乙型肝炎病毒X蛋白的優(yōu)勢氨基酸序列與熱點突變位點的生物信息學(xué)分析

王葳，何永剛，浦永蘭，潘少坤,3，謝幼華

1. 復(fù)旦大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院教育部/衛(wèi)生部醫(yī)學(xué)分子病毒學(xué)重點實驗室，上海 200032； 2. 太倉市第一人民醫(yī)院感染科，太倉 215400； 3. 上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院口腔預(yù)防科，上海 200011

·論著·

乙型肝炎病毒X蛋白的優(yōu)勢氨基酸序列與熱點突變位點的生物信息學(xué)分析

王葳1，何永剛1，浦永蘭2，潘少坤1,3，謝幼華1

1. 復(fù)旦大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院教育部/衛(wèi)生部醫(yī)學(xué)分子病毒學(xué)重點實驗室，上海 200032； 2. 太倉市第一人民醫(yī)院感染科，太倉 215400； 3. 上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院口腔預(yù)防科，上海 200011

乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein，HBx)全長154個氨基酸，與肝癌發(fā)生密切相關(guān)。為確定HBx的優(yōu)勢氨基酸序列和熱點突變位點，在GenBank中下載所有HBx的氨基酸序列13 950條，剔除插入突變、缺失突變和起始密碼子非甲硫氨酸的序列，最后保留7 126條。通過分析這7 126條序列，計算出HBx每個位點的氨基酸分布情況，出現(xiàn)頻率最高的氨基酸為該位點的優(yōu)勢氨基酸，其他氨基酸為突變氨基酸。154個位點的優(yōu)勢氨基酸組成HBx優(yōu)勢氨基酸序列。突變率>10.0%的熱點突變位點有32個。其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4種(突變率>1.0%)以上突變形式，具有較高的多態(tài)性。與肝癌密切相關(guān)的K130M/V131I雙突變率為34.7%。通過7 126條HBx序列與優(yōu)勢序列的同源性比較，隨機選出其中50條序列(2條與優(yōu)勢序列同源性<75%，48條同源性為76%～99%)，與23條參考序列及優(yōu)勢序列共同構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹。結(jié)果顯示，HBx優(yōu)勢氨基酸序列屬于基因型C，這與基因型C為全球主要流行型一致。本研究首次系統(tǒng)性分析了GenBank中HBx的優(yōu)勢序列，確定了32個HBx熱點突變位點和6個多態(tài)性較高的位點，為基于HBx突變的基礎(chǔ)和應(yīng)用研究奠定了基礎(chǔ)。

乙型肝炎病毒X蛋白；熱點突變；優(yōu)勢序列

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus，HBV)感染引起的慢性肝炎、肝硬化(liver cirrhosis，LC)和肝癌(hepatocellular carcinoma，HCC)是全球性的公共衛(wèi)生威脅，給患者尤其是發(fā)展中國家的患者帶來沉重負(fù)擔(dān)[1]。HB……