長江鱘幼魚黏液、腸道內容物及其養殖水體的微生物菌群結構和潛在病原菌分析

田 甜，張建明，朱 欣，張德志，舒婷婷

中國長江三峽集團有限公司中華鱘研究所/三峽工程魚類資源保護湖北省重點實驗室，湖北 宜昌 443100

像哺乳動物一樣，魚類的微生物主要集中在體表和消化道，并形成了相應的菌群結構，對宿主的健康發育和生長具有重要作用。魚類體表是保護機體的一道重要屏障，體表分泌的黏液構成了魚體與水環境的隔離界面[1]，成為防御入侵的第一道防線，同時也是魚體天然免疫的重要組成部分[2]。腸道微生物菌群數量豐富、結構復雜，被稱為宿主的額外器官，具有維持宿主營養吸收[3]、免疫調控[4]、生長發育[5]等重要作用。魚類的腸道微生物系統是后天形成的，其菌群結構與宿主自身發育狀態、養殖環境和餌料種類密切相關。魚類生活在水中，水中含有復雜多樣的微生物，其皮膚黏液和腸道更容易受到水環境的影響。Giatsis 等[6]認為水環境對孵化后羅非魚 (Oreochromismossambicus) 腸道微生物的最初定殖起到了重要作用。因此，魚類和體表黏液、腸道、水環境中的微生物互相依賴、互相制約、動態平衡才能保證宿主的健康生長。

研究發現不同生境導致草魚 (Ctenopharyngdon idellus) 前腸微生物組成差異較大：自然生境的優勢菌屬是不動桿菌屬 (Acinetobacter) 和貪銅菌屬(Cupriavidus)；高密度池塘養殖生境的優勢菌屬是鯨桿菌屬 (Cetobacterium) 和希瓦氏菌屬 (Shewanella)；低密度池塘生境的優勢菌屬是鏈球菌屬(Streptococcus) 和消化鏈球菌屬 (Peptostreptococcus)[7]。樊英等[8]采用16S rRNA 高通量測序技術分析大瀧六線魚 (Hexagrammosotakii) 表皮黏液和腸道內容物的微生物多樣性……