軍事藥學(xué)專(zhuān)業(yè)《計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)》實(shí)踐教學(xué)探索

董國(guó)強(qiáng)

(第二軍醫(yī)大學(xué) 藥學(xué)院，上海 200433)

軍事藥學(xué)專(zhuān)業(yè)《計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)》實(shí)踐教學(xué)探索

董國(guó)強(qiáng)

(第二軍醫(yī)大學(xué) 藥學(xué)院，上海 200433)

計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)是現(xiàn)代新藥創(chuàng)制的前沿學(xué)科，也是培養(yǎng)"戰(zhàn)學(xué)研用"全面綜合性軍事藥學(xué)人才的重要組成部分。本文從教學(xué)平臺(tái)建設(shè)、教學(xué)內(nèi)容、教學(xué)方法和課程考核四個(gè)方面對(duì)計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)實(shí)踐教學(xué)進(jìn)行了探索和總結(jié)。

軍事藥學(xué);計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì);實(shí)踐教學(xué);教學(xué)改革

軍事藥學(xué)是關(guān)于防治特種及常規(guī)武器傷和防治軍隊(duì)特殊環(huán)境引發(fā)疾病所用藥物的研究、生產(chǎn)、儲(chǔ)運(yùn)、供應(yīng)和使用的科學(xué)[1]。我軍在《“十二五”軍隊(duì)重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域指南》中明確新增軍事藥學(xué)學(xué)科，確定學(xué)科建設(shè)方向及內(nèi)涵為軍隊(duì)特需藥品創(chuàng)制關(guān)鍵技術(shù)及指標(biāo)體系、多樣化軍事任務(wù)中藥材保障模式和方法。秦伯益院士則從面向戰(zhàn)爭(zhēng)、服務(wù)和平、軍民兩用等多個(gè)角度闡述了軍事藥學(xué)的重要作用，同時(shí)基于軍事科技發(fā)展以及未來(lái)戰(zhàn)爭(zhēng)的需要，提出重視軍事藥學(xué)的發(fā)展，提升藥品保障和軍特藥研發(fā)能力[2]。其中，創(chuàng)新藥物特別是軍特藥的研發(fā)是軍事藥學(xué)專(zhuān)業(yè)人才培養(yǎng)的重要任務(wù)。

近年來(lái)，計(jì)算機(jī)科學(xué)取得長(zhǎng)足的進(jìn)步，計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)(computer-aided drug design, CADD)方法呈現(xiàn)出突飛猛進(jìn)的發(fā)展趨勢(shì)，已經(jīng)成為藥物發(fā)現(xiàn)的重要手段，許多用計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的藥物相繼上市或進(jìn)入臨床研究。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)是以計(jì)算機(jī)為載體，綜合運(yùn)用物理、數(shù)學(xué)、化學(xué)、生物等多學(xué)科的基本原理，對(duì)藥物研發(fā)的各個(gè)階段進(jìn)行輔助詮釋?zhuān)瑢?duì)藥物小分子進(jìn)行設(shè)計(jì)和預(yù)測(cè)的新興交叉學(xué)科。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)誕生于20世紀(jì)60年代，20世紀(jì)90年代才得以迅猛發(fā)展。尤其是近10年，計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)發(fā)展極為迅速，應(yīng)用各種理論計(jì)算方法和分子模擬技術(shù)進(jìn)行計(jì)算機(jī)模擬藥物設(shè)計(jì)，已成為國(guó)際上十分活躍的研究領(lǐng)域。各大制藥公司紛紛投資建立各自的計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)室，運(yùn)用計(jì)算機(jī)進(jìn)行理論研究和藥物分子設(shè)計(jì)以帶動(dòng)新藥開(kāi)發(fā)[3]。如今計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)方法能夠有效加速新藥研究與開(kāi)發(fā)的進(jìn)程，研究藥物代謝和動(dòng)力學(xué)性質(zhì)，已經(jīng)成為廣大藥學(xué)和生命科學(xué)研究者普遍認(rèn)同的觀點(diǎn)。基于此點(diǎn)共識(shí)，許多著名高校例如中國(guó)藥科大學(xué)、山東大學(xué)、華東理工大學(xué)等都已經(jīng)建立自己的計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)教學(xué)平臺(tái)，或者在《藥物化學(xué)》授課中增加計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)實(shí)踐教學(xué)，或者單獨(dú)開(kāi)設(shè)計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)課程，進(jìn)行理論與實(shí)踐相結(jié)合的模式開(kāi)展教學(xué)[4]。第二軍醫(yī)大學(xué)藥學(xué)院是國(guó)內(nèi)首批兩個(gè)軍事藥學(xué)軍事重點(diǎn)學(xué)科承建單位之一[5]，為了適應(yīng)新時(shí)期軍事斗爭(zhēng)衛(wèi)生勤務(wù)保障需要，培養(yǎng)"戰(zhàn)學(xué)研用"全面綜合性軍事藥學(xué)人才，從2012年開(kāi)始陸續(xù)設(shè)置多門(mén)特色課程，《計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)》即是其中之一，作為我校軍事藥學(xué)本科專(zhuān)業(yè)選修課程。第二軍醫(yī)大學(xué)藥學(xué)院藥物化學(xué)教研室是國(guó)內(nèi)最早開(kāi)展計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)相關(guān)研究的科室，迄今已有20多年歷史。相關(guān)研究在J. Med. Chem.等著名期刊發(fā)表多篇高水平論文。長(zhǎng)期以來(lái)，《計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)》主要作為藥物化學(xué)研究生培養(yǎng)的必修課程，面向本科生開(kāi)展實(shí)踐教學(xué)尚屬首次。

1 教學(xué)平臺(tái)建設(shè)

2010年教研室引入擁有16個(gè)刀片組，128個(gè)CPU的戴爾高性能計(jì)算機(jī)集群。2014年，在學(xué)校教學(xué)平臺(tái)建設(shè)支持下購(gòu)進(jìn)20臺(tái)聯(lián)想電腦，構(gòu)成服務(wù)器--終端一體化集群系統(tǒng)，為計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的相關(guān)教學(xué)提供了強(qiáng)有力的硬件基礎(chǔ)。本教研室在國(guó)家和地方各類(lèi)基金支持下購(gòu)買(mǎi)了各類(lèi)分子模擬軟件包，包括Discovery Studio 3.0、SYBYL-X 1.2、GOLD、MVD、Amber，這些軟件不僅應(yīng)用于科學(xué)研究還用于本科生和研究生培養(yǎng)，為相關(guān)教學(xué)提供了堅(jiān)實(shí)的軟件基礎(chǔ)。

2 教學(xué)內(nèi)容

本課程教學(xué)時(shí)數(shù)不多，總計(jì)18學(xué)時(shí)。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)理論知識(shí)涉及到量子力學(xué)和高等數(shù)學(xué)等難以理解的內(nèi)容，單純的理論學(xué)習(xí)會(huì)令學(xué)生學(xué)習(xí)極為枯燥，產(chǎn)生厭學(xué)情緒。針對(duì)這一問(wèn)題，在前期課程調(diào)研中我們通過(guò)調(diào)研資料和參觀學(xué)習(xí)兄弟院校相同課程教學(xué)模式，結(jié)合本教研室多年來(lái)在計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)教學(xué)和科研中積累的經(jīng)驗(yàn)，制定了相應(yīng)教學(xué)內(nèi)容：(1)壓縮純理論授課。理論課2學(xué)時(shí)，采用陳凱先院士的《計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)--原理、方法及應(yīng)用》和魏冬青教授的《計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)》作為理論授課的主講教材，課堂上舍去晦澀難懂的純理論部分，主要介紹計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)基本概念和基本思想，基于受體藥物設(shè)計(jì)方法和基于配體藥物設(shè)計(jì)方法；(2)提高實(shí)踐課比例，以實(shí)踐教學(xué)為主。實(shí)踐課16學(xué)時(shí)，實(shí)踐教學(xué)采取上機(jī)操作邊講邊練的授課模式，主要借助市面上主流的兩大綜合性藥物設(shè)計(jì)軟件Discovery Studio 3.0和SYBYL-X 1.2，開(kāi)展小分子構(gòu)建、蛋白模建、分子對(duì)接、藥效團(tuán)構(gòu)建、分子動(dòng)力學(xué)模擬、3D-QSAR和ADME/T預(yù)測(cè)。通過(guò)具體的典型成功案例，由簡(jiǎn)到繁，由易到難逐步將計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的知識(shí)和運(yùn)用教授學(xué)員。

3 教學(xué)方法

雖然計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)已經(jīng)獲得人們的認(rèn)可，多所高校也已開(kāi)設(shè)計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)課程，但是對(duì)計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)本科課程教學(xué)模式來(lái)說(shuō)，仍存在一些問(wèn)題需要解決：(1)教學(xué)模式比較單一。教學(xué)過(guò)程中多采用老師演示，學(xué)生重復(fù)的單調(diào)教學(xué)手段，學(xué)生在學(xué)習(xí)的過(guò)程中只是對(duì)老師上一步操作的簡(jiǎn)單重復(fù)，缺少自主探索思考的過(guò)程。(2)前沿知識(shí)了解不夠。缺少對(duì)新技術(shù)、新方法和新文獻(xiàn)內(nèi)容的學(xué)習(xí)，造成學(xué)到知識(shí)陳舊的缺陷，與日后的工作和研究生學(xué)習(xí)產(chǎn)生脫節(jié)。(3)與軍事斗爭(zhēng)需求相脫節(jié)，不利于軍事藥學(xué)專(zhuān)業(yè)人才培養(yǎng)。針對(duì)這些問(wèn)題，本課程教學(xué)引入項(xiàng)目式教學(xué)方法。項(xiàng)目式教學(xué)法是由老師指導(dǎo)，由學(xué)生參與進(jìn)行信息收集、方案設(shè)計(jì)、實(shí)施和評(píng)價(jià)的新型教學(xué)方法。整個(gè)項(xiàng)目由學(xué)生自己負(fù)責(zé)，以學(xué)生為主體、項(xiàng)目為主線實(shí)施開(kāi)展，老師負(fù)責(zé)指導(dǎo)和引導(dǎo)，從而將理論知識(shí)與實(shí)踐應(yīng)用直接對(duì)接，提高學(xué)習(xí)效率[6]。在實(shí)際教學(xué)過(guò)程中通過(guò)優(yōu)化教學(xué)內(nèi)容，強(qiáng)化軍事特色，將教學(xué)重點(diǎn)放在藥效團(tuán)構(gòu)建、大分子同源模建、3D-QSAR和分子對(duì)接四大塊內(nèi)容。增加軍隊(duì)特需藥物研發(fā)實(shí)例，如神經(jīng)毒劑防治藥物、抗真菌藥物、抗疲勞藥物、鎮(zhèn)痛藥物和瘧疾防治藥物等。按學(xué)生自愿分成4個(gè)小組(每組5人)，通過(guò)內(nèi)容整合形成四個(gè)項(xiàng)目，要求學(xué)生圍繞項(xiàng)目進(jìn)行文獻(xiàn)查閱和課題開(kāi)展，在項(xiàng)目進(jìn)行中遇到的困難，要求教師不能直接予以解答，而是給予相關(guān)提示，調(diào)動(dòng)學(xué)生思考問(wèn)題和解決問(wèn)題的能力。最后在項(xiàng)目實(shí)施最終階段，以小組為單位撰寫(xiě)研究報(bào)告，進(jìn)行課題答辯。

4 課程考核

改變傳統(tǒng)教學(xué)成績(jī)?cè)u(píng)價(jià)中一考定全局的評(píng)價(jià)模式，將以往以記憶力測(cè)試為主的知識(shí)性考核向以實(shí)踐運(yùn)用考核為主的能力和素質(zhì)測(cè)試轉(zhuǎn)變。本課程采用多元化的考核評(píng)價(jià)方式，總成績(jī)由三部分組成：平時(shí)成績(jī)(20%)，包括學(xué)員課前預(yù)習(xí)、課堂提問(wèn)等環(huán)節(jié)；期末上機(jī)考核(40%)，針對(duì)四大重點(diǎn)內(nèi)容，設(shè)計(jì)真實(shí)案例真實(shí)藥物數(shù)據(jù)，要求學(xué)員在2個(gè)學(xué)時(shí)內(nèi)通過(guò)上機(jī)操作完成考核內(nèi)容；項(xiàng)目答辯(40%)，針對(duì)項(xiàng)目研究成果，由每組學(xué)員選代表進(jìn)行答辯展示，成績(jī)由評(píng)審教員(5人)綜合成績(jī)確定。整個(gè)考核方式從學(xué)習(xí)知識(shí)掌握知識(shí)的實(shí)際出發(fā)，將考核重點(diǎn)從重理論到重應(yīng)用轉(zhuǎn)變。通過(guò)對(duì)2014級(jí)軍事藥學(xué)本科學(xué)員問(wèn)卷調(diào)查發(fā)現(xiàn)，共20名學(xué)員中17人(85%)認(rèn)為完全達(dá)到或基本達(dá)到預(yù)期學(xué)習(xí)效果，并希望后續(xù)仍然延續(xù)新的考核方式，3人(15%)表示不確定，基本學(xué)習(xí)效果受到學(xué)員的肯定。

5 結(jié)語(yǔ)

《計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)》實(shí)踐課程建設(shè)中，合理增加實(shí)踐課程安排，有效推進(jìn)項(xiàng)目式教學(xué)方法，強(qiáng)化軍事特色，增加軍隊(duì)特需藥品研發(fā)案例，將抽象的只是變得具體，重點(diǎn)突出，最后采用合適的多元化考核方式進(jìn)行學(xué)業(yè)評(píng)價(jià)，激發(fā)學(xué)生學(xué)習(xí)興趣、培養(yǎng)學(xué)生的創(chuàng)新能力。然而，這項(xiàng)教學(xué)工作仍需要不斷探索，不斷改進(jìn)和完善，以培養(yǎng)"戰(zhàn)學(xué)研用"全面綜合性軍事藥學(xué)人才。

[1] 萬(wàn)新良，陳志祥，劉 強(qiáng). 軍事藥學(xué)[M]． 北京: 中國(guó)醫(yī)藥科技出版社，2003．

[2] 秦伯益． 軍事藥學(xué)與現(xiàn)代化建設(shè)[J]． 人民軍醫(yī)藥學(xué)專(zhuān)刊，1997，13( 2) : 88-90．

[3] 徐筱杰，侯廷軍，喬學(xué)斌，等．計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)[M]．北京：化學(xué)工業(yè)出版社，2004．

[4] 李 煒，葉德泳，仇綴百，等．基于創(chuàng)新型人才培養(yǎng)的藥物設(shè)計(jì)學(xué)課程建設(shè)[J]．藥學(xué)教育，2011，27(1)：24-27．

[5] 施沅坤，王松俊．論建設(shè)軍事藥學(xué)學(xué)科的必要性[J]．軍事醫(yī)學(xué)，2015，39(1)：68 70．

[6] 冷淑君．關(guān)于項(xiàng)目教學(xué)法的探索與實(shí)踐[J]．江西教育科研，2007(7)：119-120.

PracticeofComputer-AidedDrugDesignCourseforMilitaryPharmacySpecialty

DongGuoqiang

(School of Pharmacy, Second Military Medical University,Shanghai 200433,China)

Computer-aided drug design (CADD) is considered as the frontier subject in modern drug discovery, which also serve as an important component of high-quality military pharmacy talent training. This paper introduced the practice on the course of CADD by focusing on the four aspects of construction of teaching platform, teaching content, teaching method and course assessment.

military pharmacy;computer-aided drug design; practical course;educational reform

2017-09-11

董國(guó)強(qiáng)(1986—)， 山東德州人，講師，研究方向：計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)和多靶點(diǎn)抗腫瘤藥物研究。

G642.0

A

1008-021X(2017)18-0180-02

(本文文獻(xiàn)格式董國(guó)強(qiáng).軍事藥學(xué)專(zhuān)業(yè)《計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)》實(shí)踐教學(xué)探索[J].山東化工，2017，46(18)：180-181.)