細胞凋亡相關(guān)基因CD44 在甲狀腺癌組織中的表達及其與腫瘤侵襲和免疫細胞浸潤關(guān)系的生物信息學分析

肖志遠, 宋 冰, 馬鑫雨, 金連輝, 鄭 通, 柴 芳

（1.錦州醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院甲狀腺外科，遼寧 錦州 121001；2.錦州醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院內(nèi)分泌與代謝性疾病科，遼寧 錦州 121001；3.錦州醫(yī)科大學公共衛(wèi)生學院職業(yè)衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學教研室，遼寧 錦州 121001）

甲狀腺癌（thyroid carcinoma，THCA）是最常見的內(nèi)分泌腫瘤之一，其發(fā)病率位于所有癌癥中的第9 位，但其具體發(fā)病機制目前仍不清楚［1］。凋亡相關(guān)基因CD44 是一種細胞表面蛋白，其表達上調(diào)與腫瘤的細胞增殖、浸潤、血管生成、轉(zhuǎn)移和預后相關(guān)［2-3］。HU 等［4］研究顯示：CD44 蛋白的表達可能與膀胱癌的進展、轉(zhuǎn)移和預后有關(guān)。既往研究［5-6］表明：生物信息學分析對于闡明眾多差異表達基因（differentially expressed genes，DEGs）的功能及評估THCA 發(fā)生發(fā)展的復雜性具有重要意義。本研究旨在應用癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas，TCGA）數(shù)據(jù)庫和TIMER 數(shù)據(jù)庫分析CD44 mRNA 在THCA 組織及癌旁組織中表達水平的差異，并通過臨床標本驗證（免疫組織化學SABC 法），探討CD44 蛋白與THCA 患者臨床病理特征和腫瘤免疫細胞浸潤的關(guān)系，為THCA的診斷及治療提供參考。

1 資料與方法

1.1 數(shù)據(jù)下載從 TCGA 數(shù) 據(jù) 庫 （https：//portal.gdc.cancer.gov/）中篩選THCA 相關(guān)的RNA 序列表達譜，得到58 種正常組織和510 種腫瘤組織。從基因集 富 集 分 析 （Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）分 子 特 征 數(shù) 據(jù) 庫 v7.1 的 基 因 集“HALLMARK_ APOPTOSIS”中獲得161 個凋亡相關(guān)基因（apoptosis-related genes，ARGs）［7］。

1.2 ARGs 的選擇采用mRNA 表達譜、limma 軟件包和R 軟件（V3.6.3 版 本）中 的 Wilcoxon 秩 和t檢 驗［|log2FC|>1，錯誤發(fā)現(xiàn)率（false discovery rate，F(xiàn)DR）<0.05）］來分析THCA 隊列中表達顯著不同的ARGs。

1.3 THCA 中CD44 mRNA 的差異 表達通過分析TCGA 中CD44 mRNA 的表達數(shù)據(jù)檢測CD44 mRNA 在THCA 中表達。使用受試者工作特征（receiver operating characteristic，ROC）曲線分析CD44 在THCA 樣本和正常樣本間的鑒別價值。

1.4 基因本體（Gene Ontology，GO）生物功能富集、京都基因與基因組百科全……