黏質(zhì)沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息學(xué)分析

王 瑩, 王 洲, 章 勤, 王青青, 蔣 瀾, 吳 璇, 丁恒武, 劉必融, 薛正蓮, 闞顯照

(1. 安徽師范大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院 生物信息研究所, 蕪湖 241000; 2. 安徽工程大學(xué) 生物與化學(xué)工程學(xué)院, 蕪湖 241000)

黏質(zhì)沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息學(xué)分析

王 瑩1,2, 王 洲2, 章 勤1, 王青青1, 蔣 瀾1, 吳 璇1, 丁恒武1, 劉必融1, 薛正蓮2, 闞顯照1

(1. 安徽師范大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院 生物信息研究所, 蕪湖 241000; 2. 安徽工程大學(xué) 生物與化學(xué)工程學(xué)院, 蕪湖 241000)

磷脂酶A1是一類水解磷脂的酶類，利用生物信息學(xué)方法對磷脂酶A1基因及輔助蛋白基因進(jìn)行分析，為進(jìn)一步研究磷脂酶提供基礎(chǔ)。通過對黏質(zhì)沙雷氏菌plaA(Phospholipase A1)及plaS(accessory protein) 進(jìn)行克隆和測序，對其核苷酸序列和氨基酸序列特征進(jìn)行分析；對其蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測；同時(shí)運(yùn)用ML、MP和BI 3種方法構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)果表明，plaS的dN/dS的值較plaA高，所受的選擇壓力較小，進(jìn)化速率較快；PlaA蛋白和PlaS蛋白的二級結(jié)構(gòu)都以α螺旋和無規(guī)則卷曲為主；plaA與plaS聯(lián)合構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹支持率較16S單獨(dú)構(gòu)建的支持率高。基于plaA、plaS和 16S 3個(gè)基因聯(lián)合構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹中，解脲沙雷氏菌和嗜線蟲沙雷氏菌都與黏質(zhì)沙雷氏菌聚為一支，在親緣關(guān)系上，這兩種沙雷氏菌可能跟黏質(zhì)沙雷氏菌更為接近。

磷脂酶A1基因；輔助蛋白基因plaS；沙雷氏菌；系統(tǒng)發(fā)育

磷脂酶A1是一類水解磷脂sn-1位?；拿割怺1]，廣泛存在于自然界，在動物[2-4]、植物[3,5]和微生物中均有發(fā)現(xiàn)。含有磷脂酶A1的微生物主要包括耶和森菌[6]、微白黃鏈霉菌[7]、曲霉菌[8]、假單胞桿菌[9]和沙雷氏菌[10-12]等。磷脂酶A1主要應(yīng)用于食品、制藥和生物燃料產(chǎn)業(yè)[13]。……