南海所完成首次紫海膽全基因組測序和組裝
2024-01-01 00:00:00
水產科技情報 2024年5期
近日，中國水產科學研究院南海水產研究所創新團隊成功完成了紫海膽的全基因組測序，首次構建了紫海膽的染色體基因組圖譜。相關研究成果發表在Scientific data上。
紫海膽是一種亞熱帶重要的海洋高值經濟棘皮動物，分布于我國東南部沿海，國外僅分布于日本南部沿海。受棲息地衰退、過度捕撈、氣候變化等因素影響，紫海膽自然資源日漸衰退。揭示紫海膽基因組信息可以推動紫海膽人工繁育技術的進步，促進紫海膽增養殖產業的發展。該論文采用Illumina二代、PacBio三代結合Hi-C測序技術，首次構建了紫海膽的染色體基因組圖譜，紫海膽基因組大小為891.02 Mb，contig N50和scaffold N50長度分別為0.81 Mb和37.61 Mb。紫海膽約99.52%的基因組序列錨定到21條染色體上，共注釋到28 966個蛋白質編碼基因，94.58%的基因可以注釋到NR、GO、KEGG等數據庫中；對非編碼RNA注釋，共預測得到8 855個tRNA，602個rRNA，86個miRNA；對假基因注釋，得到183個假基因。該研究可為紫海膽分子標記開發、基因定位與挖掘、全基因組水平的分子輔助育種等奠定重要基礎。
該研究工作得到了國家自然科學基金（32160863）、中國水產科學研究院南海水產研究所所級基本科研業務費（2023XK01）、三亞崖洲灣科技城項目（SKJC-2022-PTDX-014）的支持。
（來源：南海水產研究所）
