紫蘇密碼子偏好性分析及fad3基因的異源表達預測

張天緣，沈 奇，宋 莉*

(1.貴州大學 生命科學學院/農業生物工程研究院，貴州 貴陽 550025；2.貴州省油菜研究所，貴州 貴陽 550008)

*通訊作者：宋 莉(1971-)，女，博士，副教授，主要研究方向：植物基因工程研究；Email：lpsssl@126.com。

紫蘇密碼子偏好性分析及fad3基因的異源表達預測

張天緣1，沈 奇2，宋 莉1*

(1.貴州大學 生命科學學院/農業生物工程研究院，貴州 貴陽 550025；2.貴州省油菜研究所，貴州 貴陽 550008)

紫蘇α-亞麻酸(ALA)含量極高，其合成相關基因偏好性及異源表達宿主的闡明，是揭示紫蘇不飽和脂肪酸調控機制及表達生產的重要前提。本研究從密碼子特性、有效密碼子數、相對使用度、最優密碼子、堿基相關性、奇偶偏好性及異源表達特性等方面，對不同形成時期的紫蘇種子轉錄組序列進行密碼子偏好性分析，并對篩選出的pfFAD3s基因進行三種微生物異源表達預測分析比較。結果表明：紫蘇轉錄核酸序列中的GC含量為45.85%，大部分基因密碼子偏好性相對較弱，其蛋白編碼基因密碼子偏好以A/T結尾；pfFAD3s基因異源表達的適宜微生物宿主為釀酒酵母。分析結果為進一步研究紫蘇ALA合成的分子調控奠定了基礎，并為其微生物基因工程生產提供了一定依據。

紫蘇；密碼子偏好性；異源表達

不同生物的蛋白質編碼基因對簡并密碼子使用頻率不相同，構成了物種特異的密碼子偏好性[1]。密碼子偏好性除了受自然選擇[2]和壓力突變[3]影響之外，還受mRNA二級結構、基因長度、G+C含量、蛋白結構[4-7]等因素影響。密碼子偏好性是影響基因異源表達的重要因素?！?br>