花生油、芝麻油、玉米油、菜籽油、葵花籽油、橄欖油、植物調和油等[1]。但良莠不齊的生產廠家為追求暴利,給食用油安全帶來了諸多隱患。其中最突出的問題表現在三個方面,一是植物源性成分的摻假,以廉價油冒充或勾兌高價油,二是轉基因油料作物的標識,三是地溝油的問題[2]。這些問題一方面對人們的身體健康造成了安全隱患,同時也損害了消費者的利益,擾亂了市場秩序。因此,食用植物油的檢測成為解決安全問題、打擊食品犯罪的重要手段。

目前,常用的食用植物油摻假檢測方法主要有理化分析法和分子生物學檢測方法。前者主要是利用色譜和質譜技術對食用油中脂肪酸、甘油三酯、植物甾醇等特征性指標組成和含量的差異進行測定,從而鑒別油脂的真實性[1],但是產地、品種來源、加工程度不同的食用植物油特征性指標具有一定差異,加之現有研究僅限于單一源性的摻偽鑒別[3],因此該方法具有適用局限性。近年來紅外光譜[4]、拉曼光譜[5]、核磁共振[6]技術也逐漸應用于食用植物油的真實性鑒定中,但均需建立有效的數據庫并對數據統計分析才能用于實際樣品定性定量識別。

脫氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)在細胞內普遍存在,性質穩定,能夠直接反映植物油原料的真實性[7],以DNA為靶標的食用油檢測技術比理化分析技術更加穩定,且靈敏度和準確性更高[8],尤其是轉基因成分主要依賴DNA檢測,因此得到越來越廣泛的應用和發展。DNA檢測技術的首要步驟是DNA的提取,然而食用植物油的深加工處理嚴重影響了DNA的完整性和含量[9],而且提取液中殘留的多糖和酚類化合物還會抑制DNA聚合酶的活性導致擴增不穩定[10],給后續檢測帶來極大困擾。自1998年PAULI U等[11]報道從粗制大豆毛油中成功檢測到DNA后,相繼有關于從初榨植物油提取和擴增DNA的研究報道。但市售食用植物油經過高溫高壓精煉處理后,DNA降解更嚴重,提取難度更大[12]。隨著研究工作逐步深入,精煉油的DNA提取技術也不斷發展,DOVERI S等[13]能夠從商業葵花籽油和玉米油中擴增DNA,COSTA J等[14]用試劑盒法從完全精煉的植物油中擴增到大豆DNA。隨著分子生物學技術的不斷發展,聚合酶鏈式反應(polymerase chainreaction,PCR)擴增檢測技術靈敏度和準確性隨之提高,給食用植物油摻假、品種溯源等檢測帶來了新的機遇。

本文主要從DNA提取和檢測技術兩方面介紹食用植物油DNA檢測研究進展,結合應用實例對各方法進行綜合評價,并對未來研究方向和前景進行展望,以期為后續深入研究提供思路。

1 食用植物油DNA提取

1.1 食用植物油DNA提取技術

1.1.1 試劑盒法

PAFUNDO S等[16]利用Nucleospin Plant kit成功提取初榨橄欖油中DNA并用于擴增片段長度多態性分析;INNOCENZO M等[17]利用QIAamp DNA stool試劑盒成功提取初榨橄欖油中的DNA并用于微衛星分析。一些研究通過對比試劑盒法和其他方法的提取效果,發現前者更有優勢。BRETON C等[18]對比了二氧化硅法、羥基磷灰石法、Wizard MagneticDPSF法、十二烷基磺酸鈉(sodiumdodecylsulfate,SDS)法等多種方法對橄欖油DNA的提取效果,雖然所述4種方法均可用于植物rbcl基因和微衛星擴增分析,但WizardMagneticDPSF法提取DNA得率最高;王德蓮等[19]利用Wizard Magnetic DPSF法、進出口行業標準SN/T 1203—2010《食用油脂中轉基因植物成分實時熒光PCR定性檢測方法》、十六烷基三甲基溴化銨(cetyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法和SDS法提取大豆原油和精煉油的DNA,結果表明,4種方法均能成功提取大豆原油DNA,但只有前兩種方法能夠提取精煉油DNA,且Wizard試劑盒成功率為67.3%。

雖然試劑盒法在提取效率和產物純度方面具備優勢,但由于食用植物油DNA提取時起始樣本用量為一般植物樣本的幾十、上百倍,導致DNA裂解液等試劑大量消耗,提取成本急劇增加,且大部分試劑盒適用于小量提取,這從一定程度上制約了該法的應用。

1.1.2 CTAB法

CTAB法自成功用于植物基因組DNA提取后,因其低成本、提取效率高的優勢逐漸發展為最常用的核酸提取技術之一[20],而經過改良的CTAB法在食用植物油DNA提取中也得到廣泛應用。王亞[21]通過加入乳化富集、酚氯仿反復抽提,異丙醇與醋酸銨共沉淀等步驟對傳統CTAB法進行改良,同時比對高鹽低pH法、堿裂解法、氯化芐提取法、試劑盒法、改良SDS法等6種方法的提取效果,結果顯示改良CTAB法效果最好,最高產率可達到41.2 ng/μL;RAMOS-GOMEZ S等[22]從裂解液成分和比例、裂解時間、沉淀時間三個方面優化提取方法,通過定量PCR擴增rbcl和rnl基因檢測提取效果,最終建立改良CTAB法,實現了對精煉植物油的DNA提取;BUSCONI M等[23]通過提高裂解液中CTAB濃度至10%,并用氯仿/辛醇代替氯仿/異戊醇抽提蛋白,成功提取橄欖油中DNA并用于品種溯源。

CTAB法雖然操作復雜耗時,但相較于試劑盒法應用更加靈活,所有提取步驟和試劑均為開放式,研究者可根據提取對象對實驗試劑和條件進行改良,加之其成本低廉,特別適合大量提取,對于食用植物油DNA提取來說,其應用價值僅次于試劑盒法。

1.1.3 SDS法

SDS是一種陰離子去污劑,通過在高溫條件下裂解細胞,結合蛋白質和多糖,釋放核酸實現DNA提取[20]。1998年,HELLEBRAND M等[24]采用SDS法成功提取精煉菜籽油DNA,并用PCR擴增油菜籽內源基因進行驗證,這是國外首次報道能夠實現對精煉油DNA的提取;姚菲等[25]通過Tris-EDTA(TE)萃取和加入醋酸鈉提高鹽濃度改良SDS法,使蛋白質和多糖等雜質沉淀更加完全,成功提取了茶籽油DNA并用于定量PCR檢測。SDS法操作簡單,提取條件溫和,在一定程度上避免了提取過程造成食用油核酸的再次斷裂,但其DNA產率和純度均不如上述兩種方法,在近年研究中應用較少。

1.1.4 乳化法

最后,根據當前紅外圖像分析出的可供裝甑撒料執行結構執行操作的結果如下.圖8中以黃顏色方框人工標記出來可能的撒料區域,共有11個區域.圖9為本文所設計算法流程識別出的結果,標記各區域的序號并將撒料區域的質心以黑色空心圓的方式標識在各個區域上,共有6個區域.

乳化法作為一種樣品的前處理方法能夠實現核酸富集,顯著提高了食用植物油DNA提取效率。研究中最常用的乳化劑是正己烷。NIKOLIC′Z等[26]以1∶10的比例將大豆油和正己烷進行混合并乳化,分別采用CTAB法和DNeasy Plant試劑盒提取DNA,結果表明試劑盒法提取的產物對PCR反應抑制作用弱,可成功用于轉基因成分的定量檢測;RAIETA K等[27]以相同比例混合正己烷、橄欖油并進行乳化,后續采取CTAB-氯仿法進行提取,結果表明該方法重復性較好,產物適用于微衛星分析。此外,也有用氯仿[28]、石油[29]等代替正己烷作為乳化劑的報道,結果均可實現對食用植物油DNA的提取和擴增,不過尚未有不同乳化劑對提取效果影響的數據。雖然有機試劑乳化法受到很多學者的青睞,但對提取的作用說法不一,如TESTOLIN R等[10]報道使用正己烷乳化并未提高DNA提取效率,所以乳化法在食用植物油DNA提取方向的應用效果有待進一步研究。

1.1.5 擔體法

擔體法是通過在核酸提取時添加與樣本親緣關系較遠的動植物核酸作為擔體,在提高核酸提取效率的同時,又不影響檢測結果的方法。蔡翠霞等[30]以鮭魚精子DNA作為擔體,建立了硅膜吸附柱法用于食用植物油DNA提取,并通過PCR檢測內標基因作為驗證;GIMéNEZM等[31]采用改良CTAB法提取橄欖油DNA時,發現在沉淀DNA前加入線性丙烯酰胺作為擔體,顯著提升了DNA回收率。此外,食用植物油DNA提取的改進還包括樣品上清重復離心[32],核酸助沉劑輔助[33]、冷凍干燥法[34]等。

1.2 影響DNA提取效率和質量的因素

食用油DNA殘留量與原料品種、原料處理方式、加工工藝、儲存條件和時間等密切相關,因此DNA提取效率都不盡相同[35]。原料不同的食用植物油成分不同,如蛋白含量、脂肪酸的飽和度、色素和游離脂肪酸含量等;即使是同種食用油,不同品牌、產地、批次以及新鮮程度等都會對食用植物油的組成產生影響[15]。RAMOS-GOMEZ S等[22]發現CTAB裂解液成分、作用時間及DNA沉淀時間對葵花籽油、橄欖油和棕櫚油3種油DNA產量的影響存在差異,如較長的沉淀時間可增加葵花籽油和橄欖油的產量,但棕櫚油產量卻大幅下降,推測與棕櫚油本身復雜的特性有關。

食用油的生產工藝也是影響DNA提取的關鍵因素。市售植物油的加工工藝主要為壓榨和浸出,其中壓榨又分為冷榨和熱榨兩種,冷榨技術不包含離心和過濾操作[35]。PAULI U等[11]發現離心后的大豆毛油未檢測到Lectin基因,說明離心操作嚴重影響了DNA含量;BUSCONIM等[23]提出冷壓榨技術生產的橄欖油DNA提取效率高,且更有利于后續品種溯源檢測。另外,經過壓榨或浸出的毛油到市售食用植物油還要經過一系列精煉過程,包括過濾、脫膠、脫酸、脫色、脫臭、脫蠟、脫致癌物等,這些步驟都會不同程度的降解甚至去除油中的DNA[35]。除此之外,食用植物油的儲存時間、溫度、光照等都會影響植物油的氧化程度,從而影響DNA的含量。

2 食用植物油DNA檢測方法

基于DNA的食用植物油檢測技術主要用于植物油摻假檢測、轉基因成分檢測和油脂的追蹤溯源,由此發展起來的檢測技術有PCR技術、分子標記技術、環介導等溫擴增技術、生物芯片技術等,其中以前兩種技術應用為主。

2.1 PCR技術

對于食用植物油的PCR檢測技術而言,除模板DNA的質量和濃度外,靶標基因的選擇也會直接影響結果的成功與否。研究表明,植物油PCR檢測中能夠擴增的片段通常不超過300 bp[10],轉基因片段不超過150 bp,因此靶標基因片段越小,PCR擴增成功率越高[24],同時GC含量也可作為靶標選擇參考條件之一,因為高GC含量的DNA在加工中更穩定[36-37];另外,植物油中質體/葉綠體DNA比細胞核DNA更容易被提取,因此針對質體/葉綠體基因設計靶標引物也是一種研究策略[38]。

普通PCR技術是食用植物油DNA檢測中的常用技術。NIKOLIC′Z等[26]利用普通PCR擴增出大豆油中轉基因成分EPSPS基因(172 bp),靈敏度達到0.1%(轉基因成分質量分數);楊冬燕等[39]將廉價植物油和高價植物油以不同比例(1∶1或2∶1)混合,利用普通PCR測定廉價油物種特異性基因,結果表明,廉價油以2∶1摻入時檢出率較高,但摻假量低于50%時其鑒別能力不足。雖然普通PCR靈敏度高,但其耗時長,需要結合電泳技術進行分析,分辨率低,容易受到PCR抑制因子的影響,且無法對靶標進行定量,因此在很大程度上限制了其在食用植物油檢測中的應用。

巢式PCR是在普通PCR基礎上發展起來的一種靈敏度高、特異性強的DNA檢測技術,它利用兩對嵌套引物,先用外引物擴增后,以其擴增產物為模板進行內引物二輪擴增,實現對微量模板和強干擾背景體系的分析,特別適用于模板含量極低的食用植物油DNA檢測[35]。HELLEBRAND M等[24]利用巢式PCR擴增出精煉菜籽油中油菜籽內源基因PE3-PEPcase,可用于菜籽油摻假檢測和轉基因檢測;姚芹等[40]建立了單管巢式PCR擴增轉基因大豆內源基因Lectin和外源基因CP4-EPSPS的方法,可彌補常規巢式PCR容易污染和操作繁瑣的缺點。

實時熒光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)技術是通過熒光染料或熒光標記的特異性探針,利用熒光信號累積實時監測PCR進程,結合標準曲線分析產物,計算未知模板初始濃度的一種檢測技術[41]。該技術能夠對食用植物油各種植物源成分和轉基因成分進行定量檢測,比普通PCR靈敏度高,特異性和重復性好,且無需后續處理,較好地避免了交叉污染。ZHANG L等[42]根據油棕特異性基因MT3-B設計引物和探針,用于普通PCR和熒光定量PCR檢測棕櫚油DNA,兩種方法檢出限均低至5個拷貝;王德蓮等[43]利用qPCR法對摻有大豆油和棕櫚油的花生油進行檢測,發現摻偽(大豆油或者棕櫚油)比例達到10%時,即可檢測到摻偽油的內源基因;蔡翠霞等[30]分別用兩輪PCR法、環介導等溫擴增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)法和qPCR法測定了13種植物油的轉基因啟動子CaMV35S,其中qPCR檢測到7種為陽性(Ct值<35),與樣品轉基因標識一致。

RT-qPCR是食用植物油DNA定量最可靠的技術之一,但其定量基于特定生成的已知濃度標準曲線,依賴于PCR的擴增效率,可能導致放大偏差和錯誤。近年來,數字PCR(digital PCR,dPCR)逐步應用于醫學、微生物學等科學領域,它是一種基于單分子目標基因擴增定量的技術,核酸模板被分配到大量獨立的反應單元中,擴增結束后通過統計學分析單個反應室的陽性信號,從而實現絕對定量[44]。相較于qPCR,dPCR技術不依賴于標準品和標準曲線的繪制,消除了樣品基質對Ct值的影響,具有檢出限低、重復性好等優點。SCOLLO F等[45]利用qPCR和dPCR評估4種提取方案對橄欖油DNA提取效果,兩種PCR評估結果一致,均表明CTAB-離心柱法是最有效的方案,Nucleospin plant試劑盒重復性更高,但微滴式dPCR(10-3)比qPCR(10-2)的分辨率低一個數量級。可見,對于食用植物油這種DNA含量極低的樣本,dPCR檢測技術具有更大的優勢。

2.2 分子標記技術

分子標記是能反映生物個體的遺傳物質中某種差異的特異性DNA片段,主要應用于植物油原料品種鑒定和追蹤溯源上[46]。橄欖油作為高價植物油,其原料品種和產地很大程度上決定了油脂的品質,因此在植物油溯源分析中的研究最多。應用的主要技術包括:隨機擴增多態性DNA randomly amplified polymorphic DNA,RAPD),內部簡單重復序列(inter-simple sequence repeat,ISSR),擴增片段長度多態性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)、微衛星、序列特異性擴增區域(sequence-characterized amplified region,SCAR)和單核苷酸多態性(single-nucleotide polymorphism,SNP)等。

20世紀90年代后期,非特異性分子標記(RAPD、ISSR)率先被應用于橄欖油品種溯源中,但是由于油中DNA高度降解和PCR抑制物的存在,鑒定結果缺乏可重復性[47]。通過改進DNA提取方法,重復性問題得到解決,但研究發現同一栽培品種的橄欖油和其葉片獲取的擴增譜不完全一致,特別是對于較長片段更是如此[48]。SCAR標記的建立在一定程度上改善了不一致的問題,PAFUNDO S等[49]將短片段AFLP(50~150 bp)轉換為特異性SCAR標記成功擴增出橄欖油DNA,完成品種溯源鑒定。因此,使用分子標記追溯橄欖油品種時,推薦選用短片段擴增子(<200 bp),而微衛星和SNP兩種特異性分子標記正好具備這種優勢。但是研究者使用核微衛星分子標記進行橄欖油真實性檢測時,發現即使縮短目標序列仍然存在葉片與相對應油中擴增圖譜不一致的情況,推斷與橄欖異花授粉特性相關,于是提出以葉綠體DNA(chloropast DNA,cpDNA)微衛星作為標記靶標。因為葉綠體基因組為母系遺傳,可避免因異花授粉導致的不一致問題,同時cpDNA更具抗降解性,拷貝數高,對于橄欖油分析具有顯著的優勢[50]。第三代分子標記SNP擴增片段小,適用于DNA降解嚴重的情況,而且其自動化程度較高,能夠結合微陣列分析、毛細管電泳等技術實現高通量檢測。CONSOLANDI C等[51]結合多重PCR與連接LDR-UA平臺,成功利用13個SNP位點實現了對49個橄欖油品種的鑒定。

由此可見,每種分子標記都有其技術優勢和缺陷。RAPD和ISSR雖操作簡單,成本低,但重復性差[52];AFLP多態性和可靠性高,但是操作復雜,無法用于混合品種的植物油鑒定;微衛星是應用最廣泛的分子標記,多態性高,重復性好,適合建立標準化方案在實驗室間用于比對研究,但是標記的構建非常費力、成本也高;SCAR多態性差,只能用于品種間的鑒定;SNP位點豐富、分布廣泛,可分辨品種內微小差異,且自動化程度高,但只能用于少數動植物,開發費用高。因此,在單獨的分子標記無法完成品種溯源時,可同時運用兩種至三種標記共同分析,優勢互補,提高分辨率和重復性。

3 結論與展望

基于DNA的分子生物學檢測技術準確、快速,為食用植物油檢測提供了穩定可靠的結果,但同時又受制于精煉油DNA提取的難題。雖然研究已經證實有方法能夠從各種原料的植物油中提取到高質量的DNA并用于后續分子檢測,但提取效率和質量與食用植物油品種、加工工藝、儲存條件和時間、提取方法等多種因素相關,且現有提取方法各有千秋,所以國內尚未有統一的檢測標準研制出來。

日益突出的食用植物油摻假、轉基因問題給DNA檢測技術在精準定量、高通量檢測方面提出了更高的要求,而數字PCR、高通量測序、DNA微陣列等技術的快速發展為應對這些問題提供了解決方案。作為一種終點PCR技術,數字PCR將傳統PCR的優點與絕對定量相結合,有效降低了依賴于PCR擴增效率定量的RT-qPCR的錯誤率,非常適用于DNA含量極低的食用植物油樣本和低拷貝數靶標的轉基因檢測。另外,微衛星、SNP等分子標記也可耦合如高分辨率溶解曲線、DNA微陣列、懸浮熒光微球等技術平臺實現高通量食用植物油品種溯源,降低檢測成本。

綜上,本文提出了未來食用植物油DNA檢測研究的方向和重點,以期為后續研究提供思路:一是整合現有食用植物油DNA提取方法,建立通用、操作性強、適用范圍廣的標準化方法;二是多種技術聯用,結合新型分子技術進一步提高DNA檢測靈敏度、特異性和通量;三是全面覆蓋各品種食用植物油、混合油的鑒定和溯源分析。

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