間充質干細胞與肝樣轉化細胞的基因譜差異分析

姜 華，高建鵬，王 輝，張志波，王麗昆

（昆明醫科大學附屬延安醫院消化內科，云南昆明 650051）

近年來研究發現，與肝移植相比，干細胞移植具有可反復進行，取材廣泛，創傷小等優點，并且明顯改善肝臟疾病和降低肝衰竭的病死率，可作為替代肝移植的一種新的移植治療方法［1］。大鼠骨髓間充質干細胞（bone mesenchymal stem cells，BMSCs）為終末肝臟疾病的治療提供新的途徑。但不可否認的是:大鼠BMSCs雖有一定的治療效果，但遠沒有達到人們的期望。尤其從大鼠BMSCs分化為肝樣細胞的過程中，基因表達譜系的時空變化、起關鍵作用的信號通路以及相關的表觀遺傳學調控機制等尚不清楚。本研究先行從全基因組表達芯片分析人手，篩選出分化前后發生顯著差異表達的基因，通過基因本體（gene ontology，GO）分析和信號通路（pathway）分析方法初步明確這些差異表達基因的大體功能分類和參與的信號通路，進一步尋找決定分化方向的關鍵基因及其調控機制。

1 材料與方法

1.1 基因芯片分析

選取大鼠骨髓MSCs經肝細胞提取液誘導分化后肝細胞做基因芯片實驗，分析MSCs與分化后肝細胞之間的基因表達譜差異。本實驗采用Illumina大鼠全基因組基因表達芯片ratref-12（由上海伯豪生物科技有限公司完成）。芯片結果采用illumina SherlockTM1000分析掃描儀進行掃描，BeadStudio軟件讀取、處理數據。通過芯片圖像分析軟件對芯片灰度掃描圖進行分析，可以得到芯片上每個基因點的原始信號值，即所有有效重復點的前景信號值減去背景信號值的平均信號值（Avg_Signal），Detection Pval等。……