黏質沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息學分析

王 瑩, 王 洲, 章 勤, 王青青, 蔣 瀾, 吳 璇, 丁恒武, 劉必融, 薛正蓮, 闞顯照

(1. 安徽師范大學 生命科學學院 生物信息研究所, 蕪湖 241000; 2. 安徽工程大學 生物與化學工程學院, 蕪湖 241000)

黏質沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息學分析

王 瑩1,2, 王 洲2, 章 勤1, 王青青1, 蔣 瀾1, 吳 璇1, 丁恒武1, 劉必融1, 薛正蓮2, 闞顯照1

(1. 安徽師范大學 生命科學學院 生物信息研究所, 蕪湖 241000; 2. 安徽工程大學 生物與化學工程學院, 蕪湖 241000)

磷脂酶A1是一類水解磷脂的酶類，利用生物信息學方法對磷脂酶A1基因及輔助蛋白基因進行分析，為進一步研究磷脂酶提供基礎。通過對黏質沙雷氏菌plaA(Phospholipase A1)及plaS(accessory protein) 進行克隆和測序，對其核苷酸序列和氨基酸序列特征進行分析；對其蛋白質二級結構、三級結構進行了預測；同時運用ML、MP和BI 3種方法構建了系統發育樹。結果表明，plaS的dN/dS的值較plaA高，所受的選擇壓力較小，進化速率較快；PlaA蛋白和PlaS蛋白的二級結構都以α螺旋和無規則卷曲為主；plaA與plaS聯合構建的系統發育樹支持率較16S單獨構建的支持率高。基于plaA、plaS和 16S 3個基因聯合構建的系統發育樹中，解脲沙雷氏菌和嗜線蟲沙雷氏菌都與黏質沙雷氏菌聚為一支，在親緣關系上，這兩種沙雷氏菌可能跟黏質沙雷氏菌更為接近。

磷脂酶A1基因；輔助蛋白基因plaS；沙雷氏菌；系統發育

磷脂酶A1是一類水解磷脂sn-1位酰基的酶類[1]，廣泛存在于自然界，在動物[2-4]、植物[3,5]和微生物中均有發現。含有磷脂酶A1的微生物主要包括耶和森菌[6]、微白黃鏈霉菌[7]、曲霉菌[8]、假單胞桿菌[9]和沙雷氏菌[10-12]等。磷脂酶A1主要應用于食品、制藥和生物燃料產業[13]。……