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黏質沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息學分析

2017-12-19 10:49:12王青青丁恒武劉必融薛正蓮闞顯照
生物學雜志 2017年6期
關鍵詞:分析

王 瑩, 王 洲, 章 勤, 王青青, 蔣 瀾, 吳 璇, 丁恒武, 劉必融, 薛正蓮, 闞顯照

(1. 安徽師范大學 生命科學學院 生物信息研究所, 蕪湖 241000; 2. 安徽工程大學 生物與化學工程學院, 蕪湖 241000)

黏質沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息學分析

王 瑩1,2, 王 洲2, 章 勤1, 王青青1, 蔣 瀾1, 吳 璇1, 丁恒武1, 劉必融1, 薛正蓮2, 闞顯照1

(1. 安徽師范大學 生命科學學院 生物信息研究所, 蕪湖 241000; 2. 安徽工程大學 生物與化學工程學院, 蕪湖 241000)

磷脂酶A1是一類水解磷脂的酶類,利用生物信息學方法對磷脂酶A1基因及輔助蛋白基因進行分析,為進一步研究磷脂酶提供基礎。通過對黏質沙雷氏菌plaA(Phospholipase A1)及plaS(accessory protein) 進行克隆和測序,對其核苷酸序列和氨基酸序列特征進行分析;對其蛋白質二級結構、三級結構進行了預測;同時運用ML、MP和BI 3種方法構建了系統發育樹。結果表明,plaS的dN/dS的值較plaA高,所受的選擇壓力較小,進化速率較快;PlaA蛋白和PlaS蛋白的二級結構都以α螺旋和無規則卷曲為主;plaA與plaS聯合構建的系統發育樹支持率較16S單獨構建的支持率高。基于plaA、plaS和 16S 3個基因聯合構建的系統發育樹中,解脲沙雷氏菌和嗜線蟲沙雷氏菌都與黏質沙雷氏菌聚為一支,在親緣關系上,這兩種沙雷氏菌可能跟黏質沙雷氏菌更為接近。

磷脂酶A1基因;輔助蛋白基因plaS;沙雷氏菌;系統發育

磷脂酶A1是一類水解磷脂sn-1位酰基的酶類[1],廣泛存在于自然界,在動物[2-4]、植物[3,5]和微生物中均有發現。含有磷脂酶A1的微生物主要包括耶和森菌[6]、微白黃鏈霉菌[7]、曲霉菌[8]、假單胞桿菌[9]和沙雷氏菌[10-12]等。磷脂酶A1主要應用于食品、制藥和生物燃料產業[13]。……

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