申云飛參與進行的“幽門螺桿菌疫苗研發項目”,列入2012年山西省重大產業創新發展項目,獲山西省400萬元財政資金的支持;參與進行的“重組人血管內皮細胞生長因子突變體與苦瓜籽核糖體失活蛋白融合毒素研制項目”列入2012年山西省科技重大專項,獲得2014年“重大新藥創制”國家科技重大專項。除此之外,申云飛在省級以上科技刊物上發表論文25篇,是山西康寶生物制品股份有限公司和長治市輕工研究所發表學術論文最多的科技人員。其中《硼酸鋅中硼含量的測定》發表在國家級學術期刊《化學世界》上,并被美國《化學文摘》收錄,多次被其他研究者引用;《N-烷基丙撐二胺合成工藝的研究》獲山西省首屆青年科技大會優秀論文二等獎;《阻燃劑氫氧化鎂表面改性處理》1993年在中國阻燃學會年會上宣讀,獲優秀論文一等獎。他還申請專利14項(發明9項、實用新型5項),獲授權專利10項。
此外,通過不斷的創新與努力,申云飛還于1990年、2002年、2009年、2011年分別獲得山西省科技進步二等獎3項、三等獎1項,2012年獲華夏科技二等獎,山西省輕工科技進步獎4項,獲長治市科技進步獎13項,獲山西省“九五”、“十五”、“十一五”技術創新獎,技術中心獲山西省產學研合作突出貢獻獎,2009年獲評長治市“311”人才、高新區勞動模范,2010年獲評長治市首批享受特殊津貼及相關待遇拔尖人才,2011年被省經信委綜合選聘為山西省技術中心建設專家委員會委員,2012年獲山西省勞動競賽委員會表彰的勞動競賽集體一等功,2013年經省人力資源和社會保障廳層層選評,獲評山西省第二批學術技術帶頭人。
如今再回憶起來,申云飛說:“我現在依舊是時刻保持著高度緊張狀態,尤其是一進公司大門,因為只有合格的員工才能生產出合格的產品,如果沒有康寶,就沒有今天的我,這份榮譽我要好好珍惜,更要好好維護。”