張燕靈,李靖宇,劉建利,劉雅琴,張翼飛,趙 吉,鄧 蔚
(1. 北方民族大學 生物科學與工程學院, 銀川 750021; 2. 內(nèi)蒙古自治區(qū)環(huán)境科學研究院, 呼和浩特 010010; 3. 內(nèi)蒙古大學 環(huán)境與資源學院, 呼和浩特 010021)
基于高通量測序技術(shù)對沙湖水體細菌多樣性的分析
張燕靈1,李靖宇1,劉建利1,劉雅琴1,張翼飛2,趙 吉3,鄧 蔚1
(1. 北方民族大學 生物科學與工程學院, 銀川 750021; 2. 內(nèi)蒙古自治區(qū)環(huán)境科學研究院, 呼和浩特 010010; 3. 內(nèi)蒙古大學 環(huán)境與資源學院, 呼和浩特 010021)
為了解沙湖水體中細菌群落結(jié)構(gòu)和多樣性,采用E.Z.N.A.?水樣DNA提取試劑盒提取水樣總DNA,對細菌群落的16S rRNA基因的V4~V5區(qū)進行MiSeq測序,利用Mothur軟件和R語言進行細菌群落結(jié)構(gòu)及多樣性的分析。共得到427 975條優(yōu)化序列,在97%的相似水平下對OTU進行統(tǒng)計分析,得到20門,50綱,95目,161科,276屬。樣點A、B、C、D的OTU分別為497、496、487和511。優(yōu)勢類群為變形菌門(Proteobacteria)、藍細菌門(Cyanobacteria)、放線菌(Actinobacteria)、擬桿菌(Bacteroidetes)。沙湖水體中細菌群落結(jié)構(gòu)復雜,但不同位點細菌群落結(jié)構(gòu)的組成以及多樣性差異不顯著。
細菌群落;沙湖;水體;MiSeq測序
細菌作為湖泊生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分,在湖泊的物質(zhì)循環(huán)和能量流動中起著重要作用。由于傳統(tǒng)純培養(yǎng)技術(shù)限制,利用平板培養(yǎng)法測定的細菌類群數(shù)量只能占到湖泊中實際存在的細菌總數(shù)的1%~10%[1]。近年來,高通量測序技術(shù)的發(fā)展,為細菌多樣性研究開辟了新的途徑,不斷革新著我們對細菌多樣性的認識。高通量測序可獲得的基因序列以百萬甚至億萬計,不但分辨率高,而且可以同時分析上百個不同的樣品,是分析自然界中細菌群落結(jié)構(gòu)組成和相對豐度的重要工具[2]。……