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國內豬群中博卡病毒的感染現狀

2018-08-09 09:35:06徐國棟峰吳敏秋
中國豬業 2018年7期
關鍵詞:檢測

徐國棟 李 峰吳敏秋

(1天津市動物疫病預防控制中心,天津 300402;2碩騰 (上海)企業管理有限公司,上海 200050;3江蘇農牧科技職業學院,江蘇泰州 225300)

豬博卡病毒(Porcine Bocavirus,PBoV)是細小病毒科、細小病毒亞科、博卡病毒屬成員,最早于2009年在瑞典斷奶后多系統消耗仔豬綜合征患豬體內發現。截止到2017年,至少有11個國家的豬群感染了PBoV[1]。但到目前為止,受制于難以篩選到適合該病毒生長的細胞系等原因,對該病毒的研究進展仍較緩慢,且在病毒基因分型方面,尚無一種公認或標準的分型方法。國際病毒分類委員會(ICTV)根據PBoV NS1基因核苷酸同源性將已獲得的PBoV分為5個基因型(PBoV1~PBoV5)[1-3],郝飛等[3]則將 PBoV分為 7個基因表型(PBoV1-5、PBoLV、PPV4)。在 PBoV的 5個基因型中,PBoV1(最初因缺乏全基因序列而暫稱博卡樣病毒,PBoLV)發現于瑞典PMWS仔豬組織中;PBoV2(也稱豬細小病毒4型,PPV4)分離于美國患PCV2病豬肺泡灌洗液中;PBoV3、PBoV4(也稱6V和7V)分離于中國健康仔豬糞便中;PBoV5分離于中國香港患腹瀉仔豬糞便中[2,4-8]。在國內,系統調查豬群中PBoV感染率的文獻較少,本文旨在通過相關文獻的綜合分析,明確國內豬群中的PBoV感染概況,以對廣大研究者有所幫助。

1 方法

1.1 數據錄入方法

下載中國知網中關于核酸檢測國內豬群PBoV感染的調查文獻,剔除內容重復的文獻,按被檢樣品抽取年份依次在表格中錄入相關信息,包括:采樣時間(年份)、采樣地點、被檢豬群種類、被檢樣品種類、被檢樣品數量、樣品陽性率、調查者和引用文獻。其中凡能區分PBoV基因型的錄入基因型相關數據。

1.2 統計方法

用Microsoft Office Excel工作表對原始匯總表中數據進行以下統計:(1)引用數據的文獻篇數和摘錄的信息條目數量。(2)被檢樣品的4類屬性。分別對取樣時間、取樣地點、被檢豬群種類、被檢樣品種類進行頻次統計。(3)樣品陽性結果。分別對樣品相關屬性頻次、陽性率結果進行統計。

2 結果

2.1 匯總結果

匯總結果見表1,表中特殊符號的說明如下:(1)時間欄中:以采樣年份為時間節點,其中“*”指以投稿時間或論文發表時間為假定采樣時間。(2)地點欄中:以省份為采樣地點,其中Ad1包括京、冀、豫、魯、蘇、浙、滬、湘、鄂、贛、粵、桂、黔、新;Ad2包括皖、閩、桂、豫、鄂、蘇、贛、魯、滬、浙;Ad3包括鄂、湘、皖;Ad4包括豫、魯、遼;Ad5包括鄂、湘、豫;Ad6包括甘、青;Ad7包括京、津、冀;“?”表示所載地點不詳。(3)豬群欄中:“A”指文獻中未記載是否外觀正常的健康豬或病豬群。如被記載為豬或仔豬的豬群;“B”指混合了外觀健康或發病豬的豬群。如被記載為健康豬和發病豬的豬群;“C”指外觀健康的豬群。如被記載為屠宰豬、健康豬等的豬群;“D”指發生疾病的豬群。如被記載為腹瀉仔豬、發病豬、PMWS豬的豬群。(4)樣品欄中:“a”指組織或體液。包括脾、腎、心、肝、肺、淋巴結(除腸道淋巴結外)、血清、鼻分泌物、精液等;“b”指不能區分被檢樣品是否混合了組織或體液、腸道相關組織和糞便的病料;“c”指腸道相關組織及糞便;“d”指組織或體液、腸道相關組織和糞便的混合物病料;PBoV′/基因型中的PBoV′指不區分PBoV基因型的調查,以區別于本文中PBoV(豬博卡病毒)的本意。

2.2 信息條統計結果

表1中共引用了23篇文獻的相關數據,共錄入信息91條。調查者對樣品采用的檢測方法包括PCR、多重PCR、熒光(定量)PCR等,所擴增目的基因包括PBoV 的 VP1、NS1、ORF1和 VP1、VP1/2、VP3/4/5、部分或全部基因序列。

2.3 被檢樣品屬性統計結果

對于采樣年份(信息條頻次),統計頻次按時間順序排列如下:2001—2012年(1)、2006年(3)、2007年(2)、2008年 (2)、2009年 (12)、2010年 (14)、2010—2011年 (2)、2011年 (4)、2012年 (9)、2013年 (4)、2013—2014年 (14)、2014年 (4)、2014—2015年 (1)、2015年 (15)、2016年 (3)、2017年(1);對于采樣地點(采樣頻次),除4條信息所載地點不詳外,共有25個省(市)總頻次為252,按頻次降序排列如下:豫(26)、滬(25)、鄂(21)、蘇(18)、魯 (17)、浙 (16)、贛 (16)、桂 (14)、冀(13)、皖 (13)、湘 (13)、京 (11)、閩 (9)、粵 (8)、新 (7)、黔 (6)、津 (5)、? (4)、遼 (3)、川 (3)、吉(2)、滇 (2)、黑 (1)、渝 (1)、甘 (1)、青 (1)。樣品中PBoV或其基因型的屬性分布及陽性率統計結果見表2。被檢樣品采樣時間在2001—2017年間16個時間段中,頻次較高的為2009年、2010年、2012年、2013—2014年、2015年;25個省份中,頻次較高的有豫、滬、鄂、蘇、魯、浙、贛、桂等;91頻次的豬群種類中,外觀健康豬群和發病豬群頻次較高,其信息條數分別為48、25,其樣品陽性率分別為39.62%(800/2 019)和22.81%(976/4 279),即發病豬群樣品陽性率高于外觀正常豬群;91頻次樣品種類中,組織或體液和腸道相關組織及糞便兩類樣品頻次較高,其信息條數分別為35、26,其樣品陽性率分別為14.96%(639/4 270)和42.24%(1 108/2 623),即組織或體液樣品陽性率低于腸道相關組織及糞便陽性率。

其中PBoV′樣品數為全部樣品總量的56.45%(4 988/8 837),其屬性中D和C豬群種類頻次較高,頻次比率分別為該類樣品頻次的61.29%(38/62)和35.48%(22/62);PBoV′樣品中a和c類頻次較高,頻次比率分別為該類樣品頻次的41.94%(26/62)和22.58%(14/62),可以認為PBoV′樣品這兩個屬性的頻次分布規律與總體樣品頻次分布規律一致。

2.4 樣品陽性率統計

從表1匯總統計得出:不同文獻調查結果的樣品陽性率結果范圍在0~88.98%;從表2統計的PBoV′或PBoV基因型的平均陽性率結果得出:PBoV3/4/5的平均陽性率(42.58%)最高,PBoV2的平均陽性率(12.16%)最低。

被檢樣品數量統計中,PBoV′、PBoV2相關樣品被檢測數量較多,分別占全部檢測樣品數量的56.45%(4 988/8 837)、14.43%(1 275/8 837)。

將PBoV′樣品陽性率的12個時間節點(因劉萌萌[7]調查結果時間跨度較大,故略去)中的陽性率匯總成表3,并繪制圖1,可以看出,2009年后豬群中PBoV′的陽性率呈逐漸升高趨勢,并在2016年達到高峰。

表2 樣品中PBoV或其基因型的屬性分布及陽性率統計

3 結論

當前,PBoV的分型尚無統一標準,這影響了該病毒病原學及其相關疾病的防治研究,鄭曉文[8]曾用系統進化關系將PBoV分為G1、G2和G3基因群組,利用單重實時熒光PCR對2013—2014年間的227份臨床樣品檢測發現:三個基因群組的陽性率分別為17.2%(39/227)、29.1% (66/227) 和 44.5% (101/227)。但更多調查者還是對豬群PBoV′或PBoV不同基因型感染狀態進行了調查,筆者在23篇以核酸檢測樣品的調查文獻中共收集到91條相關信息,自2001—2017年(16個時間),采樣地點至少源于25個省份(除晉、蒙、瓊、藏、陜、寧、港、澳外)中,樣品總體陽性率區間在0~88.98%,總體平均陽性率為24.39%(2 155/8 837),但因同一樣品可能被調查者檢測了不同基因型,因此豬群實際感染率應低于24.39%。

圖1 PBoV'樣品陽性率隨年份變化圖

在調查中,調查者更多采樣于豫、滬、鄂等省份;更關注于外觀健康豬群和發病豬群的感染狀態以及組織或體液、腸道相關組織及糞便中是否存在PBoV;更多地進行了PBoV′、PBoV2的檢測,而對其他基因型的檢測偏少,但存在多基因型共感染現象。

表3 PBoV′時間-樣品陽性率統計表

在調查中,樣品的不同屬性存在陽性率高低的差異,如取自發病豬群的樣品陽性率(39.62%)高于外觀健康豬群的樣品陽性率(22.81%),腸道相關組織及糞便樣品陽性率(42.24%)高于組織或體液樣品陽性率(14.96%)。2009年以后,國內豬群PBoV′感染已明顯呈逐年上升趨勢。

因豬PBoV感染可能與新生仔豬腹瀉、斷奶后多系統消耗綜合征等疾病相關,近年來業界尤為關注。在國內,不同調查者進行了連續16年的調查,但總體樣本量偏少,有的基因型檢測數量過少(如PBoV3、PBoV4、PBoV5),不能反映出國內豬群總體感染情況,期望有定期的、大范圍的橫斷面調查結果,以便于豬病防治。

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