孫波,王曉玥#,呂新華
(1 土壤與農業可持續發展國家重點實驗室/中國科學院南京土壤研究所,南京 210008;2 中國科學院武漢文獻情報中心情報部,武漢 430071)
我國60年來土壤養分循環微生物機制的研究歷程—基于文獻計量學和大數據可視化分析
孫波1,王曉玥1#,呂新華2*
(1 土壤與農業可持續發展國家重點實驗室/中國科學院南京土壤研究所,南京 210008;2 中國科學院武漢文獻情報中心情報部,武漢 430071)
【目的】土壤養分循環是土壤肥力和作物生長的基礎,土壤微生物是驅動養分循環的關鍵因子。挖掘微生物調控土壤–植物系統養分循環功能的潛力,已成為提高農田養分資源利用效率的發展趨勢。通過梳理我國土壤養分循環和土壤微生物學交互研究的發展歷史和脈絡,審視與國際前沿研究比較的不足之處,指出未來的研究熱點,促進我國在相關領域研究水平的提高。【方法】本文利用文獻計量學及大數據可視化方法定量分析了60年來土壤養分循環和土壤微生物學交互研究領域的國內外的科學文獻,研究了相關領域不同時期的發展與演變過程,對比了國內外土壤養分循環和土壤微生物學交互研究發展的異同點。【主要進展】分析表明國內研究主要分為起步期 (1981~1990年),發展期 (1991~2005年) 和定型期 (2006~2016年)。起步期的研究熱點分散,主要研究了紅壤、水稻土和紫色土中特定微生物和酶活性的肥力功能。發展期研究熱點關聯度加強,主要研究了紅壤、黑土、水稻土中微生物量和酶活性的肥力和環境功能。定型期研究熱點間的連接度不斷增強,主要研究了土壤養分循環與微生物群落結構耦合的微生物學機制。通過與國際相關研究比較,國內學者追趕國際研究可以分為起步追趕期 (1990~2005年) 和快速追趕期 (2006~2016年)。在起步追趕期,國內學者追隨國際上對碳氮轉化與微生物交互研究的熱點,但研究熱點的關鍵詞交互網絡成熟程度低,側重對紅壤的研究,缺少對根際的研究。加速追趕期,國內學者從水稻土和根際方面強化了對養分轉化微生物機制研究,開展了土壤微生物網絡結構和功能的研究,但需要加強土壤生物網絡結構和功能的實證研究。總體上,與國外相比,國內研究相對滯后,但發展迅猛,從簡單關注酶活性,發展到微生物網絡結構與土壤功能的交互。同時國內研究熱點的關鍵詞交互網絡日益成熟,且與國際相比表現出趨同趨勢,但仍需深入研究微生物群落結構演替對養分循環的驅動機制。【結論與展望】在未來研究中,應在建立養分利用率提升的區域微生物調控技術體系的同時,不斷發展和完善土壤微生物結構和功能協同演變的理論體系。
養分循環;土壤微生物;群落結構;多樣性;文獻計量學;關鍵詞交互網絡
土壤養分循環是土壤肥力和作物生長的基礎,而土壤微生物驅動了養分的循環過程,明確土壤養分循環的微生物學機制及其調控原理,是提高土壤肥力和養分資源利用效率,實現農業增產增效的理論基礎。我國人均耕地資源缺乏、地力水平總體低下,根據《2015中國國土資源公報》,全國中等和低等耕地分別占52.9%和17.7%;耕地基礎地力對糧食產量的平均貢獻率為45.7%~60.2%[1],比歐美發達國家低20~30個百分點。同時,在追求高產目標下,我國化肥投入水平高,施用方式不盡合理,導致其利用率低下,2015年我國化肥總用量約6000萬噸,單位耕地面積化肥用量是世界平均水平的3倍,但糧食作物的化肥利用率僅為35.2%,比歐美低10~30個百分點[2]。我國耕地土壤類型豐富,地力水平差異巨大,耕作輪作和施肥管理方式多樣,不同農業主產區根據氣候、土壤和生物資源特色,針對土壤培肥和養分增效建立了多樣化的物理和化學調控措施;同時不斷發展土壤微生物學調控方法,充分挖掘土壤微生物調控養分循環功能的潛力,通過建立土壤養分的協同管理措施,降低使用成本和環境風險,實現糧食安全和環境安全協調發展。然而,在土壤養分循環研究領域,與土壤物理和土壤化學研究相比,我國土壤微生物學研究起步較晚,一直受到微生物可培養性和高分辨率研究方法滯后的限制,在土壤微生物分布格局與影響因子、演替過程與驅動機制、微生物功能調控原理與技術等方面亟需系統深入的研究。因此,梳理我國土壤養分循環和土壤微生物學交互研究的發展歷史和脈絡,審視與國際相關學科前沿研究的不足之處,有利于促進我國在土壤養分循環的微生物機制和調控方法領域的研究水平。
在分析不同學科領域的研究進展方面,傳統的文獻綜述方法通常基于研究者深厚的科研基礎和創新思維,通過梳理和分析某一領域數十篇到百余篇尺度的重要文獻,總結已取得的關鍵成果,提出未來的研究方向。隨著土壤微生物學研究深度和廣度的不斷拓展,文獻數量激增,利用傳統的文獻分析方法已經無法處理數千篇尺度的文獻信息,難以精準描述研究內容的動態發展全貌。近年來,以大數據可視化為基礎的文獻計量學的發展,有助于研究者全面了解研究領域的發展概況,敏銳發現研究發展的新趨勢和新動態。其中,引文網絡分析工具Citespace基于對目標文獻數據計量和分析,利用綜合定量分析關鍵詞并形成關鍵詞交互網絡,能夠以可視化方式直觀展現出研究領域在不同發展階段的熱點[3]。本文針對土壤養分循環微生物機制的研究領域,利用Citespace系統梳理了我國在1950~2016年的發展歷史和脈絡,對比分析了60多年來國內外發展的異同,提出了我國未來的研究方向。
本文利用 Web of science 和中國知網 (CNKI) 數據庫1950~2016年的數據,通過對 “養分循環”、“微生物”和“土壤”主題進行檢索,檢索到的數據利用Citespace軟件進行可視化統計分析。其中養分循環主題詞包括碳、氮和磷,微生物主題詞包括參與碳、氮、磷轉換的微生物數量、微生物種群、功能基因和土壤酶活性,土壤主題詞包括不同的土壤類型。
中文檢索式為:SU = 碳 + 秸稈還田 + 秸稈腐解 + 有機肥 + 綠肥 + 生物炭 + 土壤有機質 + CO2排放 + CH4排放 + 氮 + 氨氧化 + 硝化 + N2O 排放 + NO +nifH + amoA + hao + nirS + nirK + norB + nosZ + 面源污染 + 磷 + 磷肥 + 有機磷 + 無機磷 + 磷溶解 + 叢枝菌根真菌 + phoD + ALP + phoR + phoB AND SU = 細菌 + 真菌 + 放線菌 + 蚯蚓 + 線蟲 + 微生物 + 生物量 + 群落 + 多樣性 + 酶活性 + 功能基因 AND SU =農田 + 紅壤 + 水稻土 + 耕地 + 黑土 + 潮土 + 褐土 +黃棕壤 + 紫色土 + 黑壚土 + 黃綿土 +土 + 鹽堿土 +菜園土 + 果園土壤 + 菜地 + 綠洲土壤。
英文檢索式為:TS= (“Carbon ” or “straw return” or “straw decomposition” or “manure” or“mineral fertilizer” or “biochar” or “C cycling”or “C mineralization” or “soil organic matter” or“CO2emission” or “ CH4emission” or“nitrogen” or “N mineralization” or“ammonification” or “nitrification” or“denitrification” or “N2O emission” or “nitrate(NO3)” or “ammonia (NH4)” or “N cycling functional gene” or “AOB” or “AOA” or“nifH” or “amoA” or “hao” or “nirS/K” or“norB” or “nosZ” or “Agricultural Non-Point Source Pollution” or “Phosphorus” or“phosphate” or “ P mineralization” or “P fertilizer” or “P pollution” or “P cycling” or “P fluxes” or “P pool” or “organic P” or “arbuscular mycorrhizal fungi (AMF)” or “phosphorus cycling functional gene” or “phoD” or “ALP” or“phoR” or “phoB” or “nutrient cycling”) AND TS= (“Microorganisms” or “microbial ”* or“enzyme activity”or “Bacteria” or “bacterium”or “fungus” or “Fungi” or “actinomyce”* or“ e a r t h w o r m ” o r “ n e m a t o d e” ) A N D TS=(“farmland” or “arable soil” or “cropland” or“cultivated land” or “field experiment” or “red earth” or “red soil” or “latosol” or “orchard soil” or “vegetable soil” or “cinnamon soil” or“black soil” or “alluvial soil” or “yellow brown earth” or “paddy soil” or “purple soil” or “loess soil” or “lou soil” or “oasis soil” or “saline soil” or “cambisols” or “chernozems” or“ferralsols” or “fulvisol” or “solonetz” or“inceptisols” or “mollisols” or “oxisols” or“ultisols” or “isotopic labelling” or “13C” or“15N” or “growth chamber” or “pot experiment”)。
利用中國知網 (核心期刊),檢索1950~2016年以“土壤微生物”和“土壤養分循環”為主題的文獻,共計3865篇,經人工篩選、去重,刪除77篇,保留3788條數據。其中1980年前,年發表論文篇數僅為1~8篇,難以形成網絡,故無關鍵詞交互網絡圖譜。1981~2000年,年發表論文數有所上升,為10~36篇。2000年后,國家加強了對土壤學發展的支持,啟動了第一個“973”項目“土壤質量演變規律與持續利用”,2003年的年發表論文數達到108篇,此后呈遞增趨勢;隨后啟動實施了“我國農田生態系統重要過程與調控對策研究”、“糧食主產區農田地力提升機理與定向培育對策”和“肥料養分持續高效利用機理與途徑”等項目,到2016年,年發表論文數已達383篇。從論文總量上看,在該領域有主要貢獻的研究機構包括中國科學院南京土壤研究所 (289篇)、西北農林科技大學(236篇)、南京農業大學 (203篇) 和中國農業大學(121 篇)(圖1)。
從1950~2016年研究的熱點關鍵詞看,土壤酶活性出現頻率最高 (427次),說明利用土壤酶活性研究微生物的肥力和養分轉化功能始終是一個重要的研究手段。其次是土壤微生物 (190次) 和土壤有機碳 (173 次),土壤養分 (155 次)、長期施肥 (125 次)和土壤肥力 (111次) 出現的頻率也位于前列,說明60年來國內研究以服務農業生產為主,注重地上部與地下部養分的吸收和轉化。研究的土壤類型在地帶性土壤中,黑土 (140 次) 和紅壤 (134 次) 受到廣泛關注。對于較為肥沃的黑土側重于研究如何減緩土壤退化[4–5],而對于貧瘠的紅壤側重于研究如何提高土壤質量[6–7]。在非地帶性土壤中,水稻土 (164次)出現頻率最高,說明我國作為水稻生產大國,一直重視研究稻田養分循環和微生物功能。此外,對紫色土 (73 次),潮土 (55 次) 和鹽堿土 (40 次) 的研究也較多,主要關注了這些土壤的特色問題(圖1)。
關鍵詞交互網絡圖譜可以反映關鍵詞之間的關聯程度。從整體的關鍵詞交互網絡圖譜 (圖2,1981~2016) 來看,研究中心熱點圍繞與長期施肥和土壤養分相關的土壤酶活性和土壤微生物。其中,紅壤的研究熱點為長期施肥等措施下有機碳和土壤肥力的演變與土壤酶活性,黑土和水稻土的主要研究熱點為長期施用有機肥和秸稈還田等措施下的土壤酶活性。為反映不同時期研究熱點的變化,從1981~2016年,按5年一個時間片段,分析了不同時期的關鍵詞交互網絡圖譜,發現國內的研究可以分為起步期 (1981~1990 年)、發展期 (1991~2005 年) 和定型期 (2006~2016年) 3個發展階段,研究從注重單菌和微生物生物量向注重微生物群落結構與養分循環過程深度耦合的方向發展。
圖2顯示,在1981~1990年,研究熱點較為分散獨立,主要包括紅壤中有機無機肥配施影響下的酶活性的研究[8],水稻土和紫色土中的與土壤肥力相關的碳氮循環[9]。這一時期的另一個研究特色是關注農業生產過程的特定微生物,如與固氮相關的大豆根瘤菌[10],與提高氮磷利用相關的叢枝菌根真菌[11],與土壤碳循環相關的脲酶活性[12],以及應用于堆肥的雙孢蘑菇[13]。此外,也研究了棕色森林土中與碳循環有關的微生物[14]。說明本時期的研究注重農業生產實際需求,特別關注水稻土和紅壤施用有機和無機肥對土壤養分和肥力的影響。

圖1 在土壤養分循環微生物機制研究領域主要機構 (a) 和作者 (b) 的發文量以及高頻關鍵詞 (c)Fig. 1 The publication numbers of main institutes (a) and authors (b), and the high frequency key words (c) related to microbial mechanisms of soil nutrient cycling

圖2 不同年代國內期刊相關研究論文的關鍵詞交互網絡Fig. 2 Keyword co-occurring networks of related papers published in Chinese journals during different periods
1991~2005年,關鍵詞交互網絡圖譜逐漸呈現網絡化,表現出發展態勢,但仍然存在分散點 (如VA菌根、有機碳等)。本時期的主要研究熱點仍然圍繞與土壤肥力和養分相關的酶活性,在土壤類型中水稻土和紅壤一直處于研究熱點的中心,特別是針對長期施肥下土壤酶活性演變及其調控肥力的作用進行了深入研究[6, 15]。在對土壤酶活性研究的同時,本時期引入了土壤微生物量的概念,但其測定方式通常采用傳統的熏蒸浸提方法[16]。在本時期的后段 (2001~2005年) 加強了對治理黑土退化的研究,研究了施用有機肥對土壤酶活性和土壤碳庫的影響[17–18]。由于這一時期化肥大量施用導致水體氮磷污染和溫室氣體排放問題日益突出,國內開始關注N2O排放的研究[19]。此外,也加強了重金屬污染對土壤酶活性影響的研究[20](圖2)。
2006~2016年,不同研究熱點間的網絡連接度不斷增強,孤立的研究熱點減少,網絡結構趨于穩定。這一時期主要研究熱點仍然以土壤酶活性為核心,隨著變形梯度凝膠電泳 (DGGE) 和磷脂脂肪酸(PLFA) 等分子生物學研究方法的發展,開始研究微生物群落結構和多樣性[21],加強了對微生物生物量和群落結構影響土壤功能的研究[22–23],特別是在土壤氮素轉化[24]以及稻田溫室氣體排放[25]的微生物學機制方面展開了深入研究。同時,本時期加強了對土壤有機碳循環與微生物群落多樣性交互作用的研究,揭示了土地利用方式和秸稈還田措施如何影響微生物群落功能多樣性進而影響有機碳循環和土壤肥力的機制[22, 26]。此外,本時期出現了對土壤動物的研究,完善了對土壤生物網絡功能的研究[27](圖2)。
利用 web of science,檢索從 1981~2016 年以“土壤微生物”和“土壤養分循環”為主題的SCI論文,共計6023篇,其中中國作者論文數為1494篇。1981~1990年,國際上發表論文僅25篇,難以形成網絡,故無關鍵詞交互網絡圖譜。1991~1995年,發表論文數上升為274篇,此后逐漸增加,至2011~2016年期間,共發表論文3174篇。中國作者發表的SCI論文數也不斷增長,但相對滯后,1990年前未檢索到發表的論文,1991~2000年僅發表12篇論文,2001~2006年增長到66篇,2011年以后爆發式增長,2011~2016年共發表論文1151篇。
為比較國內學者與國際學者對養分循環微生物學機制研究的發展脈絡,從1990~2016年按照5年一個時間片段,分析不同時期的關鍵詞交互網絡圖譜。總體上看,在不同時期國際學者的研究熱點始終圍繞土壤氮循環 (nitrogen,nitrification,denitrification) 和碳循環 (carbon,organic matter,decomposition) 與微生物群落的交互作用;其次,磷(phosphorous)、根 (root)、根際 (rhizosphere)、土壤(soil)、植被 (plant) 等關鍵詞也貫穿始終,說明國際學者在該領域研究側重于農田土壤養分循環及其肥力功能,特別關注土壤“熱區”—根際微環境的微生物學驅動機制。與國際學者的研究相比,國內學者的研究起步較晚、發展相對滯后,國內學者的研究熱點也關注碳氮養分循環及其與微生物生物量關系的研究,與國際學者的研究熱點相似,并日趨一致。總體上,國內學者追趕國際學者研究熱點的發展進程可以分為2個階段,起步追趕期 (1991~2005 年) 和快速追趕期 (2006~2016 年)。
圖3顯示,在1990~2005年期間,從國際學者研究體系看,關鍵詞交互網絡出現早且相對成熟,碳氮循環與微生物群落的交互作用是貫穿始終的研究熱點。其中,對氮素 (nitrogen) 的研究一直處于中心連接點地位,1996~2000年出現對硝化和反硝化的研究[28–29],后續深入研究了氮循環中起關鍵作用的功能基因[30];對有機質 (organic matter) 和碳 (carbon)的研究涉及礦化和分解等方面;對磷的研究相對較弱,但一直持續;此外,1996年以后出現對根際和水稻土的研究,說明這一時期國際學者日益關注根際土壤碳氮磷循環的微生物驅動機制,為提高土壤肥力和氮磷利用率提供理論基礎。
與國際學者的研究相比,國內學者在養分循環微生物機制領域的研究起步較晚,發表的論文數量少,關鍵詞的頻率較低,不同關鍵詞之間的交互聯系較少,關鍵詞交互網絡的成熟度較低,直至2001~2005年才形成明顯的交互網絡。在這一時期國內學者同樣關注微生物生物量與有機質、碳、氮養分轉化的交互研究,對磷素的研究較少。針對不同的施肥和耕作措施,國內學者研究了如何利用微生物學手段增加養分利用率,如種植不同作物對紅壤生物量碳、氮、磷的影響[31],以及菌根真菌促進作物吸收氮磷的機制[32–33]。在土壤類型方面的研究特色是關注紅壤,在土壤熱區特別是根際研究方面較為薄弱。此外,由于環境污染問題凸顯,國內學者還關注土壤重金屬污染以及生物降解機制的研究[34]。

圖3 1991~2005 年國際和國內學者發表的相關研究論文的關鍵詞交互網絡圖譜Fig. 3 Keyword co-occurring networks of related papers published by international and domestic researchers in international journals during 1991 to 2005
圖4顯示,與前期研究相比,國際學者對土壤有機質、碳、氮周轉微生物學機制的研究向縱深發展,關鍵詞交互聯系加強,研究網絡更加成熟,但對磷素研究較弱的格局仍然持續。這一時期,國際學者的研究特色首先表現為加強了對微生物群落多樣性和微生物分子生態網絡的研究,特別是對環境變化響應的定量研究。由于分子生物學研究技術快速發展,對微生物群落結構和多樣性 (diversity) 的研究日益增加,至2011~2016年關鍵詞diversity的出現頻率成為僅次于微生物生物量 (microbial biomass)的關鍵詞,并且位于網絡中心的關鍵節點之一。從近三年 (2014~2016 年) 新出現的關鍵詞來看 (表 1),高通量測序方法開始更新換代,Miseq和Hiseq Illumina取代了454 pyrosequencing,功能基因微陣列(Fuction Gene Arrays) 方法 (如 Geochip) 加強了對特定功能基因的研究,同時微生物系統發育/功能分子生態網絡 (phylogenetic/functional molecular ecological networks,pMENs/fMENs) 和結構方程模型 (structural equation modeling,SEM) 等統計分析方法不斷發展,土壤微生物學加強了對微生物網絡的研究,在微生物網絡響應環境條件變化發展方面取得了新的突破[35]。

圖4 2006~2016 年國際和國內學者發表的相關研究論文的關鍵詞交互網絡Fig. 4 Keyword co-occurring networks of related papers published by international and domestic researchers in international journals during 2006 to 2016

表1 2012~2016 年在國際國內期刊上發表的論文中新出現的關鍵詞及其頻率Table 1 The burst frequency of key words in the related papers published in international and Chinese journals during 2012 to 2016
國際學者的第二個研究特色表現為加強了對碳、氮轉化的協同研究,以及對土壤–植物互作機制和協同管理的研究。土壤是地球表層系統中最大的碳庫,對其研究不斷加強,2006~2010年期間,關于碳 (carbon) 以及與碳循環相關的土壤有機質(organic matter)、礦化 (mineralization) 的研究和氮(nitrogen) 一起處于中心連接點的地位。圖中共現carbon與nitrogen、management的交互,說明對于固碳機制的認識加深,一方面通過保護性耕作 (conservation tillage)、秸稈還田 (straw returning)、有機肥施用(manure) 等措施協同調控碳、氮轉化,達到增加土壤碳庫[36]、改良土壤[37]和減少溫室氣體排放[38]等生態目標;另一方面,深入研究微生物生物量和群落結構對秸稈分解過程的影響,提出利用微生物手段調控秸稈還田的理論依據[39–40]。除了秸稈還田,在此時期興起對生物炭 (biochar) 的研究,探討生物炭對土壤固碳、土壤改良以及對土壤微生物的影響[41–42]。此后 (2011~2016年),農田土壤中有機質轉化的微生物驅動機制日益成為研究熱點,關鍵詞agriculture soil、microbial biomass和 organic matter的交互,說明研究進一步深入和細化。對有機質轉化過程的影響因素和土壤穩定有機質形成理論開展了深入研究,揭示了秸稈還田[43, 35]和生物炭[44–45]影響微生物群落演變和土壤養分循環的機制,提出了增加土壤有機質含量和碳庫庫容的新理論[46–47]。從近三年新出現的關鍵詞來看 (表1),植物與土壤的互作和地上與地下的協同管理成為未來農田養分管理的研究熱點。
與國際學者的研究相比,這一時期國內學者從水稻土和根際方面強化了對土壤有機質以及碳氮轉化的微生物機制研究。國內學者研究的重點領域與國際趨同,對微生物群落結構和多樣性與有機質轉化以及氮循環的交互作用研究有所加強[48–49],但仍需加強對微生物群落結構及其多樣性與碳氮循環過程交互作用機制的研究。目前國內外學者在根際–微生物互作促進氮磷協同利用方面已有初步研究[50–51],但仍需進一步挖掘微生物促進碳氮磷養分的協同轉化和利用機制。這一時期,微生物在關鍵地球化學過程中的作用成為研究重點,特別是對微生物群落結構與有機質和水稻土 (paddy soil) 的交互研究[52–53];通過長期研究揭示了碳氮養分循環和溫室氣體排放的協同過程以及微生物群落的作用[38, 54]。國內學者的研究更偏重于農田土壤,特別是水稻土的有機質周轉;同時,日益關注根際微生物的群落結構及其對根際養分轉化的影響,強調通過微生物調控促進作物養分吸收和增產[55]。雖然國際上對根際和團聚體等“熱區”中磷轉化微生物機制的研究熱度不及碳氮循環,但仍十分關注豆科和禾本科作物間作系統中磷素高效利用的根際微生物學機制[56]。國內學者在探究培肥措施對根際磷轉化微生物長期影響的基礎上,深入研究了團聚體中土壤線蟲捕食解磷菌對其群落組成和活性的影響機制,發現不同粒徑團聚體中線蟲–解磷菌生態網絡的關鍵控制物種不同[57]。
另外,國內學者追趕國際學者的研究熱點,在微生物群落多樣性和網絡結構及其功能方面迅猛發展。一方面,加強了對不同生境下微生物群落多樣性分布格局及其影響因素的研究[58–59],對象也從前期注重細菌擴展到對真菌群落結構多樣性的研究 (表1),特別是利用跨氣候帶的土壤置換試驗深入研究了氣候變化對土壤養分轉化微生物群落結構演替的影響機制[60]。另一方面,近三年通過應用高通量測序和微生物網絡分析方法,深入研究了環境條件變化對微生物群落結構的影響[61],通過分析土壤微生物網絡結構和關鍵物種的變化,揭示環境因子和種植管理措施對土壤養分轉化的影響機制。這一時期,國內學者也十分重視土壤食物網內不同生物之間的交互作用及其對養分轉化的影響,研究了不同管理措施下土壤原生動物 (線蟲) 對細菌的捕食作用[62];同時深入研究了不同團聚體中線蟲捕食對微生物碳氮轉化功能的影響,發現大團聚體中線蟲選擇性捕食氨氧化細菌促進了土壤硝化作用[63]。然而,國內的研究仍需針對不同環境條件和種植管理措施,實證土壤生物網絡結構中關鍵物種對養分轉化功能的調控作用,從而提出土壤生物功能的調控措施。
本文針對土壤養分循環的微生物機制研究領域,利用文獻計量學及大數據可視化方法定量分析了60多年來 (1950~2016年) 的文獻數據,分析了不同時期國內外研究熱點關鍵詞交互網絡的變化歷程,發現國際上自1990年后對養分循環微生物機制的研究呈現迅速發展趨勢,伴隨2001年以來分子生物學技術的快速升級,其研究向縱深和廣度推進,但對土壤碳、氮周轉的微生物學機制研究一直處于中心地位,并且重視對碳氮協同轉化以及根際土壤–植物互作機制的研究。一方面,國內的研究跟隨國際研究熱點的變化趨勢,同樣在2001年以來發展迅猛,研究發展趨勢表現為:從孤立地研究特定微生物的功能,發展為綜合地研究微生物分子生態網絡對土壤養分循環的驅動作用;從微生物土壤肥力功能的研究,發展為研究微生物對全球變化 (溫室氣體排放) 以及重金屬污染等環境功能。另一方面,國內研究熱點網絡形成相對滯后,但其結構日趨成熟,表現出與國際研究趨同趨勢,但偏重研究水稻土等重要農業土壤,近期十分重視研究根際微生物結構以及土壤團聚體中食物網交互作用對養分轉化功能的調控作用,研究偏重于提升不同區域農田養分資源的綜合利用效率問題。未來應針對不同氣候、作物、土壤條件以及不同種植管理措施,深入研究土壤微生物群落結構的演變特征,以及生物之間交互作用對其養分轉化功能的影響機制,修正控制土壤微生物群落分布和演替的理論體系 (如代謝理論和中性理論等),實證土壤生物網絡關鍵物種對養分轉化的控制作用,提出調控土壤生物網絡結構和功能的措施。
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The historical venation in research on microbial mechanisms of soil nutrient cycling in the past 60 years—Based on bibliometric analysis and big data visualization
SUN Bo1, WANG Xiao-yue1#, Lü Xing-hua2*
( 1 State Key Laboratory of Soil and Sustainable Agriculture, Institute of Soil Science, Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210008, China; 2 Wuhan Branch of the National Science Library, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430071, China )
【Objectives】 Nutrient cycling plays an essential role in soil fertility and plant growth, which is mainly driven by soil microorganisms. Exploiting the potentiality of microbe in regulating nutrient turnover in soil–plant systems has become an important tendency to increase nutrient use efficiency. Reviewing the historical advance in researches on nutrient cycling and soil microbial community, and figuring out ouradvantages and disadvantages in these fields on the world will be great helpful to find the key research fields and further promote the domestic research level. 【Methods】 In this study, bibliometrics and big data visualisation were used to quantitatively analyze the historical advances achieved in nutrient cycling and microbial community researches in the past 60 years. The similarities and differences in different periods were compared between domestic and international researches. 【Main advances】 The domestic studies could be classified into starting (1981–1990), developing (1991–2005) and maturing stages (2006–2016). At starting stage, the“hot spots” were scattered and researchers mainly focused on the fertility related function of specific microorganisms and enzyme activities in red soil, paddy soil and purple soil. During the developing stage,researchers were mainly focused on microbial biomass and enzyme activities that related to soil fertility and environmental functions, and the connecting among the research works was strengthened. After entering the maturing stage, the connections among research hot spots were more developed, and the interaction of microbial community structure and soil nutrient cycling became the dominant hot spots. Since the 1990s, the domestic researchers have followed the cutting-edge international research. This process could be categorized into initial (1990–2005) and rapid catch-up stages (2006–2016). During initial catch-up stage, domestic scholars followed the international trends and studied the interaction between microbial community and carbon and nitrogen cycling. However, the domestic networks were still immature, lacking of rhizosphere studies and merely concentrated on red soil. When coming to rapid catch-up stage, domestic scholars strengthened the studies on microbial mechanisms of nutrient dynamics in paddy soil and rhizosphere. In addition, the rising of research on soil microbial network structure and function conducted by domestic academia appeared at the same time as that by the international academia. However, the new findings on soil microbial network structure and functions need more solid proofs. Over all, domestic studies developed dramatically fast, although relatively later than international ones. Within the past 20 years, more and more researches have transferred from simply enzyme activities to the interaction of microbial co-occurring network and soil function. The domestic network are maturing, and showing the convergent tendency with international network. However, the studies are relatively weak on the driving mechanism of microbial community evolution applied to nutrient cycling.【Conclusions and Prospectives】 In the future studies, efforts should be put on developing appropriate regional practices that are suitable for microbial regulation to improve nutrient use efficiency, and on developing the fundamental theories of the synergetic changes in microbial community structure and function as well.
nutrient cycling; soil microbes; community structure; diversity; bibliometric analysis;keyword co-occurring network
2017–07–29 接受日期:2017–09–07
國家自然科學基金重點項目(41530856);國家重點研發計劃項目(2016YFD0200300);國家綠肥產業技術體系(CARS-22-G-14)資助。
孫波(1968—),男,江蘇南京人,博士,研究員,主要從事農田土壤養分轉化微生物機制與調控技術研究。
Tel:025-86881282;E-mail:bsun@issas.ac.cn。#王曉玥與第一作者同等貢獻。 * 通信作者 E-mail:lxh@mail.whlib.ac.cn