水稻生長(zhǎng)調(diào)節(jié)因子GRF基因家族的鑒定及生物信息學(xué)分析

doi：10.13304/j.nykjdb.2024.0328

中圖分類號(hào)：S511，Q781 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A 文章編號(hào)：1008-0864（2025）08-0018-10

Identification and Bioinformatics Analysis of Growth Regulating FactorGRFGeneFamily inRice

LIU Zhien，HEYong，WANG Zhicheng，ZHANXiaokang，WANG Tingbao， LIU Yaowei，TIAN Zhihong （College of Life Science，Yangtze University，Hubei Jingzhou 434025，China）

Abstract：Asa plant-specific transcription factor，growth regulatingfactor（GRF）plays an important rolein plant growth and development.ToidentifythemembersofthericeGRFgene family，proteinphysicochemical properties，sequence comparison，secondaryand tertiarystructureprediction，subcellularlocalisation，genestructure，cis-acting elements， chromosomallocalisation，evolutionary treeconstructionand covariance were analyzedusing the bioinformatics methods.The results showedthat12GRF genes were identified.Thelengthofrice GRFproteins was 211～456aa，the molecularweight was 22.3～49.3 kD，theisoelectric point was 4.7～9.85，and the subcelularlocalisation was mainly located inthenucleus.The rice GRF genes contained 2～5 exons，and the promoter elements were mainly relatedto hormone regulation，stress response and light response.12 GRF genes were unevenly distributed on chromosomes 2，3，4，6，7，11 and12.GRFgenes in rice werecloselyrelatedtomaize，andhadlowhomologywithtomatoandArabidopsis.There wereno tandemduplicationevents in the rice GRF genes，and large segmental duplications were the main expansion modes.Above results provided a theoretical basis for the in-depth study of rice GRF gene function.

Keywords：rice；growth regulating factor;GRF gene family;bioinformatics

轉(zhuǎn)錄因子（transcriptionfactor，TF）也叫反式作用因子，是一種特殊的蛋白質(zhì)，其能與基因上游的啟動(dòng)子序列結(jié)合，在其他蛋白的共同參與下能夠抑制或激活轉(zhuǎn)錄，在植物生長(zhǎng)發(fā)育、果實(shí)成熟、衰老、應(yīng)答和適應(yīng)各種脅迫以及防御反應(yīng)中起重要作用[2-3]。生長(zhǎng)調(diào)節(jié)因子（growth regulating factor，GRF）是一種植物特有的轉(zhuǎn)錄因子，Vanderknaap等4從水稻中鑒定出了首個(gè)生長(zhǎng)調(diào)節(jié)因子OsGRF1，其受赤霉素調(diào)控能影響水稻莖的伸長(zhǎng)。GRF在N端含有QLQ（谷氨酸、亮氨酸、谷氨酸）和WRC（色氨酸、精氨酸、半胱氨酸）2種結(jié)構(gòu)域。QLQ結(jié)構(gòu)域是一個(gè)復(fù)雜的疏水結(jié)構(gòu)域，可能與蛋白互作相關(guān)，其與酵母SWI2/SNF2蛋白的N端尾部結(jié)構(gòu)相似，SWI2/SNF2蛋白結(jié)構(gòu)在酵母中參與染色質(zhì)重塑復(fù)合物的形成，推測(cè)QLQ結(jié)構(gòu)域也可能具有此功能。WRC結(jié)構(gòu)域與DNA結(jié)合相關(guān)，包含1個(gè)核定位信號(hào)（nuclearlocalizationsignalNLS）區(qū)域和1個(gè)鋅指結(jié)構(gòu)。GRF的C端與N端相比保守性較低，存在TQL、GGPL等保守結(jié)構(gòu)域，這些保守結(jié)構(gòu)域只存在于特定的植物中，C端結(jié)構(gòu)的多樣性可能導(dǎo)致生物學(xué)功能的差異。

研究發(fā)現(xiàn)，GRF轉(zhuǎn)錄因子存在于多種植物中，如擬南芥、油菜、葡萄、玉米、小麥、白菜及番茄，在調(diào)控植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中起重要作用[0-14]。在擬南芥中，GRF轉(zhuǎn)錄因子能通過(guò)表達(dá)量的增減來(lái)調(diào)控葉片和子葉組織細(xì)胞的大小，進(jìn)而影響葉片和子葉性狀，此外還參與脅迫響應(yīng)。油菜BnGRF2a基因的過(guò)表達(dá)能夠增大葉片，提高其葉綠素含量，增加籽油產(chǎn)量。在白菜中，BrGRF8基因的過(guò)表達(dá)能夠明顯促進(jìn)細(xì)胞的增殖[13]。玉米ZmGRF10基因過(guò)表達(dá)導(dǎo)致葉片減小和植株變矮[4]。綜上所述，GRF轉(zhuǎn)錄因子對(duì)植物生長(zhǎng)可能有雙向調(diào)控作用。

目前，對(duì)GRF基因的研究已經(jīng)十分深入，關(guān)于水稻GRF基因功能的研究已有報(bào)道，但缺少對(duì)水稻GRF基因家族的生物信息學(xué)分析，因此，本研究利用生物信息學(xué)方法對(duì)水稻GRF基因家族進(jìn)行鑒定，并對(duì)其編碼蛋白的基本理化性質(zhì)和結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，同時(shí)對(duì)GRF基因的結(jié)構(gòu)、染色體定位、啟動(dòng)子元件和共線性進(jìn)行分析，以期為進(jìn)一步研究水稻GRF基因功能奠定基礎(chǔ)。

1材料與方法

1.1水稻 GRF 基因的鑒定和理化性質(zhì)分析

從Ensembl Plants （https：//plants.ensembl.org/ index.html）網(wǎng)站下載水稻粳稻（Oryza sativa subsp. japonica）基因組文件和基因注釋文件，通過(guò)Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù)下載植物GRF蛋白QLQ（PF08880）和 WRC（PF08879）隱馬爾可夫模型數(shù)據(jù)[15]，利用 hmmsearch篩選水稻GRF基因，通過(guò)NCBI-CDD[16] （https：//www.ncbi. nlm.nih. gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi）進(jìn)行確認(rèn)。利用EXPASY網(wǎng)站的ProtParamtool（https：//web.expasy.org/protparam/）在線軟件分析GRF蛋白的氨基酸數(shù)目、分子質(zhì)量、等電點(diǎn)、平均親水系數(shù)和脂肪族氨基酸指數(shù)。通過(guò)GeneDoc軟件對(duì)水稻GRF氨基酸序列進(jìn)行比對(duì)。

1.2水稻GRF蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

利用SOPMA二級(jí)結(jié)構(gòu)在線預(yù)測(cè)軟件（https：//npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl？page ：=/ NPSA/npsa_sopma.html）對(duì)水稻GRF蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。使用PHYRE2軟件（http：//www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/）預(yù)測(cè)蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)，選取置信度高于 90% 的模型[18]。

1.3水稻GRF蛋白保守基序和基因結(jié)構(gòu)分析

使用MEME 5.5.5 （https：//meme-suite.org/meme/tools/meme）在線軟件分析水稻GRF蛋白的保守基序（motif）[9]，motif搜索數(shù)目設(shè)定為10。利用MEGA11進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析，使用TBtools軟件對(duì)結(jié)果進(jìn)行可視化[20]。

1.4水稻 GRF 基因的染色體定位和共線性分析

使用MG20 Σ（http：//mg2c.iask.in/mg2c_-v2.1/） 軟件繪制水稻GRF基因染色體定位圖2。通過(guò)MCScanX構(gòu)建水稻GRF基因的種內(nèi)共線性分析圖，使用TBtools對(duì)結(jié)果進(jìn)行可視化。

1.5水稻 GRF 基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析

從PlantTFDB（https：//planttfdb.gao-lab.org/）選取擬南芥、番茄、玉米和水稻釉稻（Oryza sativa subsp.indica）GRF蛋白的氨基酸序列，在MEGA11軟件上進(jìn)行ClustalW多重比對(duì)22]，再對(duì)結(jié)果使用鄰位連接法（neighbor-joining，NJ）構(gòu)建種間系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，自展系數(shù)（bootstrap）設(shè)置為 1000 。

1.6水稻 GRF 基因家族順式作用元件預(yù)測(cè)

通過(guò)TBtools軟件提取水稻GRF基因啟動(dòng)子上游 2 000bp 序列，利用PlantCARE（https：//bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）進(jìn)行啟動(dòng)子區(qū)域的順式作用元件分析[23]。

2 結(jié)果與分析

2.1水稻 GRF 基因的鑒定和基本理化性質(zhì)分析

水稻基因組中共鑒定出12個(gè)GRF基因。對(duì)水稻GRF基因編碼蛋白的基本理化性質(zhì)進(jìn)行分析，結(jié)果（表1）顯示，水稻GRF蛋白的氨基酸數(shù)目為211～456aa，分子量為22310.32～49 361.83 Da;理論等電點(diǎn)為4.78～9.85，除 0s04g0600900 、0s03g0729500，0s07g0467500 為酸性蛋白外，其他GRF蛋白均為堿性蛋白；平均親水性系數(shù)均為負(fù)值，即均為親水蛋白；不穩(wěn)定指數(shù)均大于40，即為不穩(wěn)定蛋白。脂肪酸指數(shù)為45.21～75.30。

2.2水稻GRF蛋白的氨基酸序列比對(duì)分析

水稻GRF蛋白的氨基酸序列比對(duì)結(jié)果（圖1）表明，蛋白總體呈較強(qiáng)的保守性，蛋白成員間存在一定差異，其中 0s04g0574500，0s02g0678800 0s07g0467500 這3個(gè)成員與其余9個(gè)成員相比在C端區(qū)域存在缺失，表明這些蛋白在進(jìn)化過(guò)程中功能可能發(fā)生改變。

2.3水稻GRF蛋白二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)分析

對(duì)水稻GRF蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)，結(jié)果（圖2和表2）表明，該蛋白家族成員的二級(jí)結(jié)構(gòu)相似度較高，主要包含 ∝ 螺旋和無(wú)規(guī)則卷曲及少量延伸鏈和β轉(zhuǎn)角。亞細(xì)胞定位（表2）顯示， 0s07g0467500 定位于葉綠體和細(xì)胞核， 0s04g0574500 定位于葉綠體和線粒體，其他均定位于細(xì)胞核。

由圖3可知，水稻GRF蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)較為復(fù)雜，其中 0s02g0678800 與其他蛋白存在差異，該蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)大致分為2個(gè)區(qū)域，較大的N端和較小的C端。

表1水稻GRF基因編碼蛋白的理化性質(zhì)

Table1 Physicochemical properties of proteins encoded by the GRF genes in rice

表2水稻GRF蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)和亞細(xì)胞定位

Table 2Secondary structure analysis and subcellular localization of GRF proteins in rice

注：藍(lán)色一α螺旋；紅色一延伸鏈；綠色一β轉(zhuǎn)角;紫色一無(wú)規(guī)則卷曲。

2.4水稻GRF基因結(jié)構(gòu)及蛋白保守基序分析

對(duì)水稻GRF基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，結(jié)果（圖4）顯示， 0s11g0551900 含有2個(gè)外顯子， 0s02g0776900 Os06g0204800、Os03g0729500、Os02g0678800、Os07g0467500、Os04g0574500含有3個(gè)外顯子；Os06g0116200、Os12g0484900、Os03g0674700含有4個(gè)外顯子； 0s04g0600900，0s02g0701300 含有5個(gè)外顯子。進(jìn)一步分析其編碼蛋白的保守基序（圖4）發(fā)現(xiàn)，水稻GRF蛋白具有一定的保守性，12個(gè)蛋白均存在motif1和motif2，分別對(duì)應(yīng)WRC和QLQ結(jié)構(gòu)域；motif6存在于除 0s02g0678800 0s07g0467500，0s04g0574500 外的其余成員中，且多數(shù)按照motif2、motif1、motif6的順序排列，推測(cè)該結(jié)構(gòu)原本可能存在于所有水稻GRF成員中，部分成員在進(jìn)化過(guò)程中遺失了該結(jié)構(gòu)。

圖3水稻GRF蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

注：圖中蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)按照氨基端-羧基端進(jìn)行著色。

te：Theprotein tertiary structureinthefigure iscoloredintheorderofamino terminus tocarboxylterminu

Fig.3Tertiarystructureprediction ofGRF proteinsin rice

圖4水稻GRF基因編碼蛋白的保守基序分析和基因結(jié)構(gòu)分析

Fig.4Analysis of conserved motif and gene structure of GRF genes and coden proteins in rice

2.5水稻 GRF 基因的順式作用元件分析

由圖5可知，水稻GRF基因啟動(dòng)子區(qū)存在多種順式作用元件，大多與激素響應(yīng)、脅迫響應(yīng)、生長(zhǎng)發(fā)育和光響應(yīng)有關(guān)。激素響應(yīng)元件最多，包括脫落酸反應(yīng)元件（ABRE）茉莉酸甲酯反應(yīng)元件（CGTCA-motif、TGACG-motif）、生長(zhǎng)素響應(yīng)元件（AUxRRcore、TGA-element）、赤霉素響應(yīng)元件（GARE-motif、P-box、TATC-box）和水楊酸反應(yīng)元件（TCA-element），其中茉莉酸甲酯反應(yīng)元件存在于所有成員中且數(shù)量較多，推測(cè)水稻GRF基因與茉莉酸甲酯激素調(diào)控密切相關(guān)。脅迫響應(yīng)元件包括厭氧、低溫、干旱、熱等，其中只有 0s02g0776900 同時(shí)含有低溫和干旱響應(yīng)元件，此外大部分水稻GRF基因都含有厭氧和熱響應(yīng)元件。生長(zhǎng)發(fā)育元件主要包含分生組織反應(yīng)元件（as-1），還有少量的晝夜節(jié)律（circadian）、種子發(fā)育調(diào)控（RY-element）等元件。光響應(yīng)元件在水稻GRF基因中廣泛存在，G-box和Box-4是主要的反應(yīng)元件，每個(gè)成員至少含有1種光反應(yīng)元件。

2.6水稻GRF蛋白系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建

擬南芥、番茄、玉米、粘稻和粳稻GRF蛋白的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)結(jié)果（圖6顯示，62個(gè)GRF蛋白可劃分為3大類，類群1中含有22個(gè)成員；類群2中含有13個(gè)成員，類群3中含有27個(gè)成員，其中粳稻GRF蛋白與燦稻和玉米的親緣關(guān)系較近。

2.7水稻 GRF 基因的染色體定位和共線性分析

由圖7可知，12個(gè)GRF基因分布在水稻7條染色體上，每條染色體上的基因數(shù)目也不相同，多數(shù)基因分布在染色體兩端。其中 0s02g0776900 、0s12g0484900 位于12號(hào)染色體； 0s07g0467500 位于7號(hào)染色體； 0s11g0551900 位于11號(hào)染色體。

種內(nèi)共線性分析（圖8）表明，水稻GRF基因不存在串聯(lián)重復(fù)事件區(qū)，但包含 0s02g0701300/ Os04g0600900、Os02g0678800/Os04g0574500、Os02g0776900/Os06g0204800大片段復(fù)制。

圖6不同物種GRF蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)Fig.6Phylogenetic tree of GRF proteins from different species

注：Os—粳稻;GRMZM—玉米；AT—擬南芥;Solyc—番茄;BG—稻。

Note：Os-Oryzasatiasubsp.japonica;GRMZM—Zeamays；AtArabidopsis thaliana;Solyc—olanumlycopersicum；BG—Oryatia subsp.indica.

圖7水稻GRF基因在染色體上的分布

Fig.7 Chromosomal distribution of GRF genes inrice

注：右側(cè)藍(lán)色到紅色刻度表示 Note：Theblue tored scaleon the right indicates the number of geneswithin O.1 Mb.

圖8水稻GRF基因的共線性分析

Fig.8Collinearity analysis of GRF genes in rice

3討論

目前在諸多植物中已鑒定出GRF基因家族成員，擬南芥中有9個(gè)，油菜中有34個(gè)[24]，高粱中有10個(gè)[25]，谷子中有10個(gè)[2]，毛竹中有13個(gè)[27]，大麥中有12個(gè)[28]。本研究共鑒定出12個(gè)水稻GRF基因。對(duì)水稻GRF蛋白理化性質(zhì)分析顯示，Os02g0678800、Os04g0574500、Os07g0467500的蛋白序氨基酸數(shù)目均小于300，等電點(diǎn)、平均親水系數(shù)、不穩(wěn)定系數(shù)等在不同成員之間存在差異。進(jìn)一步對(duì)水稻GRF蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)表明， 0s02g0678800 的結(jié)構(gòu)與其他成員差異較大，由于蛋白結(jié)構(gòu)與功能密切相關(guān)，因此推測(cè)該蛋白可能擁有特殊功能。

染色體定位顯示，12個(gè)GRF基因不均勻地分布于水稻7條染色體上，且主要分布在染色體的兩端。水稻GRF基因含有2～5個(gè)外顯子，多數(shù)有3個(gè)外顯子，其中 0s11g0551900 只含有2個(gè)外顯子。所有水稻GRF蛋白都含有motif1和motif2，有9個(gè)GRF蛋白同時(shí)含有motif ^1， motif2和motif6，總體呈現(xiàn)出較強(qiáng)的保守性。系統(tǒng)發(fā)育分析對(duì)研究物種進(jìn)化關(guān)系的研究具有重要意義[29]，本研究構(gòu)建了粳稻、擬南芥、玉米、番茄和粘稻5個(gè)物種間GRF蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，結(jié)果表明，粳稻和粘稻間的親緣關(guān)系較近，且與玉米同源性較高。

對(duì)水稻GRF基因啟動(dòng)子的順式作用元件進(jìn)行預(yù)測(cè)顯示，包含激素誘導(dǎo)、低溫、干旱、熱、分生組織生長(zhǎng)、晝夜節(jié)律調(diào)控等響應(yīng)元件。其中與激素響應(yīng)相關(guān)的元件數(shù)量最多，尤以脫落酸和茉莉酸甲酯響應(yīng)元件最多，它們對(duì)植物非生物脅迫和抗病有著重要作用[30-31]。物種內(nèi)共線性結(jié)果顯示，水稻GRF基因家族中有3對(duì)基因存在共線性，表明水稻GRF基因家族存在基因復(fù)制現(xiàn)象，推測(cè)其通過(guò)基因復(fù)制來(lái)擴(kuò)張。綜上所述，本研究利用生物信息學(xué)方法對(duì)水稻GRF基因進(jìn)行鑒定和初步分析，為進(jìn)一步探究其基因功能以及非生物脅迫分子機(jī)制提供了理論參考。

參考文獻(xiàn)

[1］楊雪芮，何沙娥，陳少雄.GRF轉(zhuǎn)錄因子在植物中的研究進(jìn)展[J].桉樹(shù)科技，2022，39（3）：57-66.

YANG XR， HE SE， CHEN SX. Research progress of GRF transcription factors in plants [J]. Eucalypt Sci. Technol.，2022， 39（3）： 57-66.

[2]WANG HY，WANGHL，SHAO HB，et al..Recent advances in utilizing transcription factors to improveplant abiotic stress tolerance by transgenic technology [J/OL].Front.Plant Sci.， 2016，7：67[2024-03-20]. https：//oi.org/10.3389/fpls.2016.00067.

[3］陳娜，遲曉元，程果，等.花生中低溫脅迫相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子基因 的篩選[J].核農(nóng)學(xué)報(bào)，2016，30（1）：19-27. CHEN N，CHI X Y，CHENG G，et al..Profiling of genes encoding cold stress-related transcription factors in peanut [J]. J. Nucl. Agric. Sci.，2016，30（1）：19-27.

[4]VAN DER KNAAP E，KIM JH，KENDE H. A novel gibberellin-induced gene from rice and its potential regulatory role in stem growth [J]. PlantPhysiol.，2000，122（3）： 695-704.

[5]KIM JH，KENDE H. A transcriptional coactivator，AtGIF1， is involvedin regulating leaf growth and morphologyin Arabidopsis[J].Proc.Natl.Acad.Sci.USA，2004，101（36）： 13374-13379.

[6]KIM JH， CHOI D， KENDE H. The AtGRF family of putative transcription factors is involved in leaf and Cotyledon growth in Arabidopsis [J].Plant J.，2003，36（1）： 94-104.

[7]FiLiZ E， KOC i， TOMBULOGLU H. Genome-wide identification and analysis of growth regulating factor genes in Brachypodium distachyon： in silico approaches[J].Turk.J.Biol.，2014，38： 296-306.

[8]JIN JP， ZHANG H， KONG L， et al. PlantTFDB 3.O： a portal for the functional and evolutionary study of plant transcription factors[J]. Nucleic Acids Res.，2014，42：1182-1187.

[9］馬超，原佳樂(lè)，張?zhí)K，等.GRF轉(zhuǎn)錄因子對(duì)植物生長(zhǎng)發(fā)育及脅迫 響應(yīng)調(diào)控的分子機(jī)制[J].核農(nóng)學(xué)報(bào)，2017，31（11）：2145-2153. MAC，YUAN JL，ZHANG S，etal..The molecular mechanisms of growth-regulating factors（GRFs） in plant growth，development and stress response [J]. J. Nucl.Agric. Sci.，2017，31（11）： 2145-2153.

[10]OMIDBAKHSHFARD M A， PROOST S， FUJIKURA U， et al.. Growth-regulating factors （GRFs）：asmall transcription factor family with important functions in plant biology[J].Mol.Plant， 2015，8（7）：998-1010.

[11] KIM JS， MIZOI J， KIDOKORO S， et al..Arabidopsis growthregulating factor7 functions asa transcriptional repressor of abscisic acid-and osmotic stress-responsive genes，including DREB2A[J]. Plant Cell，2012，24（8）： 3393-3405.

[12]LIUJ，HUAW，YANGHL， et al.. The BnGRF2 gene （GRF2- like gene from Brassica napus） enhances seed oil production through regulating cell number and plant photosynthesis [J]. J. Exp. Bot.，2012，63（10）：3727-3740.

[13]WANG FD，QIU N W，DING Q，et al.Genome-wide identificationand analysis of thegrowth-regulating factor family in Chinese cabbage （Brassica rapa L.ssp. pekinensis）[J]. BMC Genomics，2014，15（1）： 807-816.

[14]WUL，ZHANG DF，XUE M， et al.Overexpression of the maize GRF10，an endogenous truncated growth-regulating factor protein，leads to reduction in leaf size and plant height [J].J. Itc.Dl.mtD：l 201456/11）.10521062

[I?」MISTKY J， CHUGURANSKY S， WILLIAMS L， et al. Plam： The protein families database in 2021 [J]. Nucleic Acids Res.， 2021，49（D1）：412-419.

[16]LUSN，WANGJY，CHITSAZF，et al..CDD/SPARCLE： the conserved domain database in 2O2O [J].Nucleic Acids Res.， 2020，48（D1）：265-268.

[17]DUVAUD S，GABELLA C，LISACEK F，et al. Expasy，the SwissBioinformaticsResourcePortal，as designed by its users[J]. Nucleic Acids Res.，2021，49（W1）：216-227.

[18]KELLEY L A，MEZULIS S，YATESC M， et al.. The Phyre2 webportal forprotein modeling，prediction and analysis[J]. Nat.Protoc.，2015，10（6）：845-858.

[19]BAILEY TL， JOHNSON J，GRANT C E，et al.. The MEME suite[J].Nucl.AcidsRes.，2015，43（W1）：39-49.

[20]CHENCJ，WUY，LIJW，et al..TBtools-II：a“one for al，all for one”bioinformaticsplatform for biological big-data mining [J]. Mol.Plant，2023，16（11）：1733-1742.

[21]CHAO JT，KONG Y Z，WANG Q，et al. MapGene2Chrom，a tool to draw gene physical map based on Perl and SVG languages [J].Hereditas，2015，37（1）：91-97.

[22]TAMURA K， STECHERG，KUMAR S.MEGA11： molecular evolutionary genetics analysis version 11[J].Mol.Biol. Evol.， 2021，38（7）： 3022-3027.

[23]THIJS G，MARCHAL K，LESCOT M， et al. A Gibbs sampling method to detect overrepresented motifs in the upstream regions of coexpressed genes [J]. J. Comput. Biol.，2002， 9（2）：447-464.

[24］阮先樂(lè)，王俊生，劉紅占，等.油菜GRF基因家族的鑒定和基 本特征分析[J].分子植物育種，2018，16（8）：2420-2428. RUAN XL，WANG JS，LIUH Z， et al..Identification and basiccharacteristicanalysis ofGRF gene familyinBrassica napusL[J].Mol.Plant Breeding，2018，16（8）：2420-2428.

[25]陳俊，屈志廣，方遠(yuǎn)鵬，等.高粱GRF基因家族鑒定及 SbGRF4 原核表達(dá)分析[J].植物保護(hù)學(xué)報(bào)，2020，47（4）： 929-938. CHENJ，QU ZG，F(xiàn)ANG YP，et al.. Identificationof GRF gene family and prokaryotic expression analysis of SbGRF4 in sorghum[J]. J.Plant Prot.，2020，47（4）：929-938.

[26]張立全，張浩林，李叢叢，等.谷子GRF基因家族鑒定與分 析[J].西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，2021，34（11）：2340-2347. ZHANG L Q， ZHANG HL，LI C C，et al.. Genome-wide analysis and identification ofGRF genefamily in foxtail millet （Setariaitalica） [J].Southwest China J.Agric.Sci.，2021， 34（11）：2340-2347.

[27］阮詩(shī)雨，張智俊，陳家璐，等.毛竹GRF基因家族全基因組鑒 定與表達(dá)分析[J].浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào)，2021，38（4）：792-801. RUAN SY，ZHANG ZJ，CHEN JL，et al..Genome identification and expression analysis of GRF gene family in Phyllostachys edulis[J].J.Zhejiang Agric.For.Univ.，2021， 38（4）：792-801.

［28］薛正剛，王樹(shù)杰，楊永乾，等.大麥GRF家族的基因組鑒定 及生物信息學(xué)分析[J].分子植物育種，2021，19（6）：1750- 1757. XUE ZG，WANG SJ，YANGYQ，et al..Genome-wide identification and bioinformatics analysis of growth regulating factor（GRF） familyinbarley[J].Mol.Plant Breeding，2021，19（6）：1750-1757.

[29]HUSOND H，BRYANT D.Application of phylogenetic networks in evolutionary studies [J]. Mol.Biol.Evol.，2006，23（2）：254-267.

[30]CAOFY，YOSHIOKAK，DESVEAUXD.The roles of ABA in plant-pathogen interactions [J].J.Plant Res.，2011，124（4）：489-499.

[31］黃俊寶，陳立才，曹中盛，等.茉莉酸甲酯對(duì)水稻紋枯病的誘 導(dǎo)抗性及防御酶活性影響的研究[J].江西農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，2023， 35（8）：82-87. HUANGJB，CHENLC，CAOZS，etal..Effectofmethyl jasmonate on rice induced resistance to sheath blight and activityofrelated defense enzymes [J].Acta Agric.Jiangxi， 2023，35（8）： 82-87.