李天芝,于新友,沈志強,2
(1.山東綠都生物科技有限公司,山東 濱州 256600;2.山東省濱州畜牧獸醫研究院,山東 濱州 256600)
豬肺炎支原體PCR快速檢測方法的建立和應用
李天芝1,于新友1,沈志強1,2
(1.山東綠都生物科技有限公司,山東 濱州 256600;2.山東省濱州畜牧獸醫研究院,山東 濱州 256600)
根據豬肺炎支原體P36基因序列,設計1對引物,建立了豬肺炎支原體PCR診斷方法,該方法對豬肺炎支原體的擴增結果為陽性,對照菌株擴增結果均為陰性,對豬肺炎支原體檢測的靈敏性為1 pg總DNA量。并用建立的PCR診斷方法檢測52份豬肺炎支原體疑似病料,檢出陽性病例18份,以上結果表明該PCR方法特異性強敏感性高、簡便、快速,可用于豬肺炎支原體疾病的診斷。
豬肺炎支原體;PCR;診斷
豬肺炎支原體(Mhp)可引起豬支原體肺炎(MPS),該病又叫豬霉形體肺炎或豬氣喘病,是豬的一種高發性、慢性呼吸道傳染病,主要臨床表現為咳嗽和氣喘,一年四季均可發病,但以冬、春寒冷季節較常見,各種日齡豬均可發病,但死亡率低,病豬生長緩慢,飼料利用率低,給世界各國養豬業造成了重大的經濟損失[1-2]。豬肺炎支原體傳統的檢測方法主要有病原分離[3]、核酸探針[4]、間接血凝試驗[5]和ELISA[6]等方法這些方法有的操作繁瑣,診斷時間長,結果重復性不好,有的難以檢測出微量病毒,不適宜疾病早期診斷,本研究設計了針對豬肺炎支原體P36基因的引物,優化PCR反應體系,建立檢測了豬肺炎支原體的PCR檢測方法,并用該方法對所采集的病料進行檢測分析。
1.1 菌種和病料
豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌由本實驗室分離、保存。病料采自山東省各地豬場臨床診斷為豬支原體肺炎的豬肺臟。
1.2 主要試劑及儀器
pMD18-T載 體、Premix Taq、DL2000 Marker購自寶生物工程(大連)有限公司,多功能DNA純化回收試劑盒、高純質粒小量制備試劑盒、細菌基因組DNA提取試劑盒均購自北京百泰克生物技術有限公司,PCR儀購自BIO-RAD公司。
1.3 引物設計與合成
參照GenBank發表的Mhp P36(X67286) 基 因 序 列, 用Primer primer5.0軟件設計1對引物,P1:5'-G ATTAGTGTCTCCCGTTAT-3',P2:5'- TCACCCATCACGTAGGCC -3'。引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
1.4 PCR模板制備
參照百泰克細菌基因組DNA提取試劑盒說明書,提取豬肺炎支原體基因組DNA,并提取其他幾種細菌的DNA作為模板。
1.5 豬肺炎支原體P36基因的PCR擴增及條件優化
以基因組DNA為模板進行PCR擴增,反應體系為25 μL,對各擴增條件進行優化,包括退火溫度(45~55 ℃梯度溫度,每2 ℃為1個梯度)、引物濃度(0.1~1.1 μmol/L,每0.2 μmol/ L為1個梯度)等,最終確定的擴增程序為95 ℃預變性5 min,然后進入95 ℃30 s、51 ℃ 30 s、72 ℃30 min循環,共30個循環,最后72 ℃延伸10 min。取5 μL產物,1.5%瓊脂糖凝膠電泳,EB染色,紫外成像。
1.6 PCR擴增產物的檢測及鑒定
首先取擴增產物5 μL在1.5%的瓊脂糖凝膠上電泳,利用凝膠成像系統掃描進行初步鑒定。然后用DNA凝膠回收試劑盒回收目的片段。將目的片段與pMD18-T克隆載體于4 ℃過夜連接,轉化感受態菌株DH5α。挑取單個的轉化菌落,加LB溶液培養18 h后用質粒提取試劑盒抽提質粒DNA用PCR方法進行鑒定,將陽性克隆送上海生工生物工程股份有限公司進行測序鑒定。將測序結果與參照的豬肺炎支原體P36基因序列同源性比較。
1.7 特異性試驗
分別提取豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌的DNA,用已建立的方法進行擴增。
1.8 敏感性測定
豬肺炎支原體的基因組DNA后定量,然后10倍梯度稀釋提取的細菌基因組DNA使其分別相當于含有100 ngDNA、10 ngDNA、1 ngDNA、100 pgDNA、10 pgDNA、1 pgDNA、0.1 pgDNA的含量,分別進行PCR檢測,確定其敏感性。
1.9 重復性試驗
用建立的PCR檢測方法,對豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌DNA,重復檢測3次,以驗證本方法的重復性和穩定性。
1.10 臨床樣品的檢測
對52份豬肺炎支原體疑似病料,用本試驗優化建立的PCR反應體系進行檢測,對擴增產物全部進行測序鑒定,并利用生物學軟件BLAST進行序列分析。
2.1 擴增產物的檢測
PCR擴增產物經過1.5%瓊脂糖凝膠電泳,擴增產物在351 bp處可見特異性DNA擴增條帶,與預期大小相符(圖1)。測序結果顯示擴增的序列與參照的豬肺炎支原體P36基因(X67286)的同源性為100%。
2.2 特異性試驗
利用所設計的引物及所確定的最佳反應條件分別對豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌的DNA進行PCR檢測。結果7菌株中只有豬肺炎支原體能擴增出相應的片段,大小分351 bp(預期的為351 bp),而其他均未擴增出相應的片段(圖2)。說明本研究建立的方法特異性好。

圖1 豬肺炎支原體擴增結果

圖2 特異性試驗

圖3 敏感性試驗
2.3 敏感性試驗
取5μL PCR產物經1.5%瓊脂糖凝膠電泳分析,分別在約351 bp附近出現特異性條帶,與預期產物大小相符。從結果可以看出,該PCR檢測靈敏度可以達到1 pgDNA(圖3)。
2.4 重復性試驗
經過3次重復操作,結果一致,說明建立的方法是穩定、可靠的。
2.5 檢測方法的應用
用本試驗優化建立的PCR方法對52份豬肺炎支原體疑似病料進行檢測,4 h內可出結果,檢出陽性病例18份,陽性率為34.6%。
本實驗參照Genbank中豬肺炎支原體P36基因序列,在其高度保守區設計1對特異性引物,建立了豬肺炎支原體PCR診斷方法。通過對豬肺炎支原體、豬鼻支原體、豬大腸桿菌、副豬嗜血桿菌、豬巴氏桿菌、豬鏈球菌2型、豬胸膜肺炎放線桿菌的擴增表明,本試驗所建立的PCR檢測方法特異性高,敏感性試驗結果表明,該PCR檢測豬肺炎支原體靈敏度可以達到1 pgDNA。
國內外有關豬肺炎支原體臨床病例方面的報道較多,而病原菌檢測方法的報道卻很少。由于該病傳統的實驗室檢測方法(病原分離與生化鑒定等)繁雜費時,且檢出率較低。本實驗優化條件建立的豬肺炎支原體PCR檢測方法,直接從病料提取細菌DNA,不需要進行病原菌的分離培養,進行PCR擴增,即可判斷是否患有豬肺炎支原體感染,該方法具有檢測速度快、特異性強、敏感性高等優點。對52份臨床疑似病料進行檢測,4 h內可出結果,檢出陽性病例18份,檢出率為34.6%;用傳統的實驗室檢測方法耗時數天,說明PCR方法較傳統方法有檢測速度快,靈敏度高的優點,能對該病進行有效診斷。本試驗建立的豬肺炎支原體PCR檢測方法可用于該病的快速診斷與流行病學調查。
[1] 辛彩云,譯.國際防制豬支原體肺炎會議報告簡介[J].國外畜牧科技,2001,28(3):45.
[2] 沈青春,寧宜寶,覃青松.豬肺炎支原體的研究進展[J].中國獸藥雜志,2003,37(6):26-30.
[3] 孔令增,劉艷芬,劉鈾.廣東豬肺炎支原體的分離與鑒定[J].中國獸醫科學,2013,43(10):1016-1020.
[4] 李桂蘭,張映,邵國青.豬肺炎支原體斑點雜交檢測方法的建立及應用[J]山西農業大學學報(自然科學版),2012,32(6):536-539.
[5] 張順鳳.間接血凝試驗及豬氣喘病檢測[J].甘肅畜牧獸醫,1996,26(1):5-7.
[6] 劉茂軍,靳岷,杜改梅,等.檢測豬肺炎支原體抗體間接ELISA方法的建立[J].江蘇農業學報,2007,23(5):437-441.
2015-08-07)
山東省現代農業產業技術體系生豬產業創新團隊項目(SDAIT-06-011-14)
李天芝(1985-),女,漢族,助理研究員,碩士,主要從事動物傳染病診斷技術研究。