海南2種龍腦香科植物葉綠體基因組密碼子偏好性分析

尹為治，方 正，黃良鴻，龍文興，李佳靈,

(1.海南五指山國家級自然保護區管理局，海南 五指山 572200；2.海南大學,海南 海口 570100)

密碼子偏性反映了物種或基因的起源、進化及突變方式，對蛋白質表達等有重要的影響[1]。分析不同物種的密碼子使用模式及影響因素，有助于理解生物與環境適應的分子機制、探討物種間的進化關系[2]。葉綠體基因組具有相對保守的分子結構、序列獲得容易和進化速率適中等特點，被廣泛運用于植物多樣性、系統發育、DNA條碼開發等研究中[3-5]。

龍腦香科植物是亞洲熱帶雨林的代表植物，是海南熱帶低地雨林的代表中，分布有坡壘屬坡壘(Hopeahainanensis)和無翼坡壘(鐵凌Hopeaexalata)、青梅屬青梅(Vaticamangachapoi)[6-7],均為國家重點保護野生植物。目前，對龍腦香科植物的研究，主要集中于資源狀況、種群特征、繁育技術、開發利用價值[8-9]等方面。而龍腦香科植物葉綠體基因組密碼子偏好性的研究，僅見于Raju Biswas等針對龍腦香科matK、rbcL葉綠體基因進行密碼子偏好性分析[10]。雖然坡壘和青梅的葉綠體全基因組已完成測序[11-12]，但關于兩者的葉綠體基因組編碼基因的密碼子使用模式比較的研究尚未見報道。

在前人研究的基礎上，對坡壘和青梅的葉綠體基因組中密碼子堿基組成特點及使用偏性進行比較分析，揭示其密碼子偏性的影響因素，分析最優密碼子，旨在為坡壘、青梅等龍腦香科植物葉綠體基因組的應用和研究提供科學的參考依據。

1 材料與方法

1.1 數據來源

從NCBI分別下載坡壘、青梅葉綠體全基因組序列信息，登錄號為NC_044642.1、NC_041485.1，各獲得了82和83條編碼基因。……