基于GWAS數(shù)據(jù)庫的卵巢癌易感基因挖掘及Meta分析驗(yàn)證

吳潤雯 張素仙 張琴 冷天艷 楊麗華 昆明醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院 云南昆明 650101

全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome wide association study,GWAS)是對人類全基因組范圍內(nèi)常見遺傳變異單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)和拷貝數(shù)變異(Copy Number Variation ,CNV)進(jìn)行總體關(guān)聯(lián)分析的研究方法,其結(jié)果均被收集在GRASP v2.0數(shù)據(jù)庫中【1】.本研究從GWAS數(shù)據(jù)庫中收集所有卵巢癌發(fā)病相關(guān)的 GWAS 研究數(shù)據(jù),選取被研究最多且研究結(jié)果存在很大差異的 SNP 位點(diǎn),使用meta分析的方法對多個(gè)GWAS 研究結(jié)果進(jìn)行綜合評價(jià),為卵巢癌易感人群篩查提供依據(jù).

1 資料與方法

1.1 GRASP數(shù)據(jù)庫 GRASP 數(shù)據(jù)庫是由馬薩諸塞大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Leslie 等人于2014年開發(fā)的用于儲存 SNP 位點(diǎn)和與其關(guān)聯(lián)的表型,及其它相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫【2】.

1.2 meta分析的數(shù)據(jù)獲得 GRASP數(shù)據(jù)庫結(jié)果得到183個(gè)可能與卵巢癌疾病發(fā)生相關(guān)的SNP位點(diǎn).發(fā)現(xiàn),rs3814113 SNP位點(diǎn)被報(bào)道的次數(shù)最多,rs3814113 SNP位點(diǎn)正包含在BNC2基因中.但這些研究所涉及的人群及樣本的大小并不完全相同,其結(jié)論也不完全一致.本文選取BNC2基因rs3814113 SNP位點(diǎn)來進(jìn)行其與于卵巢癌發(fā)病相關(guān)性的meta分析.

1.3 數(shù)據(jù)提取和文獻(xiàn)質(zhì)量評價(jià) 使用"rs3814113","BNC2","ovarian cancer","carcinoma","tumor","9P22.2"【關(guān)鍵詞】的組合在PubMed(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)和Google Scholar(http: //scholar. google.com/)檢索rs3814113 SNP位點(diǎn)與卵巢癌發(fā)生相關(guān)性論文.

1.4 遺傳模型的選擇 rs3814113 SNP位點(diǎn)有T和C兩個(gè)等位基因,其中,C是次等位基因.這兩個(gè)等位基因?qū)β殉舶┻@一性狀的表達(dá)可能存在顯性效應(yīng)、隱性效應(yīng)等不同的遺傳效應(yīng).根據(jù)遺傳效應(yīng)分為等位模型(C vs T)、顯性模型(CC+TC vs TT) ,隱性模型(CC vs TC+TT)和加性模型(CC vs TT).

1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 應(yīng)用Revenman 5.3進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.05(雙側(cè)).以O(shè)R值和95%CI作為研究效應(yīng)測定指標(biāo),95%CI的區(qū)間包含1時(shí),SNP與疾病不相關(guān);95%CI最左端大于1時(shí),SNP增加疾病的風(fēng)險(xiǎn);95%CI最右端小于1時(shí),SNP降低疾病的風(fēng)險(xiǎn).

2 結(jié)果

2.1 納入文獻(xiàn)的基本特征 本文共納入4篇[3-6]文獻(xiàn)12項(xiàng)研究,共41713例,包括 22009例病例和19704例對照.

2.2 Meta分析結(jié)果 4種模型中均存在異質(zhì)性,采用隨機(jī)效應(yīng)模型(random effect model, REM)對其進(jìn)行分析.結(jié)果顯示:在四種模型中,rs3814113 SNP位點(diǎn)均與卵巢癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)降低顯著相關(guān)(P<0.05).其中,等位模型:OR=0.83,95%CI=0.76-0.90;顯性模型:OR=0.80,95%CI=0.77-0.83;隱性模型:OR=0.78,95%CI=0.67-0.91;加性模型:OR=0.76,95%CI=0.71-0.81,見圖1.

圖1 等位模型Meta分析結(jié)果森林圖Figure 1 forest map of Meta analysis results in the four models

對列入Meta分析的4篇文獻(xiàn)數(shù)據(jù)用漏斗圖來判斷發(fā)表偏倚,結(jié)果顯示無發(fā)表性偏倚(圖2).

圖2 四種模型中發(fā)表偏倚性分析的漏斗圖Figure 2 funnel plot for publication bias analysis in the four models

3 討論

卵巢癌是一種常見的婦科惡性腫瘤,其發(fā)病隱匿,死亡率高,已成為威脅婦女健康的主要問題之一[8],而大量流行病學(xué)和生物學(xué)實(shí)驗(yàn)研究表明,卵巢癌是一種由行為、環(huán)境和遺傳因素共同作用引起的多階段復(fù)雜性疾病.其中,遺傳因素在卵巢癌的易感性、疾病的發(fā)生、發(fā)展以及復(fù)雜的臨床表現(xiàn)方面中起到重要的作用[9-11].但臨床尚缺乏有效手段鑒別卵巢癌易感人群.因此,本文針對卵巢癌的遺傳異質(zhì)性與基因易感性進(jìn)行相關(guān)研究.

為了探討rs3814113 SNP位點(diǎn)與卵巢癌疾病發(fā)生的相關(guān)性,本文基于GWAS數(shù)據(jù)庫收集了更多并且來源更加完備的樣本數(shù)據(jù),應(yīng)用meta分析方法,在等位、顯性、隱性和加性模型中評估整體人群中rs3814113 SNP位點(diǎn)與卵巢癌發(fā)生的相關(guān)性.分析結(jié)果顯示等位基因C與卵巢癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)降低顯著相關(guān),敏感性分析后等位模型、顯性模型、隱性模型中異質(zhì)性消失,且結(jié)果穩(wěn)定.

綜上所述,本文最終經(jīng)meta分析驗(yàn)證發(fā)現(xiàn),BNC2基因rs3814113 SNP位點(diǎn)多態(tài)性與降低卵巢癌的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)存在關(guān)聯(lián).但由于文獻(xiàn)資料的不足,期待得到大樣本的前瞻性研究及臨床試驗(yàn)結(jié)果的驗(yàn)證,并為卵巢癌的早期診斷與防治提出依據(jù).