基于PubMed的醫學基礎研究與臨床研究類論文分類方法構建

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[作者單位]中國醫科大學附屬盛京醫院,遼寧 沈陽 110001

科研論文的數量和質量可以反映科學研究的實力和水平[1]。基于科研論文的文獻計量學分析結果在輔助科研管理和決策中顯現出越來越重要的作用[2-3]。近年來，隨著我國醫改進程推進、研究型醫院建設、轉化醫學及精準醫學的發展，作為與臨床診療能力密切相關的科研活動，醫學基礎研究和臨床研究科研能力及其成果越來越受到業界關注和重視。目前醫學基礎研究和臨床研究類論文分類方法主要依據發文作者所在科室/學科[1]或數據庫自帶學科分類導航[4]實現。這兩種分類方式均依據科研論文的外部特征，醫學基礎研究與臨床研究論文的分類必須基于科研論文的研究內容。本文旨在構建醫學基礎研究與臨床研究類論文科學的分類方法，為科研管理提供支持，為提升醫療機構臨床診療能力提供助力。

1 醫學基礎研究與臨床研究類論文分類依據

1.1 美國NIH關于醫學臨床研究的定義

NIH將臨床研究定義為直接涉及一個具體的人或人群的研究，或者是圍繞人的相關行為特征或組織標本等數據開展的研究。這些組織或標本來自一個有生命的個人(但臨床研究的過程要求保護個人隱私)，包括以病人為中心的研究、人類疾病發病機制的研究、疾病治療或干預的研究、臨床試驗研究、疾病相關的新技術發展的研究、流行病學和行為研究、衛生服務和產出研究等內容[5]。

1.2 醫學主題詞、特征詞

《醫學主題詞表》(Mesh詞表)是美國國立醫學圖書館編制的權威性主題詞表,是一部規范化的可擴充的動態性敘詞表，用于標引、編目和檢索生物醫學文獻。Mesh詞表中，臨床研究(clinical study)作為一個文獻出版特征類型主題詞出現，僅包含臨床試驗和觀察性研究2個下位詞。對比NIH定義，發現不能用它直接分類醫學臨床研究。

特征詞是生物醫學文獻主題標引中設置的代表某些單一概念的一組標引詞。Mesh詞表中用于標引物種的特征詞僅有human和animal，凡是涉及到人或其他物種，都標引特征詞“human”或“animal”；既討論人又討論其他物種的文章兩者都標注；遇到“臨床研究”或“臨床試驗”等有臨床研究含義的主題詞時，均要標注“human”特征詞；不涉及研究物種的科研論文不標注特征詞。

1.3 醫學基礎研究與臨床研究類論文分類方法制定過程

由美國NIH 定義可知，“研究物種”不同是醫學基礎研究與臨床研究論文的最大區別。因此本文首先將科研論文按“研究物種”的區別分類，在物種分類的基礎之上，結合NIH關于臨床研究定義的3部分條件限制，制定醫學臨床研究和基礎研究論文的分類標準，具體流程見圖1。

注：“其他類型論文”包括衛生經濟、衛生政策、圖書情報、衛生法律等方面的科研論文；“不涉及研究物種的論文”中包含未進行主題詞標引的論文(此部分數據較少)。

圖1基礎研究與臨床研究類論文分類流程

2 醫學基礎研究與臨床研究類論文分類過程

2.1 依據研究物種進行論文分類并驗證其科學性

理論上，按照“研究物種”分類可將全部科研論文分為以下四部分內容：研究物種為人(Mesh：“humans”[Mesh Terms])，研究物種為動物(Mesh：“animals”[Mesh Terms:noexp])，無研究物種(Mesh：NOT(“animals”[Mesh Terms:noexp]OR“humans”[Mesh Terms]包含尚未進行主題詞標引的文章人和動物兩類物種(Mesh：“animals”[MeshTerms:noexp]AND“humans”[Mesh Terms]。四部分的總和為全部科研論文。

本文以“shengjing[ad]”為檢索式，驗證Pubmed數據物種分類的科學性(驗證時間：2016年5月20日)，數據驗證結果為：Ⅰ、shengjing hospital [ad] 檢索結果為2 371篇，Ⅱ、shengjing hospital[ad]AND “humans”[MeSH Terms] 檢索結果為1 475篇，Ⅲ、shengjing hospital [ad] AND “animals”[MeSH Terms:noexp]檢索結果為462篇，Ⅳ、shengjing hospital[ad]not(“humans”[MeSH Terms]or “animals”[MeSH Terms:noexp])檢索結果為548篇，Ⅴ、shengjing hospital[ad] and(“humans”[MeSH Terms] and“animals”[MeSH Terms:noexp]) 檢索結果為114篇。數據結果符合數理運算規則：Ⅰ=Ⅱ+Ⅲ+Ⅳ-Ⅴ=2371。因此，依據物種分類進行科研論文分類的科學性得以驗證。

2.2 醫學基礎研究與臨床研究類論文的分類標準

基于NIH 關于醫學臨床研究的定義可知，“研究物種”是醫學基礎研究和臨床研究最基本的區別。醫學基礎研究為以動物為研究物種(研究對象)開展的試驗研究，因此可將以動物為研究物種開展的科學研究定義為基礎研究，PubMed數據庫分類標準(檢索式)： “animals”[MeSH Terms:noexp] NOT “humans”[MeSH Terms]。

基于主題詞、特征詞的標引檢索規則，結合NIH 關于醫學臨床研究三部分內容的解釋，在PubMed數據庫主題詞表數據庫中對照生物醫學主題詞樹狀結構表(All MeSH Categories)篩選相對應的醫學主題詞與特征詞“human[MESH]”匹配，制定醫學臨床研究的分類標準(檢索式)： “Humans”[Mesh]AND(“Analytical,Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment Category”[Mesh]OR “Chemicals and Drugs Category”[Mesh] OR “Diseases Category”[Mesh] OR “Clinical Study” [Publication Type]OR “Epidemiology”[Mesh]OR “Psychiatry and Psychology Category”[Mesh]OR“Community-Based Participatory Research”[Mesh] OR “Outcome Assessment (Health Care)” [Mesh] OR “Comparative Effectiveness Research”[Mesh]))。

3 醫學基礎研究和臨床研究類論文分類方法數據驗證

新英格蘭醫學雜志、柳葉刀、美國醫學會雜志、英國醫學期刊是國際公認的四大頂級醫學期刊。其中新英格蘭醫學雜志、柳葉刀、美國醫學會雜志為臨床醫學刊物，主要刊載臨床研究類論文，英國醫學會雜志為綜合刊物，僅有一半的篇幅用于刊載臨床科學原始研究論文。因此本文僅選取新英格蘭醫學雜志、柳葉刀、美國醫學會雜志3種臨床研究類刊物載文數據進行醫學基礎研究與臨床研究類論文分類方法的科學性驗證。

3種期刊檢索式分別為：新英格蘭雜志檢索式：nejm[ta]、柳葉刀雜志檢索式：lancet[ta]、美國醫學會雜志檢索式：JAMA[ta]，以臨床研究類期刊的發文數據為驗證數據(數據下載時間為2016年10月26日)。

3.1 三大臨床研究類期刊載文數據驗證基礎研究與臨床研究分類方法

2006-2015年PubMed數據庫收錄的三大臨床研究類期刊載文數據見表1。由“物種分類”和NIH定義可知，表1中“其他類型”的論文數據包括科研論文尚未進行主題詞和特征詞標引、論文研究內容不涉及研究物種、有主題詞標引但不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求3種情況。同期3種臨床研究類雜志刊載的“其他類型”論文情況見表2。

表1 2006-2015年3種臨床研究類期刊載文量

表2 3種臨床類期刊“其他類型”論文載文量論文

3.2 以新英格蘭雜志刊載“其他類型”的論文數據為例進行數據剖析及驗證

以2006-2015年PubMed數據庫收錄的新英格蘭雜志載文數據為例，對表1中的“基礎研究類論文”和“其他類型”科研論文情況分析結果如下。2006-2015 10年新英格蘭雜志刊載基礎研究類論文44篇(0.3%)，刊載的“不涉及研究物種和無主題詞標引”的科研論文有608篇。應用醫療保健類(Health Care Category)主題詞進行數據再檢索分類，數據處理結果：545篇(占608篇的90%)論文屬于醫療保健大類下衛生政策、衛生服務質量、衛生服務管理等文章范疇；63篇(占10%)不屬于醫療保健類科研論文范疇，其中45篇無主題詞標注，18篇有主題詞標注但不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求。

新英格蘭雜志刊載的“不滿足NIH 3部分條件限制”科研論文共448篇。應用醫療保健類(“Health Care Category”[Mesh])主題詞進行數據處理結果為： 437篇(占98%)屬于醫療保健大類(Health Care Category)大類所包含的衛生政策、衛生服務質量、衛生服務管理類論文分類范疇；11篇(2%)科研論文中出版類型Journal Article共計3篇、Case Report類型2篇、Letter類型文獻4篇、Editorial類型2篇，11篇均不滿足NIH 定義的臨床研究類論文要求。

4 結果及討論

英格蘭雜志、柳葉刀雜志、美國醫學會雜志2006-2015年載文數據主要為臨床研究類論文，基礎研究類論文不到1%，其余部分屬于衛生政策、衛生服務、衛生質量評價類科研論文，符合三大臨床研究類期刊載文常規，同時也佐證了本文制定的醫學基礎研究與臨床研究類論文分類方法的科學性。

醫學科學研究是一個醫院的實力和聲譽所在，是醫院學科建設的重要組成部分。提高我國醫學知識水平和科學研究能力，并將其轉化為相應的衛生政策和臨床診療能力，是解決我國現存的衛生問題和實現醫療改革目標的關鍵[6]。黨的十八大提出供給側改革的概念，三級甲等醫院的供給側改革必須圍繞“提高臨床診療能力”這一關鍵問題展開，提高臨床診療能力就必須提高與之密切相關的醫學基礎研究和臨床研究能力。

十二五期間，中華醫學會組織臨床醫學、臨床流行病學、統計學、醫學管理學等多學科領域的專家對醫學“臨床研究”的基本特征進行了研討并達成共識：醫學臨床研究是以醫療服務機構為主要研究基地，以患者為主要研究對象，以疾病的診斷、治療、預后和病因為主要內容，需要多學科共同參與組織實施的科學研究活動。這一共識已經寫入“臨床研究發展戰略報告”，成為指導和推動我國臨床研究發展的基礎[7]，但未明確醫學基礎研究和臨床研究的定義。中國工程院院士王辰等[8]認為醫學研究可分為預防醫學研究、基礎醫學研究、臨床醫學研究3部分，譚得圣等[9]依據研究方法和研究對象、學科領域、研究任務性質、研究目的和深度、研究難易程度、研究邏輯形式的不同等6種分類標準進行醫學科學論文分類，但國內尚未見醫學基礎研究和臨床研究類論文的分類標準和分類依據，使醫學科研管理部門對于醫學基礎與臨床研究類論文成果的評價出現瓶頸。依據本文基于科研論文研究內容的醫學基礎研究與臨床研究分類標準，結合各醫療機構的英文檢索式，可以有效解決目前管理部門遇到的瓶頸問題，從而科學有效地進行數據分析，輔助科研決策，為提升醫療機構供給側改革能力及醫改助力。

本文介紹的醫學基礎研究與臨床研究的分類方法較寬泛，包含圍繞人或人群開展的發病機制研究、流行病學研究等概念范疇，與國內科研工作者常規理解的基礎研究和臨床研究稍有差別。同時，本文采用美國國立醫學圖書館編制的權威性《醫學主題詞表》為工具，首先使用物種特征詞標引規則，將全部科研論文按照研究物種進行區分，在此基礎上利用主題詞具有概念單一，詞型規范、詞義準確、涵蓋文章研究內容所涉及的各個方面的特點，以科研論文研究內容為依據進行醫學基礎研究與臨床研究類論文分類，有效提高了分類原則的準確性，在科研管理實踐更具實際指導性和操作性。

本文制定的醫學基礎研究與臨床研究類論文的分類標準同樣存在局限性，目前僅適用于PubMed等支持主題詞檢索的數據庫，不適用于SCI 等不支持主題詞檢索的數據庫。