低蛋白飼糧Meta 分析：艾美耳球蟲/產(chǎn)氣莢膜梭菌感染對(duì)肉雞腸道菌群的影響

阮 棟譯/校

摘要：雞球蟲病是由艾美耳球蟲引起的，這種感染為產(chǎn)氣莢膜梭菌提供了生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)，經(jīng)常導(dǎo)致雞壞死性腸炎。改善雞體內(nèi)的細(xì)菌組成是緩解球蟲病負(fù)面影響的一種方法，近年來(lái)雞腸道健康的許多試驗(yàn)都包含細(xì)菌群落的特征研究。本試驗(yàn)Meta 分析綜合了球蟲/產(chǎn)氣莢膜梭菌感染后肉雞腸道微生物群的研究數(shù)據(jù)，為今后的研究提供基礎(chǔ)。數(shù)據(jù)分析的納入標(biāo)準(zhǔn)是試驗(yàn)包含感染一種或兩種病原體的組和未感染的對(duì)照組，采用16SrRNA Illumina 測(cè)序以及包含有效的原始數(shù)據(jù)，總共可納入的研究有17 項(xiàng)。本研究對(duì)3 個(gè)不同的數(shù)據(jù)集進(jìn)行了meta 分析：第1 個(gè)數(shù)據(jù)集是僅感染球蟲的9 個(gè)試驗(yàn)數(shù)據(jù)；第2 個(gè)數(shù)據(jù)集是僅感染產(chǎn)氣莢膜梭菌的4 個(gè)研究數(shù)據(jù)；第3 數(shù)據(jù)集是同時(shí)感染球蟲和產(chǎn)氣莢膜梭菌的8 個(gè)試驗(yàn)原始數(shù)據(jù)，使用SIAMCAT 和meta 軟件包對(duì)數(shù)據(jù)集的相對(duì)豐度和α-多樣性進(jìn)行了meta 分析。通過(guò)單一球蟲感染、單一產(chǎn)氣莢膜梭菌感染和合并感染的試驗(yàn)分析，本研究鑒定出有價(jià)值的單元分別為23 個(gè)、2 個(gè)和29 個(gè)。通過(guò)對(duì)球蟲感染試驗(yàn)和合并感染試驗(yàn)的分析，發(fā)現(xiàn)13 個(gè)單元有重疊。然而機(jī)器學(xué)習(xí)也無(wú)法在3 個(gè)數(shù)據(jù)集中的任何1 個(gè)分析中找到預(yù)測(cè)微生物群變化的模型。功能圖譜的Meta 分析顯示，對(duì)感染的響應(yīng)普遍一致，許多途徑的相對(duì)豐度發(fā)生顯著變化，α-多樣性并不受單一病原菌或組合感染的影響。綜上所述，盡管球蟲感染對(duì)微生物群的影響似乎比產(chǎn)氣莢膜梭菌感染更大，但腸道微生物群的非均一性研究使得識(shí)別共同趨勢(shì)非常困難。未來(lái)研究需要采用宏基因組學(xué)技術(shù)來(lái)關(guān)注這些因感染而改變的微生物功能。

關(guān)鍵詞：肉雞；壞死性腸炎；球蟲病

資料來(lái)源：2023 Poultry Science https://doi.org/10.1016/j.psj.2023.102652