1954年1月,曹文軒生于江蘇鹽城龍港村,他童年的經濟狀況不太好,生活貧困,不過家中有一些書,后來他也經常去父親任校長的一所小學的小圖書室讀書。
1974年,被北京大學圖書館系錄取,后轉入中文系學習;畢業后他因成績優異被留校,卻悄悄回鄉在家待了一年才返北大任教。曹文軒為北京大學中文系教授和現當代文學博士生導師,當代文學教研室主任;教授課程:《中國當代文學》 《小說的藝術》《小說十家》 《思維論——對文學的哲學解釋 》《中國八十年代文學現象研究》《20世紀末中國文學現象研究》 《中國當代文學熱點分析》等。承擔國家教委八五科研項目“小說的藝術”和國家九五重點科研項目“二十世紀末中國文學現象研究”。
1993年10月至1995年4月應日本東京大學邀請任教。
1999年11月應日本國際交流基金會邀請,出席“中國電影 ”研討會并發言。
1999年12月應日本戲曲家協會邀請,出席“電影劇本創作”研討會并發言。
2000年3月,入選教育部“跨世紀優秀人才培養計劃(人文社會科學)”第三批。
2001年起,兼任中國作家協會魯迅文學院客座教授。
2005年,與洪子誠等合作完成的“中國當代文學專業課程建設和研究生培養”項目獲得高等教育國家級教學成果獎提名。