1895年7月2日,金善寶出生于浙江諸暨會稽山麓石峽口山村一個普通農戶家里,父親金平波是晚清一名秀才,在本村的私塾里教書,母親何金蓮是方圓幾十里的養蠶能手,哥哥金善同年長11歲。他從6歲開始在父親的私塾里讀書,13歲時父親去世,使原本不富裕的家庭更加拮據了,特別是金善寶的升學問題,成了親友們議論的焦點。在這個決定他命運的關鍵時刻,他的母親毅然決定,擴大她的家庭養蠶業,全力支持兒子繼續上學。少年金善寶,深諳母親的辛勞,經常幫助母親采桑葉、繅蠶絲,上山打柴,貼補家用。樸實的山村生活,培育了他對一方故土的深情;山村人民的疾苦,激發了他振興祖國農業、改變農村落后面貌的志愿。
1917年夏,從紹興中學快要畢業的金善寶也在考慮升學的問題。可是,按照他家里的經濟條件,能讀到中學畢業已經很不容易了,大學的校門是那樣可望而不可即。正當他十分苦惱的時候,一天,他忽然在報上看見南京高等師范農科不收學費、膳費的招生簡章,這個招生簡章,完全符合他的志愿和家庭經濟情況,因此,他向親戚借了路費,毫不猶豫地去南京報考,并被錄取了。他背負著家人的希望走出了生他、養他的山村,走進了南京高等師范農業專修科,成為石峽口祖祖輩輩第一個大學生。
1920年他農業專修科畢業,經鄒秉文先生推薦,到新成立的皇城小麥試驗場任技術員,一切工作從零開始,從小麥播種到收獲,從短工安排到試驗場經費預算,樣樣都要自己親自動手,一天忙到晚,可是,他的心里卻充滿了喜悅。從此,他就將自己的整個生命和小麥科學聯系在一起,雖歷經坎坷,仍矢志不渝。
1924年,自己一個人回到了農場。在這里,他有一間10平方米的小屋,一張單人床,屋內掛滿了各種麥穗;在這里,他改良了第一批小麥良種,南京赤殼,武進無芒;他從全國790個縣搜集小麥品種900多個,分類整理,發表了中國第一部小麥分類文獻——《中國小麥分類之初步》;在這里,他對玉米、大豆等多種作物進行了研究。廣泛的農業科學實踐,為他豐富的農業科學知識奠定了堅實基礎。南京高師改名東南大學后,1925年他入東南大學補讀一年學分,完成大學本科全部學業。
1930年,他考取了浙江省教育廳公費留美學生,入康奈爾大學研究生院深造。1932年,為了在短暫的留學生涯中探尋更多的實踐知識,他放棄了學位論文,轉到明尼蘇達大學專攻小麥育種。在美國三年,他學到了許多先進的科學理論和實踐經驗。他身在異國他鄉,心里裝的是災難深重的祖國人民,為祖國振興農業的強烈愿望。一次,在學校的聚餐會上,一個美國學生當著眾人,狂妄地大聲叫喊道:密斯特金,把這些剩飯拿去給中國人吃吧,中國人正在餓著肚子呢!他聽后感到莫大的污辱,一種民族的、祖國的尊嚴,使他暴發出憤怒的抗議,他回敬道:“很遺憾,中國太遠了,請先生還是拿到芝加哥的公園去吧,那里有很多流浪者正等著這些面包填肚子呢!”那個挑釁者自覺無趣,只好灰溜溜地走了。
這件事,讓他再一次體會到“在外金窩銀窩,不如家里草窩”,作為一個炎黃子孫,決不能在屈辱中生活;作為一個學農的中國留學生,來美國的目的只有一個,這就是學成歸國,報效祖國,振興祖國農業。1933年1月,他毅然踏上了歸途,回到了祖國懷抱。
同年8月,他應聘回到母校,任南京中央大學(原東南大學)農學院教授。1934年,發表了中國第一本小麥專著《實用小麥論》。