
故事發生在前作芝加哥終極決戰四年后,汽車人與霸天虎從地球銷聲匿跡,而人類也在斷壁殘垣的廢墟中開始了新生。然而,一群手握大權的商人聯合天才科學家,意欲通過那場入侵打破地球上的技術壁壘,研發出他們實則難以駕馭的全新技術。
與此同時,地球也遭受到了一個古老而強大的變形金剛的威脅恫嚇,關乎“自由與奴役”的正邪史詩決戰,正一觸即發。
泰莎的父親凱德從兄弟那里得到了一輛廢棄卡車,結果竟然發現他是汽車人,便打算將其拆開,之后再轉交中情局。結果這個汽車人是由擎天柱變來的,凱德決定修好他。沒想到中情局不請自來,逼父女兩交出擎天柱。擎天柱受不了這場面,便現身救他們。泰莎的男友尚恩也開著車來幫忙。四人在逃離過程中,凱德的兄弟不幸死于禁閉的炸藥。三人繼續逃去汽車人的集中地。
與此同時,約書亞的公司發明了人類的變形金剛——由威震天修改而來的驚破天以及由其他變形金剛修改來的變形金剛。三人與汽車人來到了該公司,擎天柱們看見了人類殘忍地傷害自己的同胞,就沖進去想找約書亞算賬,約書亞說他們只是用汽車人的尸體來研究。擎天柱他們只好走了。
路上,擎天柱遭到了驚破天等人的攻擊,最終擎天柱被禁閉的飛船吸走,被奪走了火種。其他的汽車人緊接著上了飛船救出了他們。火種最后被禁閉交到了約書亞手上。
約書亞帶著自己發明的變形金剛與火種也來到了中國,驚破天發現機會到了便馬上“奴化”其他變形金剛成為他的手下,去了香港。
在香港的大戰開始了。汽車人因人數上不占優勢,在將約書亞與他手上的火種接上飛船時,飛船被炸向了山谷。擎天柱只好將機械恐龍放出來,并勸說他們幫助他。在機械恐龍的幫助下解決了許多霸天虎。火種發出了信號吸引禁閉開著飛船也來到了香港,不斷的吸收地面上的金屬到處砸,其他汽車人都不想再戰了,只有擎天柱孤身沖向飛船,禁閉下了飛船,在泰莎、尚恩、凱德的幫助,擎天柱殺死了禁閉,并將火種帶到了宇宙、向變形金剛的造物主警告——不要再進攻地球了!