一種基于高密度遺傳標記的親子鑒定方法及其應用

張哲，羅元宇，李晴晴，賀金龍，高寧，張豪，丁向東，張勤，李加琪

1. 華南農業大學動物科學學院，國家生豬種業工程中心，廣東省農業動物基因組與分子育種重點實驗室，廣州 510642；

2. 中國農業大學動物科學學院，北京 100193

系譜是人類遺傳及動植物育種研究的重要信息來源之一。系譜錯誤在遺傳研究及育種生產中普遍存在，如英國奶牛群體的系譜錯誤率約為 10%[1]，以色列為10.8%[2]，丹麥為5%～15%[3]，荷蘭為12%[4]，愛爾蘭為7%～20%[5]，國外奶牛系譜平均錯誤率約為11%[6]。我國天津及北京奶牛場的系譜錯誤率分別為12%[7]和17%～21%[8,9]。除奶牛外，系譜錯誤在其他畜種中也有研究報道[10]。系譜錯誤會減慢群體的遺傳進展，比系譜缺失帶來更大的育種損失[11]，也會影響其他利用系譜信息的研究，如QTL(Quantitative trait locus)定位和基因組選擇結果的可靠性。

用血型和血液蛋白型[12]及分子標記[13]可對疑似親子關系進行親子鑒定。但前者進行親子鑒定準確率低，在實際應用中受到諸多限制[1]。近年來，隨分子生物學的發展，尤其是測序及生物芯片技術的進步，小衛星[14,15]、微衛星[16,17]和單核苷酸多態(Single nucleotide polymorphism, SNP)[18]等分子標記逐漸用于畜禽系譜重建或校正[2,19]以及人類親子鑒定[20]。其中，SNP標記因遺傳穩定性高、突變率低、全基因組覆蓋率高、分型準確性高和成本低等特點[21]已成為人類及動植物遺傳研究中常用的一種分子標記。

目前可用于親子鑒定的方法主要有排除法、似然法和基因重構法，它們主要用于自然群體的親子鑒定，在家畜親子鑒定中前兩種方法使用較多[22]。……