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醫藥巨頭加快臨床試驗的數據分析

2017-11-28 17:26:41ClintBoulton沈建苗
IT經理世界 2017年22期

Clint+Boulton+沈建苗

首席數據官(CDO)Mark Ramsey在幫助這家制藥巨頭將數十年積累下來的數據轉化為藥物發現資產。

葛蘭素史克(GSK)在大數據方面懷有遠大夢想。通過利用數十年積累下來的臨床試驗數據,這家制藥巨頭旨在更迅速地將藥物投放市場。如果成功的話,它有望在這個因步伐緩慢而常常飽受詬病的行業占據優勢。

這是葛蘭素史克首席數據官(CDO)Mark Ramsey的主要目標和挑戰;他承認,GSK在利用數據方面動作遲緩的行業是個落后者。2015年GSK聘請Ramsey,便是希望扭轉這個頹勢。Ramsey說:“與金融服務、電信或零售等行業相比,制藥業在使用數據作為戰略資產方面沒有取得多大進展。”他在加盟GSK之前,在三星移動擔任過CDO,并在IBM效力18年期間擔任過幾個數據分析崗位。“我們的首要目標是如何更高效地開展臨床試驗,以加快藥物發現。”

并非只有各大制藥公司任由可能很豐富的數據閑置在龐大的孤島中。Gartner的一項調查顯示,許多公司在物色領導人,幫助從這些數據寶藏中發掘優勢和運營效率,預計到2019年底,90%的大公司會設有CDO。Gartner分析師Doug Laney認為,到2020年,50%的領先企業會設有戰略影響力和權威性與首席信息官(CIO)不相上下的CDO。CDO可以將其個人的優先事項與企業的優先事項結合起來,以此確立領導地位。這正是Ramsey所努力的方向。

以下是Ramsey如何致力于全面改變GSK的數據戰略。

奠定數據基礎

制藥公司(許多公司有數十年、甚至數百年的歷史)經常從臨床試驗收集和存儲海量數據。然而,大多數只是將這些數據用不同的數據庫存儲起來,每次臨床試驗后,積累的信息越來越多。Ramsey表示,GSK有300多年的歷史,它在2100多個孤島中存放著數PB級的此類數據,這些孤島有待制藥公司挖掘,以獲得寶貴的洞察力。

Ramsey來到GSK后評估了該公司的數據概況,迅速了解到數據分析技術并沒有在整個公司得到全面使用。相反,這項技術只是用于旨在將新藥投向市場的一次性臨床試驗。他從中看到了共享眾多試驗的數據的大好機會,但要是沒有一種全面的數據平臺:GSK大數據信息平臺,這就無從談起。

該平臺的基礎是一個Cloudera Hadoop數據湖,StreamSets公司的自動化機器人技術從成千上萬個作業系統中獲取數據后放入到該數據湖。隨后,GSK使用Trifacta軟件清理雜亂、復雜的數據集,并做成業務用戶有興趣分析的視圖。GSK還利用Tamr公司的機器學習軟件,將數據轉移到行業本體(Ontology),并利用AtScale軟件對數據進行虛擬化處理。業務用戶通過Zoomdata可視化軟件查看數據。該平臺中的其他工具還包括谷歌的TensorFlow、Tibco Spotfire和Anaconda等。Ramsey表示,各種技術整合起來,那樣它們可以共享數據,而這使臨床試驗更容易。

作為這個項目的一部分,該公司已在11個月內將大約12TB的結構化數據和近8PB的非結構化信息轉移到該平臺――這個速度對任何一家企業來說都很快,更不用說是制藥公司了。 Ramsey解釋:“盡管GSK已有300多年的歷史,但我們正盡量像一家初創公司那樣來運作。”

縮小數據發現窗口

GSK大數據信息平臺已經獲得了成效,縮短了為臨床試驗篩選數據的時間。過去研究人員要花一年的時間來分析臨床試驗,從而找出血液類型與呼吸藥物療效之間的關系,現在卻只需要短短30分鐘。Ramsey說:“這給研究人員的工作效率帶來了巨大的影響。”

Ramsey表示,GSK最近還與英國生物樣本庫(UK Biobank)簽署了一項合作協議,利用其平臺為500000名患者開展外顯子組測序(Exome Sequencing),幫助研究人員分析與這些特點有關的DNA特性。Ramsey說:“這與研發過程有關,所以帶來了巨大的價值。”GSK希望用其平臺開展的計算機模擬將幫助該公司將藥物發現周期從五年或七年縮短至兩年。

Ramsey為力求做好數據分析工作的公司提供建議。

進行整體評估:你先要了解數據在哪里、是什么樣的數據、如何使用數據。Ramsey加入GSK后,發現IT部門對數據毫無頭緒。于是他讓IT團隊構建了一項數據搜索技術,找到研發部門的每個數據源。一旦你對數據環境進行了評估,就可以設立一個支持那些任務的數據分析團隊,并開始考慮建立獲取、處理和分析數據的平臺。

先對數據運用分析技術:許多公司常常忽略仔細呈現用于分析的數據,就是由于它們一門心思想解決業務問題。Ramsey鼓勵同行專注于數據篩選,并利用市面上的機器學習工具了解你擁有的數據。他說:“確保將大數據工具運用于數據本身,讓這成為現實。只有篩選數據,并將篩選過的數據提供給業務用戶,才可以開始創造價值。”

獲得業務部門的支持:Ramsey表示,獲得公司高層的認可至關重要,他的直屬上司是GSK的研發部門總裁。他說:“擁有一種出色的平臺只完成了一半;你要有挑戰極限,而且想要改變決策方式,從而為公司提升價值的高層。”endprint

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