乙型肝炎病毒相關肝細胞癌關鍵基因篩選及其與預后關系的生物信息學分析

徐雅琪, 王艷玉, 張文婧, 韓 梅, 穆華夏, 楊 希, 卜偉曉, 陶子琨, 孔雨佳, 石福艷, 王素珍

（濰坊醫學院公共衛生學院衛生統計學教研室，山東 濰坊 261053）

原發性肝癌是全球第七大常見癌癥，中國原發性肝癌發病率較高、病例數最高［1］。肝細胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是肝癌的主要類型，約占75%［2］。HCC 主要致病因素是病毒（慢性乙型和丙型肝炎病毒）、代謝（糖尿病和非酒精性脂肪性肝病）、毒性（乙醇和黃曲霉毒素）和免疫系統相關疾病［3］。其中，病毒誘導的遺傳改變、不可逆肝損傷和肝硬化導致乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）相關HCC 患者的預后較差［4］，而免疫應答與HBV 感染期間患者的疾病進展有關聯［5］。目前國內外生物信息學研究大多只聚焦于HCC 生物標志物的篩選和關鍵通路的探索方面，關于HBV-HCC 的免疫浸潤分析較少。因此，探討HBV-HCC 免疫細胞浸潤機制，可為進一步研究HBV-HCC 的發病機制提供依據。本研究結合基因表達綜合數據庫（Gene Expression Omnibus，GEO）芯片數據和生物信息學方法，篩選出差異表達基因（differentially expressed genes，DEGs），構建蛋白-蛋白互作（protein-protein interaction，PPI）網絡，采用生存分析方法確定與HBV-HCC相關的關鍵基因，并進行功能通路富集分析，采用“CIBERSORT”軟件包進行HBV-HCC 的免疫細胞浸潤分析，為闡明HBV 促進HCC 發生發展的分子機制、探索HBV-HCC 的關鍵基因和相關功能通路及HBV-HCC 的潛在診斷治療靶點提供依據 。

1 資料與方法

1.1 數據收集采用美國國立生物技術信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI） 平 臺 下 載 的GEO （http：//www.ncbi.nlm.gov/geo/），選取含有肝癌病因信息的數據芯片GSE121248［6］。芯 片 信 息 為Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array，平 臺 為 GPL570，該芯片分離慢性HBV 誘導的HCC 組織及其癌旁正常組織，并提取總RNA 進行Affymetrix 基因微陣列分析。……