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網絡藥理學及分子對接技術探討五子湯治療多囊卵巢綜合征機制

2025-03-21 00:00:00鄭鑾英張麗萍葉虹劉湘暉
中國現代醫生 2025年5期
關鍵詞:多囊卵巢綜合征

[摘要]"目的"利用網絡藥理學及分子對接技術研究五子湯對多囊卵巢綜合征(polycystic"ovary"syndrome,PCOS)的潛在分子生物學作用機制。方法"采用TCMSP數據庫和文獻調查篩選五子湯中藥的活性成分及相關靶點蛋白,將靶點蛋白名稱轉譯為靶點基因名。在數據庫查詢多囊卵巢綜合征疾病的關鍵基因,對基因進行交叉分析并生成可視化網絡。建立藥物與疾病靶點的相互作用網絡,對關鍵目標蛋白進行基因本體(gene"ontology,GO)功能與京都基因和基因組百科全書(Kyoto"Encyclopedia"of"Genes"and"Genomes,KEGG)通路富集分析,對活性成分和篩選出的核心靶基因編碼的蛋白進行分子對接驗證。結果"五子湯分析出81種活性成分,最終得到221個靶點基因。以PCOS為檢索詞,獲得151個中藥與疾病交互作用靶點。對靶基因進行互相比較分析,揭示主要的核心靶標數量為93個。NPM1、HSPA5、YWHAZ、HNRNPA1、HNRNPK、MCM2、HSPA8、EEF1A1、VCP、HSP90AB1等可能是治療PCOS的主要核心靶點。通過GO功能進行分析,得到376個富集結果。通過KEGG分析發現102個相關通路。對應藥物活性成分與核心靶蛋白分子對接,結果顯示良好。結論"五子湯可在PCOS的防治中發揮作用,作用機制涉及多個靶點和信號通路。

[關鍵詞]"五子湯;多囊卵巢綜合征;靶點

[中圖分類號]"R271.1""""""[文獻標識碼]"A""""[DOI]"10.3969/j.issn.1673-9701.2025.05.020

Discussion"on"network"pharmacology"and"molecular"docking"Wuzi"decoction"treat"polycystic"ovary"syndrome

ZHENG"Luanying,"ZHANG"Liping,"YE"Hong,"LIU"Xianghui

Department"of"Gynecology,"Guangzhou"Haizhu"District"Hospital"of"Traditional"Chinese"Medicine,"Guangzhou"510220,"Guangdong,"China

[Abstract]"Objective"To"study"the"potential"molecular"biological"mechanism"of"Wuzi"decoction"on"polycystic"ovary"syndrome"(PCOS)"by"using"network"pharmacology"and"molecular"docking"technology."Methods"TCMSP"database"and"literature"survey"were"used"to"screen"the"active"ingredients"of"Wuzi"decoction"and"related"target"proteins,"and"the"target"protein"names"were"translated"into"target"gene"names."Key"genes"of"PCOS"disease"were"queried"in"the"database,"cross"analysis"of"genes"and"visual"networks"were"generated."The"interaction"network"between"drugs"and"disease"targets"were"establish,"key"target"proteins"were"conducted"by"gene"ontology"(GO)"and"Kyoto"Encyclopedia"of"Genes"and"Genomes"(KEGG)"analysis,"and"molecular"docking"validation"of"the"proteins"were"encoded"by"the"active"components"and"the"selected"core"target"genes."Results"According"to"the"set"conditions,"81"active"ingredients"were"found"from"the"drug"Wuzi"decoction"and"a"total"of"221"targets"genes"were"detected."A"total"of"151"TCM"and"disease"interaction"targets"were"obtained"by"using"PCOS"as"the"search"term."The"target"genes"were"compared"and"analyzed,"and"the"number"of"main"core"targets"was"93."NPM1,"HSPA5,"YWHAZ,"HNRNPA1,"HNRNPK,"MCM2,"HSPA8,"EEF1A1,"VCP,"and"HSP90AB1"may"be"the"main"core"targets"for"the"treatment"of"PCOS."GO"was"used"for"analysis,"and"376"enrichment"results"were"obtained."A"total"of"102"related"pathways"were"identified"in"the"KEGG"analysis."Corresponding"active"drug"ingredient"was"docked"with"the"core"target"protein"molecule"and"shows"good."Conclusion"Wuzi"decoction"can"play"a"role"in"the"prevention"and"control"of"PCOS,"and"the"mechanism"of"action"involves"multiple"targets"and"signaling"pathways.

[Key"words]"Wuzi"decoction;"Polycystic"ovary"syndrome;"Targets

多囊卵巢綜合征(polycystic"ovary"syndrome,PCOS)是一種涉及內分泌失調的疾病,主要影響育齡期的女性。該病癥的臨床表現多樣,涵蓋月經周期異常、生育能力下降、體質量增加和體毛過多、排卵功能障礙、胰島素抵抗及妊娠并發癥等,甚至可能發展為子宮內膜癌等嚴重并發癥。西醫治療主要采用藥物治療,長期服用易導致不良反應等發生[1]。中醫藥治療PCOS具有獨特的優勢。中醫根據疾病的臨床特點將PCOS歸于“不孕”“月經后期”“月經過少”、“閉經”等范疇。中醫強調整體觀,認為PCOS本質是“心–腎–天癸–沖任–胞宮生殖軸”功能紊亂,病性屬虛實夾雜,病位在胞脈,病因病機應從肝、脾、腎三方面論述,以脾、腎虛為本,以痰濕瘀血為標。五子湯是臨床上用于治療PCOS的經典藥方,研究表明五子湯有助于改善紊亂的糖脂代謝,調節性激素水平和提高排卵率[2-4]。本研究采用生物信息學方法研究五子湯對PCOS患者病變的影響,探索其作用機制。

1""資料與方法

1.1""篩選中藥五子湯活性成分及作用靶點信息

依次以“菟絲子”“五味子”“覆盆子”“枸杞子”“車前子”為關鍵詞通過TCMSP(http://lsp.nwu."edu.cn/tcmsp.php/)數據庫[5]進行檢索。對篩選后的藥物成分進行預測,以確定其潛在的作用靶點。將篩選得到的成分靶點蛋白名稱在Uniprot數據庫中進行基因標準化處理,并剔除重復的靶點基因。運用CytoScape3.7.2軟件構建五子湯活性成分與靶點的網絡關系圖。

1.2""篩選疾病靶點基因及核心靶點的選擇

以“Polycystic"ovary"syndrome”為檢索詞分別在"Genecards(https://www.genecards.org/)數據庫[6]、Disgenet(https://www.disgenet.org/)數據庫[7]、OMIM(https://omim.org/)數據庫[8]、TTD(http://db.idrblab."net/ttd/)數據庫[9]、DrugBank(https://go.drugbank."com/)數據庫[10]中檢索PCOS的疾病靶點,通過整合從5個數據庫中提取的靶點信息,經過去重處理,最終確定PCOS的全部相關靶點。將五子湯的活性成分預測的靶點和PCOS的作用靶點基因分別導入Cytoscape"3.7.2軟件,結合蛋白–蛋白相互作用(protein"protein"interaction,PPI)網絡的重疊部分對交集網絡進行網絡拓撲參數的深入分析。

1.3""基因本體分析與京都基因和基因組百科全書富集分析

將上述過程篩選出五子湯直接作用于PCOS的核心靶點輸入DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)數據庫中,進行基因本體(gene"ontology,GO)分析與京都基因和基因組百科全書(Kyoto"Encyclopedia"of"Genes"and"Genomes,KEGG)通路富集分析[11]。

1.4""主要活性成分與靶點的分子對接驗證

通過訪問PDB數據庫(http://www.rcsb.org/),獲取并下載關鍵靶標的3D蛋白質結構文件。隨后將這些結構文件導入Autodock"Tools"1.5.6軟件中進行必要的預處理;以經過預處理的靶蛋白作為受體,以處理后的化合物作為小分子配體,將這些經過處理的蛋白與小分子數據輸入AutoDock"Vina軟件中進行分子對接實驗。

2""結果

2.1""五子湯中活性成分及其作用靶點的信息搜集

經過篩選五子湯中的活性成分被確定為81種,其中含菟絲子11種、枸杞子45種、車前子10種,覆盆子7種及五味子8種。隨后,將81種有效成分逐一輸入TCMSP數據庫,經過去重處理,最終確定221個五子湯的靶點基因。在STRING"11.0平臺輸入共151個中藥-疾病潛在的共同作用靶點,最終成功識別出93個核心靶點。

2.2""GO分析和"KEGG通路分析

在DAVID數據庫中輸入93個核心靶點,進行GO分析與KEGG分析,得到746個GO富集結果,進一步篩選共獲得376個GO富集成果,包括生物過程290項、細胞組分29項、分子功能57項。KEGG分析共獲得102個KEGG通路,排名前15位的KEGG通路見圖1。

2.3""分子對接驗證

93個核心靶點中NPM1、HSPA5、YWHAZ、HNRNPA1、HNRNPK、MCM2、HSPA8、EEF1A1、VCP、HSP90AB1"10種蛋白占有重要位置。對10種蛋白和相應小分子進行分子對接,結果顯示結合活性良好,見圖2。槲皮素可能與NPM1結合的位點包括PHE-17、GLU-198、SER-190等氨基酸殘基;山柰酚與HSP90AB1的潛在結合位點包括GLN-23、ASN-105、THR-109等氨基酸殘基;異鼠李素與HSPA5的潛在結合位點包括GLU-467、PHE-501、GLY-507、ASP-504、THR-445等氨基酸殘基。

3""討論

研究表明五子湯可有效減輕PCOS所引發的癥狀,并對月經周期的規律性及卵巢的體積產生積極影響[12]。五子湯的有效成分包括槲皮素、山柰酚、芝麻素、異鼠李素及高車前素等。槲皮素通過降低血清胰島素水平、抑制核轉錄因子的核轉位、調控腫瘤壞死因子(tumor"necrosis"factor,TNF)-α等炎癥介質水平發揮作用,并調控Toll樣受體信號途徑,有助于改善胰島素抵抗的炎性環境,最終實現逆轉胰島素抵抗的效果[13]。山萘酚在基礎培養基中可作為唯一的抗氧化劑,通過調節PI3K-Akt信號通路維護卵泡生存,通過提升線粒體的功能活性,有效推動卵母細胞進行減數分裂過程,并進一步促進卵泡的成熟發育。另外,山楂素也參與脂質代謝,減少胰島素抵抗,改善血糖耐受性,同時具有類雌激素作用,改善高雌激素水平。經異鼠李素治療后,血清葡萄糖、胰島素和睪酮水平顯著下降,同時雌激素水平上升。此外,該方法還能對PCOS大鼠模型的炎癥反應產生抑制效果,從而降低體內的炎癥指標水平。這種治療透過調控TNF信號通路,阻止卵巢體積增大,緩解PCOS對卵巢造成的損害[14]。研究表明異鼠李素可提升葡萄糖在胰島素抵抗細胞中的利用率。進一步實驗表明該物質透過激活PI3K-"Akt信號途徑,促使葡萄糖攝入增加,增強胰島素敏感性。因此,通過這種方式可有效控制胰島素的過度分泌,進而維持細胞內糖代謝的穩定狀態[15-16]。PPI分析及核心靶點篩選結果顯示,NPM1等10個靶點可能是五子湯治療PCOS的核心靶點。PCOS病因關聯顯著的基因之一為HSPA5,其位于內質網腔,負責蛋白折疊和組裝,與內質網腔中其他蛋白交互作用。HSPA5的存在有助于管理HSD11B1進入內質網腔,推動皮質酮的表達,進而抑制腎上腺素皮質激素的調節作用。在PCOS患者中,調控雄激素的產生可有效緩解其高雄激素相關癥狀[17]。HSPA5可能參與調節子宮內膜在分化、增殖、凋亡和血管生成等周期變化中的作用。提高雌激素水平、增加白細胞、促使TNF-α等炎性因子上升可能導致內質網應激,有助于維持子宮內膜組織的生長與平衡。因此推測HSPA5有助于預防PCOS患者子宮內膜的非抗拒性增長,減少子宮內膜癌的風險。研究表明HSP90AB1蛋白在卵巢顆粒細胞的自噬過程及細胞凋亡機制中扮演關鍵角色。通過減少HSP90AB1的表達,可預防卵巢受損和激素紊亂[18]。

PCOS患者體內多種炎癥標志物水平顯著升高。在PCOS患者的子宮內膜中,TNF-α和NF-kBp65蛋白的表達明顯增加,表明PCOS患者可能存在全身炎癥反應及子宮內膜的局部炎癥狀態。在PCOS肥胖病例中,子宮內膜組織內的TNF-α表達水平顯著增加,PCOS患者的病理性子宮內膜炎可能與TNF-α受體和NF-kB蛋白之間存在關聯。子宮內膜炎與TNF-α關聯,TNF-α啟動內部信號傳導改變內膜微環境,進而影響內膜功能。TNF-α透過激活p-NF-kBp65通路抑制子宮內膜GLUT-4表達,阻斷GLUT-4膜轉移,影響子宮內膜的局部炎癥環境,降低胰島素效應,影響子宮內膜的能量代謝,并改變其正常功能[19]。PCOS人群的卵巢血管形成異常,具體表現在卵巢基質血管數量增加,且促血管生成因子得到提高。在刺激前體脂肪細胞3T3-L1的脂肪生成分化后,脂肪細胞釋放的外泌體通過miR-30c-5p的傳遞促進人類卵巢微血管內皮細胞在增殖、遷移、管形成和血管內皮生長因子表達方面的作用。脂肪細胞釋放的外泌體miR-30c-5p激活人類卵巢微血管內皮細胞內的信號傳導[20]。脂肪細胞外泌體的miR-30c-5p增強尾靜脈注射PCOS小鼠的內分泌功能紊亂和卵巢血管生成[21-22]。

綜上,基于網絡藥理學的深入分析,五子湯通過多種活性成分影響多個關鍵靶點,進而通過促進脂質代謝、抑制炎癥反應、調整激素水平、增強胰島素敏感性、促進卵泡成熟與排卵等多種生物學途徑,作用于多個信號傳導通路,對PCOS的預防與治療產生積極影響。

利益沖突:所有作者均聲明不存在利益沖突。

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(收稿日期:2024–04–21)

(修回日期:2024–12–26)

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