基于CUDA的蛋白質翻譯后修飾鑒定MS-Alignment算法加速研究
2010-12-31 00:00:00翟艷堂涂強郎顯宇陸忠華遲學斌
計算機應用研究 2010年9期
摘要：對MS-Alignment算法進行分析得出該算法很難滿足大規模數據對鑒定速度的要求，而且具有的一個特點是相同的任務在不同的數據上重復計算，為數據劃分提供了基礎。基于CUDA編程模型使用圖形處理器(GPU)對步驟數據庫檢索及候選肽段生成進行加速優化，設計了該步驟在單GPU上的實現方法。測試結果表明，此方法平均加速比為30倍以上，效果良好，可以滿足蛋白質翻譯后修飾鑒定中大規模數據快速計算的需求。
關鍵詞：蛋白質翻譯后修飾鑒定；MS-Aligllment；圖形處理器；統一計算設備架構
中圖分類號：TP312 文獻標志碼：A 文章編號：1001－3695(2010)09－3409－06
