WONCA研究論文摘要匯編——快速全基因組測序法用于新生兒MRSA暴發調查

WONCA研究論文摘要匯編
——快速全基因組測序法用于新生兒MRSA暴發調查

背景 甲氧西林耐藥金黃色葡萄球菌 (MRSA)的分離株屬單一譜系，現有的分型技術還無法對其進行辨認。全基因測序可提高辨認能力以確定傳播途徑及暴發特性。方法 對某新生兒重癥監護室假定暴發的MRSA進行了調查。采用快速高通量測序技術，以滿足臨床對出報告時間的需求。對與暴發有關的7個分離株及同一家醫院攜帶MRSA或菌血癥相關的7個分離株的DNA進行回顧性排序。結果 通過對核心基因組與參照基因組的單核苷酸多態性的比較〔流行性MRSA克隆、EMRSA-15(序列類型22)〕構建了種系樹。揭示了暴發分離株為獨特群簇，這些分離株與非暴發分離株存在著清晰的分界。發現了不屬于此次暴發的之前2例菌血癥患者之間的傳播事件。構建了人工抗生素-抗性基因組的“抗性基因”，證實其與表型敏感試驗的結果一致;構建了含毒素基因“毒性基因組”。與其他暴發分離株相比，具有超突變表型的暴發分離株的單核苷酸多態性 (SNPs)數目要多，增加了利用簡單閾值識別分離株之間SNPs數目的難度，而SNPs數目是用以確定他們是否為近期傳播鏈的菌株。結論 全基因測序可在某時間框架內為臨床提供相關數據，因而有利于患者治療。對自動化數據解釋和具有臨床意義報告準備的需求表現出臨床實施中的障礙。

原文見:Claudio U K?ser，Matthew TG Holden，Matthew J Ellington，et al.Rapid Whole-Genome Sequencing for Investigation of a Neonatal MRSA Outbreak.N Engl J Med，2012，366:2267-2275.Published at:http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1109910

(中國石油中心醫院周淑新譯)