北京油雞MSAP毛細管電泳熒光檢測技術的建立

李金龍, 唐韶青, 鄒智元, 王海潮, 徐青

1. 北京交通大學生命科學與生物工程研究院, 北京 100044;

2. 北京市畜牧總站, 北京 100029;

3. 北京交通大學軟件學院, 北京 100044

北京油雞MSAP毛細管電泳熒光檢測技術的建立

李金龍1, 唐韶青2, 鄒智元3, 王海潮1, 徐青1

1. 北京交通大學生命科學與生物工程研究院, 北京 100044;

2. 北京市畜牧總站, 北京 100029;

3. 北京交通大學軟件學院, 北京 100044

采用毛細管電泳熒光檢測技術, 對北京油雞肌肉組織基因組進行甲基化敏感擴增片段多態性(Methylation sensitive amplified polymorphism, MSAP)檢測。通過對基因組DNA用量、預擴產物稀釋倍數、選擇性引物濃度、Mg2+濃度、dNTPs濃度和電泳內標量等6個主要參數進行分析和優化, 建立了適合北京油雞基因組DNA甲基化分析的MSAP毛細管電泳熒光檢測技術。重復實驗表明, 建立的毛細管電泳熒光標記的MSAP檢測技術能夠自動地、高通量地分析北京油雞基因組的DNA甲基化狀態, 也適用于其他動植物基因組的DNA甲基化研究。

MSAP; 毛細管電泳; 熒光標記; 北京油雞

DNA甲基化是指 S-腺苷甲硫氨酸上的甲基基團在 DNA 甲基轉移酶(DNA methyltransferase, DNMT)作用下共價結合到胞嘧啶5'碳原子上的過程[1]。在真核生物中, DNA甲基化主要在基因組CCGG位點以 5-甲基胞嘧啶的形式存在[2], 這些甲基化修飾大部分發生在編碼區和非編碼區的重復序列中,如內含子和轉座子等[3], DNA甲基化在基因的表達調控、細胞分化和疾病的發生等方面起著重要的作用[4,5]。

在全基因組水平上對 DNA甲基化進行檢測的處理原則包括亞硫酸氫鹽處理和酶切處理等[6], 其中以酶切和PCR技術為基礎的MSAP方法敏感性強,操作簡單, 適用于沒有任何信息的全基因組范圍CCGG位點的胞嘧啶甲基化水平的分析。……