利用傳遞不平衡分析在多群體中鑒別豬臍疝易感基因

宿英，龍毅，阮國(guó)榮,2，吳麗花，張志燕，肖石軍，鄧瑋蕓，呂顯山，胡豆，吳國(guó)灶，沈虎群，廖信軍,3，丁能水，黃路生

1. 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)，動(dòng)物生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地，南昌 330045；

2. 福建農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院，福州 350119；

3. 井岡山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，吉安 343009

利用傳遞不平衡分析在多群體中鑒別豬臍疝易感基因

宿英1，龍毅1，阮國(guó)榮1,2，吳麗花1，張志燕1，肖石軍1，鄧瑋蕓1，呂顯山1，胡豆1，吳國(guó)灶1，沈虎群1，廖信軍1,3，丁能水1，黃路生1

1. 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)，動(dòng)物生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地，南昌 330045；

2. 福建農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院，福州 350119；

3. 井岡山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，吉安 343009

在本實(shí)驗(yàn)室前期利用白色杜洛克×二花臉F2資源家系開(kāi)展臍疝易感位點(diǎn)全基因組掃描定位的基礎(chǔ)上，文章在7號(hào)染色體上的SWR1928和10號(hào)染色體上的SW830易感標(biāo)記區(qū)域，結(jié)合臍疝發(fā)病機(jī)制在多群體中進(jìn)行臍疝位置功能候選基因的篩選和易感位點(diǎn)的精細(xì)定位。在兩個(gè)顯著關(guān)聯(lián)的微衛(wèi)星位點(diǎn)區(qū)域搜尋到 12個(gè)位置功能候選基因，采用比較測(cè)序法，選取12個(gè)候選基因內(nèi)共計(jì)40個(gè)SNP位點(diǎn)在白色杜洛克×二花臉資源家系F2/F3臍疝群體中進(jìn)行基因分型，利用Plink v1.07軟件對(duì)基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制和傳遞不平衡(Transmission disequilibrium test，TDT)分析。結(jié)果表明，IL16(Interleukin 16)基因中的g.708C＞T位點(diǎn)和CDC73(Cell division cycle 73)基因中的 g.10664G＞A位點(diǎn)與臍疝的關(guān)聯(lián)性達(dá)到顯著水平(P＜0.05)。對(duì)這兩個(gè)位點(diǎn)在西方商業(yè)豬種臍疝患病家系中進(jìn)行基因分型和TDT驗(yàn)證分析，發(fā)現(xiàn)CDC73基因中的g.10664G＞A位點(diǎn)仍與豬臍疝呈顯著關(guān)聯(lián)(P＜0.05)。同時(shí)對(duì)CDC73基因中與資源家系臍疝呈弱相關(guān)的兩個(gè)SNP位點(diǎn)g.10546A＞G和g.10811A＞G在西方商業(yè)豬種中進(jìn)行TDT驗(yàn)證分析，發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)SNP位點(diǎn)與商業(yè)豬種臍疝發(fā)生的關(guān)聯(lián)性達(dá)到極顯著水平(P＜0.01)。……