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黃燈籠辣椒核心種質(zhì)資源比較構(gòu)建研究

2015-04-29 01:44:19劉子記孫繼華楊衍曹振木
熱帶作物學(xué)報(bào) 2015年12期

劉子記 孫繼華 楊衍 曹振木

摘 要 核心種質(zhì)的構(gòu)建為種質(zhì)資源的研究和有效利用提供了便利條件。以146份黃燈籠辣椒種質(zhì)資源為試驗(yàn)材料,基于10個(gè)性狀表型數(shù)據(jù),采用混合線性模型分析方法無偏地預(yù)測基因型值,利用馬氏距離計(jì)算種質(zhì)間的遺傳距離,分別采用2種取樣方法(隨機(jī)取樣法和優(yōu)先取樣法),2種聚類方法(離差平方和法和類平均法),按照30%的抽樣比率構(gòu)建黃燈籠辣椒核心種質(zhì)庫。采用均值、方差、極差和變異系數(shù)4個(gè)指標(biāo)評價(jià)不同取樣方法和聚類方法構(gòu)建核心種質(zhì)庫的優(yōu)劣。試驗(yàn)結(jié)果表明,優(yōu)先取樣法優(yōu)于隨機(jī)取樣法,類平均法優(yōu)于離差平方和法。基于馬氏距離、優(yōu)先取樣法、類平均法獲取的43份黃燈籠椒核心資源能夠代表原群體的遺傳多樣性。

關(guān)鍵詞 黃燈籠辣椒;基因型值;核心種質(zhì);取樣方法;聚類方法

中圖分類號 S641.3 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 A

Comparative Study on the Construction of Capsicum chinense

Jacquin Core Collection

LIU Ziji1, SUN Jihua2, YANG Yan1, CAO Zhenmu1*

1 Tropical Crops Genetic Resources Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences / Key Laboratory of Crop Gene

Resources and Germplasm Enhancement in Southern China, Ministry of Agriculture, Danzhou, Hainan 571737 China

2 Institute of Scientific and Technical Information, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou, Hainan 571101, China

Abstract Core collection construction facilitates the research and effective utilization of genetic resources. Taking 146 Capsicum chinense Jacquin germplasm as experiment materials, genotypic values of 10 traits were unbiasedly predicted through employing mixed linear model analysis method. The genetic distances among germplasm were calculated using Mahalanobis distance based on genotypic values. Core collections were constructed with 30% sampling proportion by using 2 sampling strategies(random sampling and preferred sampling)and 2 cluster methods(UPGMA and Wards method), respectively. The genetic variations among core collections were compared through evaluating the mean, variance, range and coefficient of variation of 10 traits. The results showed that preferred sampling method was better than the random sampling method; UPGMA was better than Wards method. 43 core collections, obtained based on Mahalanobis distance, preferred sampling and UPGMA method, could represent genetic diversity of the initial collection. This study could provide important theoretical basis for efficient utilization of Capsicum chinense Jacquin germplasm and breeding of new varieties.

Key words Capsicum chinense Jacquin; Genotype value; Core collection; Sampling strategy; Cluster method

doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2015.12.008

海南黃燈籠椒(Capsicum chinense Jacquin)為茄科(Solanaceae)辣椒屬(Capsicum)多年生草本植物[1],起源于南美亞馬遜流域[2],又稱黃帝椒、黃辣椒等,植物分類學(xué)上屬于中國辣椒(Capsicum chinense),是海南特有的地方珍稀辣椒品種,主要分布于海南島文昌、萬寧、定安等地區(qū),在海南有著悠久的栽培和食用歷史[3]。黃燈籠椒除了含有豐富的維生素C、礦物質(zhì)、胡蘿卜素、氨基酸及微量元素外,還含有豐富的辣椒素類物質(zhì),辣椒素具有緩解疼痛[4-5]、抗氧化[6-7]、消炎[8]、減肥[9-10]和抗腫瘤活性[11-13]的功效。總之,海南黃燈籠椒具有非常高的營養(yǎng)價(jià)值和藥用價(jià)值,是海南最具開發(fā)潛力的特色蔬菜作物[14-15]。

種質(zhì)是指決定生物種性并將其遺傳信息從親代傳遞給子代的遺傳物質(zhì)的總和。種質(zhì)資源包括攜帶有不同種質(zhì)的栽培種、近緣種和野生種[16]。種質(zhì)資源內(nèi)蘊(yùn)含著豐富的遺傳變異和各種性狀的有利基因,為栽培種遺傳改良、新品種選育及遺傳生物學(xué)研究提供豐富的遺傳變異和基因資源,是人類發(fā)展農(nóng)業(yè)的物質(zhì)基礎(chǔ)[17]。隨著作物種質(zhì)資源的不斷收集和積累,種質(zhì)資源的管理費(fèi)用不斷提高,并且增加了特異種質(zhì)材料篩選、挖掘利用的難度。Frankel和Brown于1984年最早提出構(gòu)建核心種質(zhì)[18],核心種質(zhì)是種質(zhì)資源的一個(gè)核心子集,能夠以最少數(shù)量的遺傳資源最大限度地保存整個(gè)資源群體的遺傳多樣性,因此核心種質(zhì)可以作為種質(zhì)資源研究和利用的切入點(diǎn),從而提高種質(zhì)資源的管理和利用水平。近年來,核心種質(zhì)研究蓬勃發(fā)展,先后對芝麻[19]、香菇[20]、木薯[21]、大麥[22]、咖啡[23]、杏[24]等多種作物構(gòu)建了核心種質(zhì)庫。園藝作物核心種質(zhì)研究起步較晚,黃燈籠椒核心種質(zhì)的研究鮮有報(bào)道。

如何使盡可能少的樣品保存盡可能多的遺傳變異,是有效構(gòu)建作物核心種質(zhì)的關(guān)鍵。作物性狀表型的差異不僅受基因型的影響,還受環(huán)境條件的影響,因此如何準(zhǔn)確地評價(jià)不同種質(zhì)材料間遺傳上的差異程度以及合理的取樣方法則是高效構(gòu)建核心種質(zhì)的前提。本研究將采用混合線性模型預(yù)測基因型效應(yīng)值,比較不同取樣和聚類方法的優(yōu)劣,有效構(gòu)建黃燈籠椒核心種質(zhì),以期為黃燈籠椒種質(zhì)資源的高效利用和新品種選育提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料和基因型值預(yù)測

試驗(yàn)于2013年8月中旬在中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶作物品種資源研究所八隊(duì)試驗(yàn)基地進(jìn)行育苗,10月份進(jìn)行移栽,2014年2月至3月份進(jìn)行農(nóng)藝性狀調(diào)查,為了避免不同種植時(shí)間造成的誤差,本研究均在同一生長季節(jié)完成農(nóng)藝性狀調(diào)查。供試黃燈籠辣椒種質(zhì)資源共146份,30份來自中國海南,15份來自中國云南,15份來自英國,18份來自法國,15份來自美國,20份來自巴西,16份來自墨西哥,17份來自泰國,不同種質(zhì)間株高、葉片大小、果實(shí)大小等性狀存在顯著差異。將146份黃燈籠辣椒種質(zhì)資源按隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì)進(jìn)行種植,重復(fù)3次,每個(gè)重復(fù)種植8株。參考《辣椒種質(zhì)資源描述規(guī)范與數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)》調(diào)查株高、株幅、葉片長、葉片寬、葉柄長、果縱徑、果橫徑、果柄長、果肉厚和單果重,其中株高指門椒成熟期,植株在自然狀態(tài)下,其最高點(diǎn)至地面的垂直距離;株幅指門椒成熟期,植株在自然狀態(tài)下,植株葉幕垂直投影的最大直徑;葉片長指四門斗始花期,植株中部完整且生長正常的最大葉片的長度;葉片寬指四門斗始花期,植株中部完整且生長正常的最大葉片的寬度;葉柄長指四門斗始花期,植株中部完整且生長正常的最大葉片的葉柄長度;商品果縱徑指發(fā)育正常、達(dá)到商品成熟度的對椒,果蒂至果頂?shù)闹本€長度;商品果橫徑指發(fā)育正常、達(dá)到商品成熟度的對椒,與縱徑垂直的最大橫切面的直徑;果柄長度指發(fā)育正常、達(dá)到商品成熟度的對椒的果柄的長度;果肉厚度指發(fā)育正常、達(dá)到商品成熟度的對椒果肉的厚度;單果重指對椒成熟期,單個(gè)正常商品果實(shí)的重量。采用朱軍[25]提出的混合線性模型,基于調(diào)整無偏預(yù)測法無偏預(yù)測基因型效應(yīng)值。

1.2 遺傳距離計(jì)算與聚類分析

采用馬氏距離基于基因型預(yù)測值計(jì)算不同黃燈籠椒種質(zhì)間的遺傳距離,假設(shè)共有n份種質(zhì)資源,采用m個(gè)性狀進(jìn)行聚類。第i個(gè)種質(zhì)與第j個(gè)種質(zhì)的基因型效應(yīng)向量分別為giT=(gi1, gi2, …gim);gjT=(gj1, gj2, …gjm),則第i個(gè)種質(zhì)與第j個(gè)種質(zhì)間的馬氏距離計(jì)算公式為Dij2=(gi-gj)TVG-1(gi-gj)[26]。基于種質(zhì)間的遺傳距離分別利用離差平方和和類平均法進(jìn)行聚類分析[27]。

1.3 抽樣與核心種質(zhì)遺傳變異評價(jià)

采用隨機(jī)取樣法[28]、優(yōu)先取樣法[29]和30%的抽樣比率構(gòu)建黃燈籠椒核心種質(zhì)庫。本研究采用統(tǒng)計(jì)分析根據(jù)均值、方差、極差和變異系數(shù)4個(gè)指標(biāo)來評價(jià)核心資源庫的優(yōu)劣。核心庫各性狀的方差和變異系數(shù)應(yīng)不小于原群體的方差和變異系數(shù),而極差與均值則應(yīng)基本保持不變[30]。方差的差異性通過F測驗(yàn)進(jìn)行分析,均值的差異性通過t測驗(yàn)進(jìn)行分析。

2 結(jié)果與分析

2.1 比較2種聚類方法構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì)

采用馬氏距離、優(yōu)先取樣法和30%的抽樣比率,分別基于2種聚類方法(離差平方和和類平均法)構(gòu)建核心種質(zhì)。結(jié)果表明,利用離差平方和和類平均法構(gòu)建的核心種質(zhì)的均值與原群體沒有顯著差異,與原群體相比,10個(gè)性狀的方差均得到不同程度地提高。利用類平均法構(gòu)建的核心種質(zhì),3個(gè)性狀(葉片寬、果縱徑、果肉厚)的方差與原群體差異達(dá)極顯著水平,3個(gè)性狀(株高、葉柄長、單果重)的方差與原群體差異達(dá)顯著水平。采用離差平方和法構(gòu)建的核心種質(zhì)僅果肉厚的方差與原群體差異達(dá)極顯著水平,5個(gè)性狀(株高、葉片寬、果縱徑、果柄長、單果重)的方差與原群體差異達(dá)顯著水平。離差平方和和類平均法構(gòu)建的核心種質(zhì)均保存了原群體的極差。離差平方和和類平均法構(gòu)建的核心種質(zhì)所有10個(gè)性狀的變異系數(shù)均高于原群體,采用類平均法構(gòu)建的核心種質(zhì)9個(gè)性狀的變異系數(shù)高于離差平方和法,僅果柄長的變異系數(shù)略低于離差平方和法(表1)。綜合以上分析結(jié)果,采用類平均法進(jìn)行聚類分析構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì)具有相對較大的遺傳差異,優(yōu)于離差平方和法。

2.2 比較2種取樣方法構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì)

采用馬氏距離、非加權(quán)類平均法和30%的取樣比率,分別基于2種取樣方法(隨機(jī)取樣和優(yōu)先取樣)構(gòu)建核心種質(zhì)。結(jié)果表明,利用隨機(jī)取樣和優(yōu)先取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì)的均值與原群體沒有顯著差異。利用優(yōu)先取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì),10個(gè)性狀的方差均大于隨機(jī)取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì)和原群體,其中3個(gè)性狀(葉片寬、果縱徑、果肉厚)的方差與原群體差異達(dá)極顯著水平,3個(gè)性狀(株高、葉柄長、單果重)的方差與原群體差異達(dá)顯著水平。采用隨機(jī)取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì)僅果肉厚的方差與原群體差異達(dá)極顯著水平,2個(gè)性狀(株高、葉片寬)的方差與原群體差異達(dá)顯著水平,果柄長的方差低于原群體。采用優(yōu)先取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì)保存了原群體的極差,采用隨機(jī)取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì)僅株高和果肉厚的極差與原群體保持一致,其余性狀的極差均小于原群體。優(yōu)先取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì)所有10個(gè)性狀的變異系數(shù)均高于原群體和隨機(jī)取樣法,采用隨機(jī)取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì),8個(gè)性狀的變異系數(shù)高于原群體,2個(gè)性狀(葉柄長和果柄長)的變異系數(shù)低于原群體(表2)。以上分析結(jié)果表明,采用優(yōu)先取樣法構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì)具有相對較大的遺傳變異,優(yōu)于隨機(jī)取樣法。

2.3 黃燈籠椒核心種質(zhì)構(gòu)建

采用馬氏距離、非加權(quán)類平均法、優(yōu)先取樣法和30%的抽樣比率,構(gòu)建黃燈籠椒核心種質(zhì)。核心種質(zhì)的均值與原群體沒有顯著差異。10個(gè)性狀的方差均大于原群體,其中3個(gè)性狀(葉片寬、果縱徑、果肉厚)的方差與原群體差異達(dá)極顯著水平,3個(gè)性狀(株高、葉柄長、單果重)的方差與原群體差異達(dá)顯著水平。核心種質(zhì)保存了原群體的極差。核心種質(zhì)所有10個(gè)性狀的變異系數(shù)均高于原群體(表3)。獲取的43份核心資源能夠代表原群體的遺傳多樣性。核心種質(zhì)編號為:CCJ8、CCJ10、CCJ14、CCJ15、CCJ17、CCJ22、CCJ26、CCJ29、CCJ35、CCJ44、CCJ46、CCJ48、CCJ55、CCJ59、CCJ60、CCJ66、CCJ73、CCJ84、CCJ85、CCJ86、CCJ93、CCJ95、CCJ96、CCJ103、CCJ104、CCJ106、CCJ109、CCJ110、CCJ111、CCJ115、CCJ117、CCJ120、CCJ121、CCJ122、CCJ126、CCJ127、CCJ129、CCJ130、CCJ131、CCJ134、CCJ135、CCJ138、CCJ141。

3 討論與結(jié)論

核心種質(zhì)是種質(zhì)資源的一個(gè)核心子集,以最少的遺傳資源數(shù)量最大限度地保存整個(gè)資源群體的遺傳多樣性[18]。核心種質(zhì)的構(gòu)建可以大大提高整個(gè)種質(zhì)庫的管理和利用水平。種質(zhì)材料的表型不僅受基因型控制,還受環(huán)境條件的影響,如何準(zhǔn)確地度量不同遺傳材料間的遺傳差異是構(gòu)建核心種質(zhì)的關(guān)鍵。為了排除環(huán)境條件、基因型與環(huán)境互作的影響,本研究采用混合線性模型無偏預(yù)測性狀的基因型值,基于基因型值計(jì)算種質(zhì)材料間的遺傳距離。

為確保核心種質(zhì)能夠保存原群體的遺傳結(jié)構(gòu),首先要對該群體進(jìn)行遺傳分類。聚類分析是一種重要的多變量分析工具,被廣泛應(yīng)用于種質(zhì)資源的分類、親緣關(guān)系分析等研究[31]。本研究比較了離差平方和法和類平均法2種聚類方法構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì)的優(yōu)劣。研究結(jié)果表明,采用類平均法進(jìn)行聚類分析構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì)具有相對較大的遺傳變異,優(yōu)于離差平方和法。

完成種質(zhì)資源遺傳分類后,需根據(jù)分類結(jié)果采用一定的取樣策略對各類群進(jìn)行抽樣。核心材料的取樣是構(gòu)建核心種質(zhì)的另一個(gè)重要環(huán)節(jié),不同的取樣方法直接影響核心種質(zhì)庫的優(yōu)劣。本研究比較了隨機(jī)取樣法和優(yōu)先取樣法構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì)的優(yōu)劣。通過比較方差和變異系數(shù)發(fā)現(xiàn),優(yōu)先取樣法構(gòu)建的核心種質(zhì)的方差和變異系數(shù)均大于隨機(jī)取樣法,并且優(yōu)先取樣法優(yōu)先抽取性狀最大或最小值的樣品,有利于保存特異種質(zhì)材料,優(yōu)于隨機(jī)取樣法。

核心種質(zhì)材料應(yīng)能代表原有種質(zhì)資源的遺傳多樣性,本研究采用方差、極差、均值和變異系數(shù)4個(gè)指標(biāo)來評價(jià)核心種質(zhì),核心種質(zhì)各性狀的方差和變異系數(shù)應(yīng)不小于原群體,而極差與均值則應(yīng)基本保持不變[30]。本研究采用馬氏距離、非加權(quán)類平均法和優(yōu)先取樣法構(gòu)建的黃燈籠椒核心種質(zhì),均值與原群體沒有顯著差異,10個(gè)性狀的方差均大于原群體,保存了原群體的極差,10個(gè)性狀的變異系數(shù)均高于原群體,獲取的43份核心資源能夠代表原群體的遺傳多樣性。

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