橡膠樹HeveaDB基因組數據庫平臺完成測試

近日，“橡膠樹等主要熱帶作物功能基因組學研究”創新團隊負責搭建的橡膠樹HeveaDB基因組數據庫平臺（hevea.catas.cn）上線運行（圖1），并在國際橡膠研究與發展委員會（IRRDB）各成員國間開展測試工作。經過1個月的測試，數據庫平臺各項指標保持穩定，運行可靠，達到預期效果。

近些年來，隨著基因組測序技術的進步，已有4個國家（馬來西亞、泰國、中國和日本）獨立繪制并公開發表了橡膠樹基因組圖，其中以中國熱科院橡膠所完成的草圖版本質量最高。同時還產生了大量轉錄組數據，這些數據亟需一個整合的數據平臺來儲存、分發和共享，并進行二次挖掘利用。2017年在印尼雅加達召開的IRC2017國際橡膠會議上提出要搭建橡膠樹基因組數據中心的計劃。在IRRDB理事會上中國熱科院代表經過爭取，獲得了牽頭搭建橡膠樹基因組數據中心的任務，并由“橡膠樹等主要熱帶作物功能基因組學研究”創新團隊承擔開發工作。經過幾個月的努力，創新團隊成功搭建了橡膠樹基因組數據庫HeveaDB初期版本，并在2018年4月底在國內外開展試運行測試。

HeveaDB數據庫主要儲存了橡膠樹4個版本的基因組草圖、1個遺傳圖譜、142個轉錄組數據、49 235條EST序列、30 200個基因注釋、12個基因家族的信息，以及5 049個IRRDB 1981野生種質資源材料和18 328個魏克漢材料信息，并以中國熱科院橡膠所完成的熱研7-33-97品種的基因組數據為參考基因組，進行了二次挖掘和分析，進行可視化展示。主要特色功能有：基因組Gbrowse和Jbrowse可視化瀏覽、基因表達譜的heatmap展示和檢索、共表達網絡展示等。

在數據庫測試期間，項目開發成員還編寫了使用說明，并通過微信平臺進行宣傳，提高了數據庫的易用性。

經過1個月的試運行，HeveaDB數據庫訪問量達到一千六百余次，共有來自中國、馬來西亞、法國、巴西、日本、印度、越南、英國、印度尼西亞等十余個國家和地區的兩百多位獨立訪客點擊訪問了HeveaDB數據庫，并反饋了意見和建議。下一步，將根據建議在數據庫易用性、后基因組數據分析等方面進行二次開發和功能升級，并根據橡膠樹基因組研究進展及時更新數據內容。

HeveaDB數據庫由中國熱科院橡膠研究所程漢研究員牽頭搭建，相關工作得到了中國熱科院“橡膠樹等主要熱帶作物功能基因組學研究”創新團隊和像膠研究所基本業務費項目國際合作專項的資助。

（摘自中國熱科院橡膠研究所網，http：//www.catas.cn/index.html，2018-06-05）