基于文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)分析基因組學(xué)在中醫(yī)證候領(lǐng)域的研究現(xiàn)狀*

臧靜愉，金艷濤，李鵬宇，楊 俊，裴金燕，郭會(huì)軍△

1 河南中醫(yī)藥大學(xué)，河南 鄭州 450003； 2 河南中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院艾研中心,河南 鄭州 450003

基因組學(xué)（genomics）的概念最早于1986 年由美國(guó)遺傳學(xué)家Thomas H. Roderick 提出，是對(duì)一個(gè)生物體所有基因進(jìn)行集體表征和量化及不同基因組比較研究的一門學(xué)科。它主要研究整個(gè)基因組的結(jié)構(gòu)、功能、進(jìn)化、定位和編輯等，并研究他們之間的相互關(guān)系及對(duì)生物體的影響，體現(xiàn)了現(xiàn)代分子生物學(xué)從局部觀走向整體觀研究［1-2］。不同的基因組其功能、基因表達(dá)形式的差異是疾病病理變化的本質(zhì)，而中醫(yī)的“證”反映的是疾病某一階段的病理變化，證候的形成與個(gè)人體質(zhì)密切相關(guān)，體質(zhì)的形成大多由先天稟賦及遺傳因素決定，因此基因組學(xué)與證候的病理形成過(guò)程必然存在某些關(guān)聯(lián)［3］。本文通過(guò)對(duì)國(guó)內(nèi)相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行定量分析，以充分了解國(guó)內(nèi)關(guān)于基因組學(xué)與中醫(yī)證候相關(guān)研究的現(xiàn)狀及發(fā)展前景，希望對(duì)該領(lǐng)域研究人員在研究方向、科研選題、方案設(shè)計(jì)等方面提供參考［4］。

1 資料來(lái)源和檢索方法

1.1 文獻(xiàn)來(lái)源及檢索方法主要以中國(guó)知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(kù)（China national knowledge infra-structure，CNKI）、萬(wàn)方數(shù)據(jù)庫(kù)（Wanfang data-base，WF）、中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)（China bio-logy medicine disc，CBM）、維普中文科技期刊數(shù)據(jù)庫(kù)等中文網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(kù)為檢索對(duì)象，分別輸入檢索詞：（中醫(yī)OR 證候）AND（組學(xué)OR 系統(tǒng)生物OR 基因組學(xué)），檢索時(shí)限為建庫(kù)至2019 年12 月17 日的所有文獻(xiàn)。

1.2 納入標(biāo)準(zhǔn)納入：1）以人為研究對(duì)象的文獻(xiàn)；2）有明確的中醫(yī)證候/證型診斷的文獻(xiàn)；3）研究對(duì)象例數(shù)大于5 例的文獻(xiàn)；4）有確切檢測(cè)標(biāo)本（血液、尿液、體液、組織、糞便等）的文獻(xiàn)；5）有明確的基因組學(xué)檢測(cè)技術(shù)的文獻(xiàn)；6）期刊論文。

1.3 排除標(biāo)準(zhǔn)排除：1）對(duì)于重復(fù)發(fā)表的文獻(xiàn)選取發(fā)表時(shí)間晚的，實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)較全的文獻(xiàn)；2）重復(fù)性研究（文章不同，但研究?jī)?nèi)容相同）的文獻(xiàn)；3）綜述、個(gè)案報(bào)道、基因組學(xué)與證候相關(guān)資料無(wú)法提取或提取不全的文獻(xiàn)。

1.4 文獻(xiàn)篩選由2 位研究人員分別獨(dú)立完成，如遇分歧，與第3 人討論決定。將從數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索到的文獻(xiàn)導(dǎo)入EndNoteX9 軟件，利用軟件的去重功能及人工手動(dòng)方式篩選重復(fù)文獻(xiàn)，通過(guò)閱讀題目和摘要排除明顯不符合納排標(biāo)準(zhǔn)的文獻(xiàn)，再進(jìn)一步閱讀全文，最終篩選出符合納入標(biāo)準(zhǔn)的文獻(xiàn)。

1.5 數(shù)據(jù)的提取和分析使用Excel 表格建立納入文獻(xiàn)信息提取表，提取論文的題目、發(fā)表年份、發(fā)表期刊、文獻(xiàn)類型、第一作者單位、研究機(jī)構(gòu)、疾病分類、證候分型、實(shí)驗(yàn)標(biāo)本、基因檢測(cè)技術(shù)、樣本量等信息并進(jìn)行分析。

2 結(jié)果

2.1 檢索結(jié)果共檢索到文獻(xiàn)26 350篇，其中“中國(guó)知網(wǎng)”7001篇，“萬(wàn)方數(shù)據(jù)庫(kù)”9790篇，“維普數(shù)據(jù)庫(kù)”4872篇，“生物醫(yī)學(xué)網(wǎng)”4687篇，刪除重復(fù)文獻(xiàn)后剩余12 817篇；閱讀文獻(xiàn)的題名和摘要后，排除11 834篇，納入文獻(xiàn)983篇；閱讀全文，最終納入文獻(xiàn)333篇。

2.2 納入文獻(xiàn)的基本特征

2.2.1 年份分布情況 文獻(xiàn)數(shù)量的多少表明了當(dāng)時(shí)該領(lǐng)域的研究發(fā)展情況。從圖1 可知，2016年發(fā)表文獻(xiàn)最多，共29 篇（8.7%）；2000 年發(fā)表量最少，僅1 篇（0.3%）。總體來(lái)說(shuō)，文獻(xiàn)發(fā)表量呈逐年上升趨勢(shì)。見(jiàn)圖1。

圖1 納入文獻(xiàn)年份分布情況

2.2.2 期刊分布情況 納入的期刊文獻(xiàn)共分布在118種期刊上，按2020版《北京大學(xué)核心期刊目錄》篩查，北大中文核心期刊文獻(xiàn)115 篇，占總文獻(xiàn)量的34.5%。其中，發(fā)文量大于10 篇的期刊分布情況，見(jiàn)表1。

表1 納入文獻(xiàn)大于10篇的期刊分布情況

2.2.3 第一作者單位分布情況 第一作者共分布在165個(gè)單位，發(fā)文量以醫(yī)院（221篇，66.4%）為主，其中發(fā)文最多的是廣西中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院及廣州中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院；而高校中，發(fā)文量居首位的是安徽中醫(yī)藥大學(xué)，其次是福建中醫(yī)藥大學(xué)和廣州中醫(yī)藥大學(xué)。見(jiàn)表2，圖2。

表2 中醫(yī)證候基因組學(xué)研究相關(guān)文章單位分布情況

圖2 中醫(yī)證候基因組學(xué)研究相關(guān)文章的單位分布情況

2.3 納入文獻(xiàn)的內(nèi)容特征

2.3.1 納入文獻(xiàn)疾病分類情況 根據(jù)疾病特征，現(xiàn)對(duì)納入文獻(xiàn)的疾病進(jìn)行分組統(tǒng)計(jì)，將胃炎/胃潰瘍、腸炎、肝炎等歸為消化類；將高血壓、冠心病、心絞痛等列入循環(huán)類；將呼吸道感染、慢性阻塞性肺疾病、哮喘等歸于呼吸類；將糖尿病、經(jīng)前綜合征等歸為內(nèi)分泌類；將皮膚病、不孕癥、斑禿、艾滋病、耳聾等歸于其他類。其中，以消化類及循環(huán)類發(fā)表的文章最多，約占總文獻(xiàn)量的一半。見(jiàn)表3。

表3 納入文獻(xiàn)疾病分類情況

2.3.2 納入文獻(xiàn)檢測(cè)樣本情況 本研究文獻(xiàn)中，實(shí)驗(yàn)標(biāo)本有血液制品（血清、血漿、全血）、尿液、糞便、組織（胃黏膜組織、腸黏膜組織、子宮內(nèi)膜組織、肺組織、乳腺組織、鼻炎組織、肌肉組織、卵泡細(xì)胞）及體液（精液）。統(tǒng)計(jì)顯示，在研究基因組學(xué)中醫(yī)證候領(lǐng)域，最常用的檢測(cè)樣本為血液制品及組織，血液制品284篇（85.3%）；組織44篇（13.2%），其中胃黏膜組織26篇（7.8%），腸黏膜組織7篇（2.1%）、肺組織4篇（1.2%）等。見(jiàn)表4。

表4 納入文獻(xiàn)檢測(cè)樣本分布

2.3.3 基因組學(xué)檢測(cè)技術(shù)分布 納入文獻(xiàn)中，共有44 種基因檢測(cè)技術(shù)，最常用的為熒光定量PCR技術(shù)及PCR-RFLP技術(shù)，運(yùn)用熒光定量PCR技術(shù)的文獻(xiàn)有89篇，約占總文獻(xiàn)量的26.7%；運(yùn)用PCR-RFLP技術(shù)的文獻(xiàn)有76篇，約占文獻(xiàn)總量的22.8%。應(yīng)用次數(shù)最多的5種基因檢測(cè)技術(shù)，見(jiàn)圖3。

圖3 基因組學(xué)主要檢測(cè)技術(shù)分布圖

2.3.4 中醫(yī)證候分型情況 在所納入的文獻(xiàn)中，排名前十的中醫(yī)證型依次為：肝腎陰虛證、氣虛證、氣陰兩虛證、痰濕證、陰陽(yáng)兩虛證、肝郁脾虛證、脾腎陽(yáng)虛證、肝火亢盛證、氣滯血瘀證及脾胃濕熱證。其中排名前五的五種證型多見(jiàn)于循環(huán)系統(tǒng)疾病。消化類疾病常辨證為肝郁脾虛證、肝腎陰虛證、脾腎陽(yáng)虛證、脾胃濕熱證等證候。見(jiàn)表5。

表5 納入文獻(xiàn)前十的證候及其與疾病相關(guān)內(nèi)容的分析

3 討論

本研究文獻(xiàn)的基本特征表明，中國(guó)國(guó)內(nèi)在運(yùn)用基因組學(xué)技術(shù)研究中醫(yī)證候本質(zhì)這一領(lǐng)域中發(fā)表了很多文章。從文獻(xiàn)發(fā)表數(shù)量來(lái)看，整體呈上升趨勢(shì)，20 世紀(jì)初該領(lǐng)域文獻(xiàn)量逐年增加，這可能與中國(guó)1999 年加入人類基因組計(jì)劃有關(guān)。總文獻(xiàn)中，76%的文章發(fā)表于2008年之后，發(fā)表高峰期集中在2012年、2016年，表明近十多年來(lái)，基因組學(xué)在中醫(yī)證候中的應(yīng)用方面，引起了越來(lái)越多研究人員的關(guān)注，基因組學(xué)技術(shù)在中醫(yī)藥研究領(lǐng)域發(fā)揮著不可忽視的作用［5］。

研究文獻(xiàn)的期刊分布情況有助于了解相關(guān)文獻(xiàn)的主要情報(bào)來(lái)源［6］。本文相關(guān)文獻(xiàn)共分布在118種期刊上，而載文量不低于10篇的期刊僅有7種，表明目前該領(lǐng)域文獻(xiàn)分布范圍廣、收錄較分散、不集中。北大中文核心期刊的文章有115 篇，僅占總文獻(xiàn)量的34.5%，說(shuō)明發(fā)表在高質(zhì)量期刊上的文獻(xiàn)較少，文獻(xiàn)質(zhì)量有待提高。文獻(xiàn)數(shù)量前五的期刊依次為中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合雜志、中醫(yī)雜志、中華中醫(yī)藥雜志、遼寧中醫(yī)藥雜志、廣州中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào)，說(shuō)明上述這些期刊能緊跟時(shí)代潮流，掌握最新的科研成果，是基因組學(xué)技術(shù)研究中醫(yī)證候的核心期刊和主要來(lái)源，該領(lǐng)域研究人員可多關(guān)注上述雜志。

研究機(jī)構(gòu)科研水平的高低往往以發(fā)表論文的數(shù)量及質(zhì)量為標(biāo)準(zhǔn)［7］。本研究通過(guò)文獻(xiàn)計(jì)量分析了基因組學(xué)中醫(yī)證候研究的論文發(fā)表情況，從中可以看出，醫(yī)院為發(fā)表文獻(xiàn)的主要機(jī)構(gòu)，文獻(xiàn)量達(dá)221 篇，占總文獻(xiàn)量的66.4%，遠(yuǎn)高于高校、研究院等其他研究機(jī)構(gòu)。其中發(fā)文量最多的機(jī)構(gòu)為廣西中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院及廣州中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院，均為醫(yī)院，亦表明醫(yī)院是該領(lǐng)域研究的主要機(jī)構(gòu)。

本研究文獻(xiàn)的內(nèi)容特征表明，基因組學(xué)技術(shù)在中醫(yī)證候研究中已經(jīng)應(yīng)用到各個(gè)學(xué)科中，其中以消化類及循環(huán)類疾病發(fā)表的文章最多，共164篇，約占總文獻(xiàn)量的49.2%，可能是由于線粒體DNA 的基因突變多引起消化系統(tǒng)損傷［8］及不同基因組DNA/RNA 通過(guò)血管最先作用于心肌細(xì)胞［9］所致，或者與心血管疾病相關(guān)的基因治療方法多［10-11］有一定關(guān)系。在中醫(yī)證候研究領(lǐng)域，基因組學(xué)技術(shù)的檢測(cè)樣本有血液、組織、尿液、糞便、體液等，其中以血液制品為主，共284 篇，占總發(fā)文量的85.3%，可能與不同證候組織功能障礙和病理狀態(tài)通過(guò)血液反應(yīng)，血液中的主要成分包含遺傳物質(zhì)（染色體和基因）有關(guān)［12］，也可能與血液樣本采集較為便利有關(guān)。

在納入文獻(xiàn)中，基因組學(xué)在中醫(yī)證候研究領(lǐng)域分析表明，血液制品在肝腎陰虛證中使用最多，其次為氣虛證；組織樣本則在氣陰兩虛證中使用較多。而肝腎陰虛證、氣虛證多見(jiàn)于消化類疾病，氣陰兩虛證在內(nèi)分泌類疾病中應(yīng)用最多，說(shuō)明在消化類和內(nèi)分泌類疾病中辨證分型的客觀化較其他更有優(yōu)勢(shì)。

目前的基因檢測(cè)技術(shù)種類繁多［13-14］，本研究文獻(xiàn)中，共有44 種檢測(cè)技術(shù)，其中使用頻率最高的為熒光定量PCR 技術(shù)及PCR-RFLP 技術(shù)，兩者皆有敏感性高、操作簡(jiǎn)單、高效快速的特點(diǎn)，相較于RFLP 方法分辨率低，序列特異性引物聚合酶鏈反應(yīng)技術(shù)成本高等其他檢測(cè)技術(shù)具有其特有的優(yōu)勢(shì)。熒光定量PCR 技術(shù)全程在試管內(nèi)操作，還具有污染率低的特點(diǎn)，且它克服了常規(guī)PCR 只能半定量的缺陷，既可以對(duì)結(jié)果定量又可進(jìn)行定性［15-16］，因此深受科研、臨床工作者的青睞。

通過(guò)本次研究，了解了基因組學(xué)在中醫(yī)證候研究中的現(xiàn)狀，分析該領(lǐng)域研究的問(wèn)題及發(fā)展趨勢(shì)，為今后的研究提供參考［17-18］。本次統(tǒng)計(jì)的文獻(xiàn)僅限于中文數(shù)據(jù)庫(kù)，且為期刊文獻(xiàn)，所以統(tǒng)計(jì)結(jié)果并非基因組學(xué)技術(shù)在中醫(yī)證候研究中全面的反映，還應(yīng)擴(kuò)大文獻(xiàn)范圍，對(duì)文獻(xiàn)內(nèi)容進(jìn)行細(xì)化分析，使其更加完善。