基于高通量測序技術(shù)對沙湖水體細菌多樣性的分析

張燕靈，李靖宇，劉建利，劉雅琴，張翼飛，趙 吉，鄧 蔚

(1. 北方民族大學 生物科學與工程學院, 銀川 750021； 2. 內(nèi)蒙古自治區(qū)環(huán)境科學研究院， 呼和浩特 010010； 3. 內(nèi)蒙古大學 環(huán)境與資源學院, 呼和浩特 010021)

基于高通量測序技術(shù)對沙湖水體細菌多樣性的分析

張燕靈1，李靖宇1，劉建利1，劉雅琴1，張翼飛2，趙 吉3，鄧 蔚1

(1. 北方民族大學 生物科學與工程學院, 銀川 750021； 2. 內(nèi)蒙古自治區(qū)環(huán)境科學研究院， 呼和浩特 010010； 3. 內(nèi)蒙古大學 環(huán)境與資源學院, 呼和浩特 010021)

為了解沙湖水體中細菌群落結(jié)構(gòu)和多樣性，采用E.Z.N.A.?水樣DNA提取試劑盒提取水樣總DNA，對細菌群落的16S rRNA基因的V4～V5區(qū)進行MiSeq測序，利用Mothur軟件和R語言進行細菌群落結(jié)構(gòu)及多樣性的分析。共得到427 975條優(yōu)化序列，在97%的相似水平下對OTU進行統(tǒng)計分析，得到20門，50綱，95目，161科，276屬。樣點A、B、C、D的OTU分別為497、496、487和511。優(yōu)勢類群為變形菌門(Proteobacteria)、藍細菌門(Cyanobacteria)、放線菌(Actinobacteria)、擬桿菌(Bacteroidetes)。沙湖水體中細菌群落結(jié)構(gòu)復雜，但不同位點細菌群落結(jié)構(gòu)的組成以及多樣性差異不顯著。

細菌群落；沙湖；水體；MiSeq測序

細菌作為湖泊生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分，在湖泊的物質(zhì)循環(huán)和能量流動中起著重要作用。由于傳統(tǒng)純培養(yǎng)技術(shù)限制，利用平板培養(yǎng)法測定的細菌類群數(shù)量只能占到湖泊中實際存在的細菌總數(shù)的1%～10%[1]。近年來，高通量測序技術(shù)的發(fā)展，為細菌多樣性研究開辟了新的途徑，不斷革新著我們對細菌多樣性的認識。高通量測序可獲得的基因序列以百萬甚至億萬計，不但分辨率高，而且可以同時分析上百個不同的樣品，是分析自然界中細菌群落結(jié)構(gòu)組成和相對豐度的重要工具[2]。……