董默 周鴻鎖 趙若晗
摘 ?要: 隨著計算機技術的高速發展,越來越多的軟件應用于醫學當中,尤其在影像醫學的發展中,計算機對圖像的處理技術直接制約著影像學科的發展。目前CT、MRI及核醫學成像設備圖像均由其自帶的平臺軟件來處理,這使得醫學圖像主要的處理手段均與大型設備綁定,不夠方便。合理的聯合使用本文中所涉及的MATLAB和MIMICS軟件,結合兩種軟件的優勢,這為醫學圖像處理的手段提出新的方法,也為影像科醫生拓展醫學圖像后處理的技能,提高其醫學影像診斷水平提供了新的思路。
關鍵詞: 醫學圖像處理;MATLAB;MIMICS
中圖分類號: TP319 ? ?文獻標識碼: A ? ?DOI:10.3969/j.issn.1003-6970.2019.06.011
本文著錄格式:董默,周鴻鎖,趙若晗,等. 基于MATLAB和MIMICS聯合應用下的醫學圖像處理方法研究[J]. 軟件,2019,40(6):4952
【Abstract】: With the rapid development of computer technology, more and more software is used in medicine. Especially in the development of imaging medicine, computer image processing technology directly restricts the development of imaging science. At present, the images of CT, MRI and nuclear medical imaging equipment are processed by their own platform software, which makes the main processing methods of medical images binding to large-scale equipment,and it is not convenient. Reasonable combination of MATLAB and MIMIMICS software involved in this paper, combined with the advantages of the two software, provides a new method for medical image processing, and also provides a new way for imaging doctors to expand the skills of medical image post-processing and improve the level of medical image diagnosis.
【Key words】: Medical image processing; MATLAB; MIMICS
0 ?引言
隨著計算機技術的高速發展,越來越多的軟件應用于醫學當中,尤其在影像醫學的發展中,計算機對圖像的處理技術直接制約著影像學科的發展。醫學圖像處理技術在醫學影像技術及醫學影像診斷領域已成為十分重要的圖像處理手段,是衡量影像技術及影像診斷人員醫療水平的重要標志。許多醫院的CT、MRI及核醫學成像設備多正在配備專門的圖像后處理人員,其他影像科醫生也正在不斷學習,拓展醫學圖像后處理的技能,提高其醫學影像診斷水平[7]。
目前CT、MRI及核醫學成像設備圖像均由其自帶的平臺軟件來處理。主要的醫學影像設備制造商的工作站都安裝有功能強大的醫學影像分析與后處理軟件。雖然CT、MRI等圖像均由其自帶的平臺軟件來處理,他們具有專業性強、功能強大、圖像清晰等優點,但同時也具有如下的缺點[1]:
1. 醫學圖像的處理與閱讀不夠便捷,醫學圖像處理任務只能在特定設備旁進行,無法隨時隨地的進行圖像的深層次處理,圖像格式被限定為醫學專用格式DICOM,一般電腦不能閱讀此圖像。操作過于繁瑣;
2. 操作人員局限性,影像科室的圖像處理技術必須由專業的影像技師或者有經驗的醫師完成操作,相對比較麻煩,導致醫生工作量增加;
3. 不利于多種影像設備配合使用,隨著影像技術不斷發展多種影像設備相配合進行診斷方式越來越多,即圖像融合技術的應用,目前與設備綁定的圖像處理方式無法實現這一目標。由于現有軟件平臺針對的是特定的數據來源或配套的醫療設備進行開發。不利于學生學習實踐;
4. 應用不廣泛,目前隨大型設備綁定的軟件平臺專業性太強,通用性不足。對于初學者來說,現有平臺使用不便,學習成本太高,不但不利于專業人員使用,更不利于醫學院校影像專業學生的專業學習和在醫學領域的普遍使用。盡管一些專業的軟件開發公司研發了一些功能強大的醫學影像處理與分析綜合平臺,但都需要配套醫療設備或特殊硬件才能運行,價格昂貴,不利于普遍使用,由于醫學影像數據本身的復雜性,使得現有軟件平臺的專業性太強,通用性不足,使用不便。
綜上所述,合理的利用市場中高性能便捷式的軟件,以解除與醫療器械綁定的等不利因素是本文研究的主要內容。目前在醫學影像領域中針對影像后處理技術中使用較多的當屬Materialise公司的醫學影像控制系統MIMICS,以及Mathworks公司的MATLAB,這兩款軟件也是目前在高校中使用較多醫學影像后處理軟件。下文將重點介紹如何結合兩種軟件完成醫學圖像處理工作。
1 ?醫學圖像處理軟件介紹
1.1 ?MATLAB圖像處理模塊
MATLAB是MATrixLABoratory的縮寫,表示矩陣實驗室,最早是由美國MathWorks 公司推出的用于數值計算和圖形處理的科學計算系統環,是集圖像處理、數據可視化處理、數值分析計算、建模仿真于一體的高級技術計算語言和人機交互式環境[9]。在這套環境下,用戶可以集成地進行程序設計、數值計算、圖形繪制、輸入輸出等各項操作。MATLAB應用于多學科,也包含今天文中所涉及的圖像處理,MATLAB在圖像處理方面有其獨特的優勢:
1. 圖像處理運算豐富;
2. 支持專用的醫學圖像格式;
3. 自帶GUI系統,可以設計出美觀的方便用戶使用的操作界面。
MATLAB迄今已經發展了近30年,已經是十分成熟的軟件,關于其強大的優勢此處不再贅述,但相對其他專業的醫學圖像處理軟件它也有其劣勢,如需要有專業的編程技巧完成相關的處理手段,這對非計算機專業的醫師有著很大的困難,除此之外,MATLAB在圖像三維重建方面不如當今發展較快的其他軟件,如MIMICS等。
1.2 ?MIMICS逆向工程軟件
MIMICS軟件是比利時Materialise公司推出的一套高度整合、快捷易用的醫學圖像處理和可視化商用軟件。它可以快速導入CT、MRI等斷層序列圖像數據,對序列圖像進行基于閾值和形態學算法的組織分割、執行面繪制為主的三維重建以及大規模數據的轉換處理[5]。
MIMICS的主要功能有:
1. 圖像導入轉換
2. 圖像分割
3. 圖像可視化
4. 圖像配準
5. 圖像測量
6. 有限元前處理
7. 手術模擬
MIMICS相對比MATLAB它不需計算機語言的支持,并且可以調用MATLAB程序語言,這讓很多非計算機專業的人員使用十分方便。在使用過程中,用戶可以發現MIMICS在圖像分割、三維重建、配準等三維圖像領域有著更多的應用,而針對圖像的增強、濾波、銳化等等圖像基礎處理功能卻沒有具體的處理手段,相對比MATLAB數百種之多的圖像處理功能顯得略有不足。
因此,在當今的非綁定設備的圖像處理軟件當中,筆者認為如果能充分的結合上述兩種軟件的優勢,取長補短,必將更好的完成醫學圖像處理工作。下文將具體介紹結合兩種軟件方法的醫學圖像處理實例。
2 ?基于MATLAB和MIMICS聯合應用下的醫學圖像處理實例
本文所設計的基于MATLAB和MIMICS聯合應用下的醫學圖像處理采用了如圖1所示的進程完成。其中MATLAB部分所做的處理完全取決于不同部位的醫學圖像特點來進行,比如軟組織與骨骼密度不同[3],采用的處理手段也不同,諸如平滑去噪,邊緣提取等也是根據不同圖像的特點視情況而定。
2.1 ?MATLAB圖像處理實際效果
1. 平滑去噪處理
由于成像設備中各種電子器件的隨機擾動和周圍的環境噪聲,獲取的圖像中難免會遭
受噪聲污染,因此使用MATLAB所提供的中值濾波、均值濾波方式加入高斯和椒鹽噪聲完成測試,對實際的醫學圖像進行處理,本實驗中對頭部醫學圖像的處理可以看出使用中值濾波效果較好,具體結果如圖2所示。
2. 銳化處理
圖像在傳輸和轉換過程中,通常質量都要降低,除了噪聲因素外,圖像一般都要變得模糊。通過圖像銳化的作用就是補償圖像的輪廓,使圖像比較清晰。本文中使用了Laplacian算子進行了銳化操作,但是實際的效果并不理想,這也進一步證明了在進行醫學圖像處理的過程中,使用MATLAB操作圖像時并不是通用的批量處理,需要分析原始圖像的特點進行后續操作,通過銳化后的處理結果如圖2.3所示。
3. 邊緣檢測提取
提取邊緣是醫學圖像處理常用的操作,只有提取出邊緣輪廓,將目標和背景區分開來,才能實現后續的分割及重建。筆者將分別運用 Canny 算子、Roberts 算子、Sobel 算子、Prewitt 算子、Laplacian of Gaussian算子五種邊緣檢測方法進行實際操作,可以看出Canny算子的實際處理效果更好。如圖4所示。
2.2 ?MIMICS圖像處理實際效果
將上文中通過MATLAB處理好的系列圖片導入的MIMICS軟件當中,如圖5所示。
按順序依次完成閾值分割(閾值選擇270)→區域增長→三維模型重建。重建效果如圖6所示。后續可以使用MIMICS進一步完成重建修補工作,本文沒有再詳述。
3 ?總結
通過上文的介紹可以得知,在充分利用MATLAB和MIMICS兩個軟件的情況下,筆者完成了從大型設備上獲取的醫學圖像→基本的圖像處理操作(MATLAB提供)→醫學圖像分割及三維重建(MIMICS提供)的完整流程,這種聯合應用兩種軟件的方式具有以下優點:
1. 完全脫離的大型醫療設備的綁定圖像處理的弊端,使得圖像處理工作可以輕型化,便捷化;
2. 充分利用了兩種軟件的優勢,MATLAB處理手段豐富,MIMICS軟件操作簡便三維重建能力強,保證完成甚至超越了大型設備自帶的圖像后處理軟件的處理水平;
3. 圖像處理方法相對簡單,為影像科室醫師和技師在學習提高圖像后處理技能提供了更好的方法和思路。
再接下來的研究中,筆者將繼續針對MIMICS軟件調用MATLAB程序相關問題進行深入研究,為解決醫學圖像處理問題提供新的思路。
參考文獻
[1] 閆秋孟, 董默等. 基于MATLAB的醫學圖像處理系統設計與應用[J]. 軟件, 2017, 38(2): 51-55.
[2] 田沄. 醫學圖像三維可視化關鍵技術研究. 西北工業大學學報. 2006(3), 26-27.
[3] 黃信新, 王秀媛.實時圖象輪廓抽取算法研究. 計算機應用, 2001, 2(3): 46-50.
[4] 姚富光.醫用 X-CT 圖像三維重建技術研究. 碩士學位論文. 重慶: 重慶大學, 2004.
[5] 鞏磊. 基于 RP/RE 面頜修復技術及其加工工藝的研究. 碩士學位論文. 蘇州: 蘇州大學, 2007.
[6] 陳廣新等. 股骨3D模型構建在股骨頭置換手術中的應用研究[J]. 軟件, 2017, 38(12): 75-80.
[7] 聶東升、邱劍鋒、鄭建立. 醫學圖像處理[M]. 上海: 復旦大學出版社, 2014.
[8] 高向軍, 田聯房, 王立非等. 利用MATLAB實現醫學圖像處理與分析[J]. 計算機應用, 2008, 25(6): 1.
[9] 董默, 韓婷等. MATLAB在數字圖像處理中的應用[J]. 科技創新導報, 2016(12): 75/115.
[10] 董默, 趙若晗等. 醫學圖像三維重建系統設計與應用[J]. 軟件, 2018, 39(1): 87-90.
[11] 曾鋼燕. 基于腦部 CT 圖像三維重建可視化技術的研究與實現. 碩士學位論文. 合肥: 合肥工業大學. 2005.