基于飛行時間質譜技術對降解檢材的插入缺失遺傳多態性檢驗

馮 銳，周建波(.湖南省公安廳 刑偵總隊，湖南長沙40000;.永州市公安局 刑偵支隊，湖南永州45000)

基于飛行時間質譜技術對降解檢材的插入缺失遺傳多態性檢驗

馮 銳1，周建波2
(1.湖南省公安廳 刑偵總隊，湖南長沙410000;2.永州市公安局 刑偵支隊，湖南永州425000)

目的 通過采用飛行時間質譜技術對插入缺失遺傳多態性遺傳標記的檢驗，探討該技術對降解檢材的DNA分型策略。方法 提取切片DNA，在用STR試劑盒檢測未能獲得分型結果的情形下，采用多重PCR和飛行質譜技術對常染色體上的30個InDel位點進行分型檢測。結果對于STR分型失敗的切片，InDel分型獲得成功。結論對于切片等微量、降解的生物學檢材，若常染色體STR基因座分型失敗，可嘗試進行InDel位點的分型，以獲得更多的遺傳信息。

法醫遺傳學;插入缺失遺傳多態性;飛行時間質譜

在法醫學實踐中，經常會遇到一些降解嚴重的生物學檢材，普遍采用的STR檢測試劑盒或MiniSTR檢測試劑盒往往得不到理想的分型結果。這種情形下，選用其他遺傳標記進行檢測，往往能獲得一定的信息量。本研究針對一起特殊的個體識別案件，采用飛行質譜分型技術成功地進行了插入缺失遺傳多態性遺傳標記(Insertion/Deletion polymorphism，InDel)檢驗。

1 材料與方法

1.1 樣本

醫院保存的石蠟包埋組織切片，編為1號;人體毛發，編為2號。

1.2 試劑與儀器

384微孔板(美國SEQUENOM公司);IdentifilerTM試劑盒(美國 AB公司);MinifilerTM試劑盒(美國 AB公司);9700型擴增儀(美國AB公司);3500XL型遺傳分析儀(美國AB公司);芯片(MassARRAY SpectroCHIP，美國Sequenom公司);MALDI-TOF質譜儀(美國Sequenom公司)。

1.3 基因組DNA的提取

基因組DNA的制備采用Chelex-100法。

1.4 常染色體STR基因座分型

采用 IdentifilerTM試劑盒對常染色體上 15個STR基因座進行分型檢測。PCR反應體系總體積為12.5 μL，PCR組分及反應條件參照說明書。

1.5 常染色體MiniSTR基因座分型

采用MinifilerTM試劑盒對常染色體上8個STR基因座進行分型檢測。PCR反應體系總體積為12.5 μL，PCR組分及反應條件參照說明書。

1.6 InDel位點的選擇

參照李成濤等［1］的文章，選定在常染色體上的30個InDel位點 (見表1)，PCR擴增體系的為15.0 μL，包括 MasterMix 7.5 μL，Q-solution 1.5 μL，PrimerMix 3.0 μL，模板DNA 3.0 μL。PCR擴增條件為:95℃11 min;94℃ 30 s，57℃ 90 s，72℃ 90 s，共30個循環;60℃延伸60 min。PCR反應在9700擴增儀上進行。PCR擴增結束后，用蝦堿性磷酸酶(Shrimp Alkaline Phosphatase，SAP)酶進行酶切反應，反應程序為: 37℃40min;85℃5min。接著，進行單堿基延伸反應(體積為2 μL)，體系中含10×iPlex緩沖液0.2 μL，iPlex終止反應液0.1 μL，Plex酶0.02 μL，0.94 μL延伸引物。延伸反應程序為:94℃ 30 s;94℃ 5 s，(52℃5 s，80℃5 s)5次小循環，40次大循環;72℃3min。將產物用樹脂純化，轉移至表面覆蓋基質的芯片，用MALDI-TOF質譜儀檢測，TYPER軟件分析實驗結果，獲得分型數據。

表1 30個InDel位點信息

2 結果

2.1 常染色體STR基因座分型結果

提取切片的DNA后，采用IdentifilerTM試劑盒、MinifilerTM試劑盒對常染色體上的STR基因座進行檢測，均未檢見PCR產物。

2.2 InDel位點的分型結果

切片DNA經多重PCR體系的擴增，30個InDel位點均獲得分型結果，與對照毛發比對發現，兩者基因型一致。經計算，似然率為5.56×1024。

3 討論

本案中切片組織是唯一的線索，對切片DNA遺傳信息的獲取對于案件的偵破具有重要意義。通過對切片DNA進行傳統的STR檢測，均未獲得有效的分型結果，因此嘗試采用新的技術如SNP分型或插入缺失分型也許能夠獲得較好效果。InDel作為一種特殊的二態性遺傳標記，與SNP具有相近的突變率，其突變率顯著低于STR。同時，InDel的兩個等位基因表現為片段長度多態性，這又與STR等位基因的特征類似，因而成為法醫DNA鑒定關注的熱點［2］。

本實驗參照李成濤課題組的研究成果，對切片DNA成功進行了30個InDel位點的檢測，獲得了有效的遺傳信息，為本案偵破提供了重要線索。對于選擇的這30個InDel位點，本實驗采用了另外一種技術平臺即飛行時間質譜。該技術源自美國Sequenom公司研發的SNP檢測系統，判讀SNP分型結果的方法簡便易行［3-4］。在質譜圖上，每一個SNP位點有3條線，對應3個質量的檢測:第一條線對應的是未延伸引物(UEP);第二、三條線對應兩個等位基因，哪條線出峰，就代表具有對應的等位基因;若均不出峰，表明為陰性結果。本研究的30個InDel位點擴增產物長度范圍為88～128bp，比Minifiler試劑盒的擴增產物短，這也是能夠分型成功的可能原因。該案例的分型成功，提示InDel對于STR、MiniSTR分型失敗的微量、降解檢材可能是一種有效的補充工具。

［1］Chengtao Li，Suhua Zhang，Shumin Zhao.Genetic analysis of 30 InDel markers for forensic use in five different Chinese populations［J］.Genet.Mol.Res，2011，10(2):964-979.

［2］Mills RE，Luttig CT，Larkins CE，et al.An initial map of insertion and deletion (INDEL)variation in the human genome［J］.Genome Res，2006，16(9):1182-1190.

［3］Hofstadler SA，Hall TA，Sannes-Lowery KA，et al.Analysis ofDNA forensic markers using high throughputmass spectrometry［J］.Forensic Sci Int.Genetics Supplement Series，2009，(2):524-526.

［4］Planz J，Budowle B，Hall T，et al.Enhancing resolution and statistical power by utilizing mass spectrometry for detection of SNPs within the short tandem repeats［J］.Forensic Sci Int. Genetics Supplement Series，2009，(32):529-531.

(本文編輯:李成濤)

InDeI Typing of Degraded DNA by Time-of-fIight Mass Spectrometry

FENG Rui1，ZHOU Jian-bo2
(1.Criminal Investigation Corps of Public Security Bureau of Hunan Provice，Changsha 410000，China; 2.Criminal Investigation Detachment of Yongzhou Public Security Bureau，Yongzhou 425000，China)

Objective The method for DNA typing of insertion/deletion polymorphism markers from degraded DNA was explored based on the technology of time-of-flight mass spectrometry.MethodGenomic DNA was prepared from slice samples，and multiplex PCR was carried out.When no typing results were obtained using STR kits，samples were further analyzed using 30 InDels by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF).ResuItsFull profiles of InDels loci were obtained.ConcIusionFor typing of DNA from trace or degraded biological samples，analysis of InDel markers by MALDI-TOF can provide more genetic information even when STR genotyping fails.

forensic genetics;insertion/deletion polymorphism;time-of-flight mass spectrometry

DF795.4

A

10.3969/j.issn.1671-2072.2015.06.010

1671-2072-(2015)06-0057-03

2015-03-12

馮銳(1984-)男，法醫師，主要從事法醫物證學鑒定。E-mail:277038570@qq.com。