NGS在感染性疾病診斷中的臨床應(yīng)用

陳梨 張麗琴 謝超

皖南醫(yī)學(xué)院弋磯山醫(yī)院呼吸內(nèi)科,蕪湖241002

隨著醫(yī)學(xué)的發(fā)展,人類發(fā)現(xiàn)了越來越多的疑難病例,各種病原體的變異導(dǎo)致了復(fù)雜感染性疾病發(fā)生率逐漸增加,精準(zhǔn)快速的病原學(xué)診斷可以幫助臨床醫(yī)師及時優(yōu)化抗菌藥物的使用,從而減少住院時間、提高治愈率、改善預(yù)后。目前常用的微生物檢測方法有痰涂片、痰培養(yǎng)、血培養(yǎng)、腦脊液、胸腹水化驗、PCR 等,其中痰標(biāo)本獲取干擾因素較多,培養(yǎng)陽性率較低,檢測種類有限,缺乏病原體類型、致病性、耐藥信息以及罕見或未知的新發(fā)病原體相關(guān)信息,容易造成漏診、誤診。故上述方法已不能有效地滿足臨床需求。而隨著二代測序 (next-generation sequencing,NGS)技術(shù)的不斷成熟和普及,為臨床上感染性疾病的病原學(xué)診斷提供了一種新的有價值的診斷工具。現(xiàn)將NGS在臨床上的部分應(yīng)用進(jìn)行綜述。

1 NGS

在20世紀(jì)70年代,Sanger等分別開發(fā)了通過鏈終止和片段化技術(shù)對DNA 進(jìn)行測序的方法,這些方法提供了破譯完整基因以及整個基因組的工具,從而改變了生物學(xué)。Sanger等開發(fā)的第一代測序技術(shù) (Sanger測序)測序準(zhǔn)確性高、讀長較長,在人類基因組計劃及其他領(lǐng)域取得重大成就,Sanger技術(shù)實現(xiàn)了2004年第一個人類基因組序列的完成[1]。隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展,第一代測序技術(shù)已不能滿足目前全基因組測序的需求,因此出現(xiàn)了現(xiàn)在的新一代基因測序方法,即NGS技術(shù),又稱大規(guī)模平行測序或深度測序[2],包括第二代、第三代和第四代測序技術(shù)。目前,具有代表……