網絡生物醫學信息資源的獲取與應用

徐衍揚 梁昭全

1 廣西玉林市第三人民醫院 537001；2 廣西桂林醫學院生物技術學院

1 文獻資源數據庫

Pubmed（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／pubmed／）：免費的生物醫學文摘數據庫，提供部分論文的摘要及指向全文的鏈接。數據庫由Medline，Premedline和Record supplied by publisher（由出版商提供的電子文獻）三部分數據源組成，Medline是它的主要數據庫來源。Medline數據庫是美國國立醫學圖書館（NLM）系統中規模最大，權威性最高的醫學數據庫，它收錄了1966年以來的包含醫學、護理、獸醫、健康保健系統及前臨床科學的文獻書目數據超過2 200萬條（2011年數據），涉及了70多個國家、30多種語言的4 800多種生物醫學期刊，是目前網絡中應用最廣泛，最便捷的醫學檢索數據庫，眾多的醫療結構通過Internet提供免費Medline檢索。PUBMED數據庫還與NCBI的GenBank序列數據庫及分子三維結構數據庫，以及一些出版社網站相鏈接，為用戶可獲得某些期刊全文提供便利。Medline數據庫每周更新1次。

Free Medical Journals（http：／／www.freemedicaljournals.com／）：Free Medical Journals由AmedeoGroup創建，網上免費提供生物醫學全文最多的期刊集合網站，共收錄1 460余種生物醫學全文期刊。用戶可以按照字母順序或學科分類如基礎醫學、生物學、遺傳病學、神經病學和微生物學等以及影響因子大小查找所需期刊。

BioMed Central（http：／／www.biomedcentral.com／）：BioMed Central是一家獨立出版社，致力于提供經過同行評審的生化研究的公開取閱途徑（Open Access），BioMed Central發表的所有原創研究文章在發表之后立即可以在網上永久性免費訪問。該網站收錄了250多種生物醫學和臨床醫學期刊，其中22種可完全在線獲取全文現刊及過刊，期刊按名稱字母順序排列。

Highwire Press（http：／／highwire.stanford.edu／）：HighWire Press是全球最大的提供免費全文的學術文獻出版商，于1995年由美國斯坦福大學圖書館創立，目前已收錄電子期刊710多種，文章總數已達230多萬篇，其中超過77萬篇文章可免費獲得全文。提供免費檢索期刊411種，內容涉及物理、生物、醫學和社會醫學領域。

MedBioworld（VcVcW.seieneekomm.at／index.html）：一個優質的醫學與生物技術信息資源門戶網站，是世界收集生物醫學鏈接最多的網站，鏈接數目達22萬個。該網站共收集了12 697個雜志名冊，其中的4 846種雜志具有湯姆森雜志引證報告（Thomson Scientifics’Journal Citation Reports）排名數據，讀者可依此了解期刊的質量。通過新聞在線（news）、基因組博客速遞（Post Genomics Blog）、健康在線（Health eLine）和專業醫學新聞（Professional Medical News）等分類，讀者可了解國際上相關領域的最新研究進展、新聞信息以及會議信息，甚至資金資源和研究工具等。

BMJ（http：／／www.bmj.com／）：British Medical Joural，英國醫學期刊數據庫，成立于1840年，是一個專門為臨床醫學工作者和機構提供信息交流的平臺，其收錄的30種當前國際主流雜志內容包括腫瘤、糖尿病、精神病、呼吸病等的臨床實證、最佳用藥及最佳治療方式等等，數據每天更新。該網站信息流量很大，2010全年月均累計約167萬個人用戶下載了610萬頁資料，2011年影響因子達13.4，是臨床醫學工作者必不可少的信息獲取平臺。

中國生物醫學文獻服務系統 （http：／／sinomed.imicams.ac.cn／cross／search.jsp）：該系統由中國醫學科學院醫學信息研究所／圖書館開發研制。其涵蓋資源豐富，能全面、快速反映國內外生物醫學領域研究的新進展；功能強大，是集檢索、開放獲取、個性化定題服務、全文傳遞服務于一體的生物醫學中外文整合文獻服務系統。收錄的數據庫包括中國生物醫學文獻數據庫、中國醫學科普文獻數據庫、西文生物醫學文獻數據庫、英文文集匯編文摘數據庫、英文會議文摘數據庫、日文生物醫學文獻數據庫、俄文生物醫學文獻數據庫和北京協和醫學院博碩學位論文庫，各數據庫記錄由數萬到數千萬不等，是當前國內最完備的綜合網絡生物醫學文獻數據庫。

中國醫院數字圖書館（http：／／www.chkd.cnki.net／）：是專門針對醫務人員臨床疑難病癥診斷治療，醫學科研項目選題、設計、撰寫論文、成果鑒定、醫院管理人員決策經營、醫院科技項目查新和科研績效評價、醫務人員繼續醫學教育等多方面的知識信息需要，開發的專業知識倉庫，是CNKI系列數據庫的重要專業知識倉庫之一。它提供生物醫學期刊全文數據庫、博碩士學位論文全文庫、報紙全文庫、會議論文庫、中國年鑒網絡出版總庫、CHKD政策法規數據庫、中國典型病例大全等多個數據庫的檢索。

2.初生仔豬免疫。初生仔豬在21日齡首免豬瘟疫苗1頭份肌注；10～15日齡注射喘氣病疫苗1頭份，胸腔注射或按說明書注射；35日齡肌肉注射1頭份或者口服2頭份仔豬副傷寒疫苗；45日齡肌肉注射1頭份豬瘟、豬丹毒、豬肺疫三聯苗；35日齡注射1次口蹄疫滅活苗，注射劑量按說明書；60日齡加強1次豬瘟免疫；35日齡后注射豬藍耳病疫苗1次，21 d后再加強免疫1次。

2 生物學數據庫

三大核酸序列數據庫：美國國立生物技術信息中心NCBI的GenBank（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／genbank／）、歐洲分子生物學研究所EBI的EMBL（http：／／www.ebi.ac.uk／embl／）、日本國立遺傳研究所數據庫DDBJ（http：／／www.ddbj.nig.ac.jp／index－e.html）是目前國際上最大的核酸和蛋白質序列數據庫，分別收集來自美洲、歐洲和亞洲各研究機構提交的核酸和蛋白質序列，三者每天互換更新數據，以保持三者數據的高度一致。讀者可通過各數據庫的查詢系統以關鍵詞或序列接收號的形式檢索到疾病相關基因的信息，其中還包含與之相關的文獻和臨床信息等并提供鏈接，是醫學分子生物學研究最主要的數據庫資源。

Whitehead Institute For Biomedical Research（http：／／jura.wi.mit.edu／）：始建于1990年，伴隨著人類基因組計劃（HGP）的實施而誕生的一個致力于人類基因組研究的生物醫學研究機構，是一個非盈利的人類健康研究中心，為讀者提供基因組序列、基因組圖譜、基因組中心的軟件以及所屬研究人員等信息。

UniProt（http：／／www.ebi.ac.uk／uniprot／）：日內瓦大學醫學生物化學系與歐洲分子生物學實驗室共同維護的蛋白質序列數據庫，每條記錄包括蛋白質序列，引用文獻信息，分類學信息、注釋等，數據均經過實驗或專家校驗，與三大核酸數據庫中經直接翻譯得到的蛋白一起構成國際上最主要的蛋白質序列數據庫。

PDB（http：／／www.wwpdb.org／）：Protein Data Bank，國際上最著名的生物大分子結構數據庫，由美國Brookhaven實驗室建立和維護，含有通過實驗（X射線晶體衍射，核磁共振NMR）測定的生物大分子的三維結構，當前已收錄了71 400個生物大分子的結構信息，其中90%以上是蛋白質，對于每一個結構，包含名稱、參考文獻、序列、一級結構、二級結構和原子坐標等信息。

OMIM（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／omim）：Online Mendelian Inheritance in Man，即在線人類孟德爾遺傳，是NCBI上生物醫學方面的專門數據庫，它收集了已確定的人類基因以及由這些基因突變或缺失而導致的各種遺傳病，并可鏈接到相關的參考文獻、序列記錄、基因圖譜和其他的遺傳學數據庫。OMIM數據庫每天更新，當前已含有20 700個基因記錄，其中3 400多個已知與特定的疾病相關。OMIM數據庫記錄含有關于疾病表現型及基因的信息，如詳細描述、基因名稱、遺傳模式、圖譜位置和基因多態性。

3 專利數據庫

Dephion（http：／／www.delphion.com／）：專利文獻的銷售商，提供簡單檢索和專利號檢索界面，可免費檢索美國、歐洲、澳大利亞、非洲、PCT組織等多種專利注冊用戶。

美國專利全文數據庫（http：／／patft.uspto.gov／）：該數據庫目前通過Internet免費提供1976年以來到最近1周發布的美國專利全文庫，以及1790—1975年的專利全文掃描圖像，專利全文掃描圖像為TIFF格式的文件。該數據庫有三種檢索方式，即布爾檢索、高級檢索、專利號檢索。文獻庫的可檢索字段就是收錄專利時的著錄項目，全文庫的可檢索范圍擴大到專利的權利要求（claims）和專利說明的正文。

歐洲專利局（http：／／www.epo.org／）：成立于1977年，吸納了38個歐洲發達國家為成員國，同時還收錄了來自中國、美國、日本、韓國、以色列以及中華臺北的部分專利數據，近5年年均新增專利數達22萬，可免費檢索包括60多個國家或地區的專利文獻著錄數據。

中國專利數據庫（http：／／dbpub.cnki.net／Grid2008／Dbpub／brief.aspx？ID＝SCPD）：收錄了1985年9月以來的230余萬條專利，包含發明專利、實用新型專利、外觀設計專利3個子庫，準確地反映中國最新的專利發明。專利的內容來源于國家知識產權局知識產權出版社，相關的文獻、成果等信息來源于CNKI各大數據庫。可以通過申請號、申請日、公開號、公開日、專利名稱、摘要、分類號、申請人、發明人、地址、專利代理機構、代理人、優先權等檢索項進行檢索，并下載專利說明書全文。

4 專業搜索引擎

Medical Matrix（www.medmatrix.org）：Mead Matrix由美國醫學信息學會主辦，是目前最重要的醫學專業搜索引擎。它是一個可免費進入的Internet臨床醫學數據庫，提供了關鍵詞搜索和分類目錄搜索，適合臨床醫師使用。Meical Matrix收集的內容專業、全面，而且對每一內容有評論和分級，便于使用者事先決定是否進入其網頁進一步閱讀，以節省時間。其內容按各種醫學信息分為專業（Specialties）、疾病種類（Diseases）、臨床應用（Clinical Practice）、文獻（literature）、教育（Education）、健康和職業（Healthcare and Professionals）、醫學計算機和Internet技術（Medical Computting，Internet and Technology）、市場（Marketplace）等8大類。每一大類下再根據內容的性質分為新聞（News）、全文和多媒體（Full Text／MultiMedia）、摘要（Abstracts）、參考書（Textbook）、主要網址（Major Sites／Home Pages）、操作手冊（Procedures）、實用指南（Practice Guidelines／FAQS）、病例（Cases）、影像學和病理切片（Images、Path／Clinical）、患者教育（Patient Education）、教育資源（Educational Material）等亞類。

NHS Choice（http：／／www.nhs.uk／Pages／HomePage.aspx）：綜合性的醫療保健網站，為公眾的日常生活方式如吸煙、喝酒等提供健康參考，并且提供與Health A to Z的鏈接。Health A to Z所有資源均經過醫學專業人員人工分類和標注，分類目錄是按醫學學科的性質特點劃分，呈多級結構，檢索結果按相關精確度排序，每一個站點都標有星級，以表明該站點的優劣。

Medical world search（http：／／www.mwsearch.com／）由美國The Polytechnic Research Institute 1997年建立的一個醫學專業搜索引擎，它采用的是美國國立醫學圖書館發展建立的統一醫學語言系統（Unified Medical language，UMLS），可以使用500 000多個的醫學術語，包括各種同義詞進行檢索，搜索的準確性很高。

Healthlinks（http：／／www.healthlinks.net／）Healthlinks是由Healthlinks.net公司于1996年創建的醫學網絡資源目錄，創建采用美國國立醫學圖書館的Unified Medical Language System詞表，該表融合了30余種生物醫學詞表和分類法，幾乎能提供每個醫學術語的信息。其檢索界面循序漸進，可在簡單檢索的基礎上進行精細檢索。該搜索引擎收錄內容豐富，提供醫療衛生相關的服務、商業、科研、教育、臨床試驗、視聽等信息的查詢。

Medscape（http：／／www.medscape.com／）：提供根據疾病名稱、所屬學科、內容性質的英文首個字母的分類檢索，可檢索圖像、聲頻、視頻資料，是Web上最大的免費提供臨床醫學全文文獻和繼續醫學教育資源的網站，還是因特網最大的藥物數據庫，可查閱藥物使用劑量、毒副作用等。也可免費進入Medline進行文獻檢索。

Entrez（http：／／www.ncbi.nlm.nih.gov／sites／gquery）：一個集成的分子生物學信息檢索系統。利用Entrez可以從GenBank、MMDB、PUBMED數據庫檢索DNA和蛋白質序列數據、基因組圖譜、蛋白質三維結構及生物醫學書目文獻。

SRS（http：／／srs.ebi.ac.uk／srsbin／cgi－bin／wgetz？－page＋srsq2＋－noSession）：EBI數據庫的搜索引擎，可以對該數據庫的核酸、蛋白序列及其結構、蛋白家庭、相關文獻、基因組、基因突變以及代謝途徑進行搜索。

國際互聯網上的生物醫學信息資源千變萬化，在使用過程中需要進行不斷的跟蹤、評估、補充更新，以更好地利用其為醫務工作和醫學研究服務。

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