大麥黃矮病毒的生物信息學分析

劉艷莉　王艷芳　趙彥宏　柏新富　 劉林德

摘要：【目的】分析大麥黃矮病毒（BYDV）株系的生物學信息，為深入研究BYDV各株系的遺傳特性及防治提供參考。【方法】從NCBI數據庫搜索BYDV的全基因組序列，利用DNASTAR 7.1對其進行序列比對分析，并以MEGA 7.0構建BYDV系統發育進化樹。用CodonW分析BYDV的密碼子使用偏好性；運用NCBI中的E-Utilities工具搜索BYDV各株系的基因及蛋白，采用SWISS-MODEL預測BYDV蛋白的三級結構。【結果】BYDV各株系堿基序列相似性存在明顯差異，其中PAV株系組內核苷酸序列最低相似性最低，僅為77.9%，表明該株系全基因組序列變異較多。PAV、Ker-II、GAV和RPV株系存在堿基突變，均以C—T堿基突變數目最多，且堿基變異傾向于堿基轉換。BYDV各株系分為五大分支，其中分離地相近的株系或同一株系BYDV間親緣關系較近，來自法國克爾格倫群島的Ker-II株系與PAV株系親緣關系較近，來自美國的MAV株系與來自我國的GAV株系親緣關系較近，來自我國的GPV株系（NC-012931）與美國的RPV、RMV和RPS株系親緣關系較近。BYDV密碼子使用無明顯的偏好性。PAS、MAV和GAV株系的基因組中均包含7個基因，而PAV株系基因組包含8個基因。在BYDV各株系gp1～gp4蛋白中，gp4蛋白的三級結構保守性最強，而gp1蛋白的空間結構發生一定變異，正是不同BYDV株系的傳播媒介及對寄主植物侵染能力存在差異的原因。【結論】BYDV各株系普遍發生分子變異，但變異程度不同，以PAV株系變異程度最大；推測GPV和RMV株系隸屬于馬鈴薯卷葉病毒屬。

關鍵詞： 大麥黃矮病毒；株系；基因組序列；多序列比對；分子變異；親緣關系；密碼子偏好性

中圖分類號： S435.123 文獻標志碼：A 文……