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賽福基因:治病從DNA開始

2016-11-17 08:04:18賀文
IT經理世界 2016年16期
關鍵詞:數據庫智慧檢測

賀文

以“眾籌智慧”的方式,快速積聚專家人才,讓基因數據分析這一完全依賴人和設備的技術服務,越來越自動化、智能化。

有沒有辦法將癌癥轉變為可控的慢性病?

“人類所有的疾病除了創傷以外都和遺傳基因相關,其實癌癥就是一種基因組疾病。”余偉師對美國國立衛生研究院(National Institutes ofHealth,NIH)院長弗朗西斯·柯林斯說過的這句話,一直記憶猶新,冥冥中他和同伴創業賽福基因也與這句話有關。

如何通過基因層面來防治癌癥?要通過基因檢測和與之相對應的解決方案。而現實的狀況是,中國目前還缺乏完整的數據庫,其次是生物信息分析和解讀時效低、成本高,此外基因檢測服務和臨床醫生之間存在斷層,有效溝通不足而導致檢測報告不容易被理解。基于這些痛點,賽福基因團隊決定放棄美國的工作,回國創業,他們的愿景是,結合生物信息學和分子醫學的技術去開發基因數據分析平臺,幫助醫生更精準地對疾病患者,尤其是癌癥病人的診斷分型與治療。

眾籌智慧

在創立賽福基因之前,余偉師在NIH下屬的最大機構——美國國家癌癥研究所從事博士后研究。那個時候關于基因測序“精準醫學”的計劃還沒有被美國總統奧巴馬正式提出來,他一直在思考一個問題:有沒有辦法讓這些研究基因數據的科研學者跟醫生合作把致癌的可控因素查出來,增強醫生對疾病診斷的準確率,提高癌癥治療的有效率,或者說把癌癥變成一種可控的慢性病。

幸運的是,期間余偉師遇到了志同道合的人。創業初期,5個同伴,有住紐約的,有住新澤西的,有住華盛頓的,有學生物信息學的,有研究分子醫學的,有學分子遺傳學的,還有在耶魯大學讀應用數學的博士、畢業后開始做基因數據分析的,大家利用周末電話會議湊在一起,頭腦風暴,討論如何整合不同專業的專家學者智慧、把基因組數據分析的流程制定出來。

余偉師本人有11年的基因和疾病相關領域的研究經驗,2013年開始創建這個團隊,2015年帶著團隊回國創業,其他的聯合創始人,比如,技術總監劉湘濤是耶魯大學應用數學博士,市場負責人賈洪濤是俄亥俄州立大學生物醫學博士,運營負責人梁萌萌是南加州大學病理生物學博士。

待到賽福基因回國創業時,已經是整合了64位美國博士專家的團隊,通過兩年時間構建了與基因有關的三大數據庫網絡——疾病、基因、藥物之間的關聯,其中包括11000多種疾病相關的基因與基因突變位點信息;通過數據庫的整合,構建自動化、智能化的基因數據分析平臺;同時他們也注意嚴格把控數據的安全性,將數據端、分析端和應用端隔離,從源頭杜絕數據的安全問題。

在這個過程中,伴隨著基因數據量的增加,團隊如何解決專業分析與解讀的速度問題?“雖然說我們單個樣本分析能保證時效,如果大量的樣本數據未了怎么辦?我們從有這些想法起就開始以‘眾智的理念,眾籌智慧,吸收更多的專家學者參與進來。”余偉師介紹,回國后,團隊專家一部分全職在北京,另一部分在海外以“顧問”的形式為賽福基因提供智慧支持。

其中是否涉及學術專利的問題?余偉師說,團隊對此相當謹慎。一方面,這些顧問在貢獻自己的知識智慧時,并不占用其所在機構的資源,比如他原來做基因組分析是用老鼠做樣本,在賽福基因的顧問服務則是將這些分析原理運用到人體樣本上;另一方面,針對疾病和癌癥,他們會利用一些公開的文獻數據庫,整合一些有價值的信息、以建立賽福基因的相關數據庫,這也是“顧問”能夠貢獻智慧的;再者,賽福基因在美國也有自己的專業律師顧問,從一開始就對這些風險進行把控。

“人”,以平臺的形式、共享經濟的方式聚攏這些基因數據分析領域的專業人才,是賽福基因的一大優勢。余偉師介紹,在全球范圍來看,基因檢測技術領域里專家級別的人才,主要集中在美國,而且培養的成本都很高。相較而言,生物信息學在中國是這幾年才興起來的,而且基因檢測某種程度上是“綜合性”學科,真正要做生物信息學的分析,至少得有數學、生物學兩方面的專業背景,甚至是將計算機技術一起結合使用。同時,在中國做生物信息分析的成本非常高,還沒有非常專業的遺傳咨詢師,時效性就降低了,而且要從美國聘請相關專家回國成本相當高。

搭建基因數據分析平臺

如何以“眾籌智慧”的方式,快速積聚專家人才?如何讓基因數據分析這一完全依賴人和設備的技術服務,能夠越來越自動化、智能化?這是基因檢測領域的玩家們都在思考的,在中國這個領域的先進入者如華大基因,創新團隊如賽福基因皆是。

賽福基因現在一方面在完善基因數據分析的相關數據庫建設,另一方面在推進自動化、智能化的基因數據分析平臺的IT化建設,最終要實現在平臺前端將客戶原始數據上傳,最后能夠看到相對簡單直接的數據解讀結果信息。

在余偉師他們的設想中,當整合了一定數量的專家博士做平臺級的服務,慢慢建立中國人自己的數據庫,結合自動化、智能化的基因數據分析平臺,賽福基因能更高效地與國內的醫院、科研機構、第三方檢測機構進行深度合作。

余偉師說,賽福基因專注于中國人基因組大數據在健康管理與疾病診療領域的產業化應用,希望建立中國人的基因數據庫,也希望打造出國際一流的基因數據分析平臺。

賽福基因一方面與之前醫院的合作項目不斷深入,比如北大腫瘤醫院,展開了多個項目的深度合作,在不同胃癌表型的臨床樣品中,挖掘潛在的與致病以及藥物敏感性相關的生物標志物,已經取得了很好的結果;另一方面,在過去的幾個月內,憑借賽福基因數據分析與個性化解讀的核心優勢,與國內外十余家三甲醫院,以及美國克利夫蘭醫學中心(Cleavland Clinic)、美國俄亥俄州立大學醫學院等建立了緊密合作關系,其中包含臨床產品推廣與臨床基礎研發,涉及腫瘤、心血管疾病、神經性疾病、糖尿病、自閉癥等多種疾病的臨床診斷與治療。此外,賽福基因已經與諾禾致源、藥明康德、云健康、海普諾斯、瑞奧康晨、百諾等第三方檢測機構建立合作關系,就其各自的需求提供數據分析或解讀服務。

相較于美國的基因檢測和抗癌藥物研發,以及癌癥臨床治療之間已經形成短期或中長期的互動關系,中國在這方面才剛剛起步。余偉師他們希望,賽福基因能夠將中國人基因組數據庫規模做到百人基因組、千人基因組、萬人基因組……把更多的基因組數據收集起來,再去結合臨床的實驗、新藥的研發,去推動精準醫療在中國的發展。關于數據共享與基因信息的保密機制,他們也樂意保持開放的態度與合作單位以及相關政府部門深入探討。

當然,時間是最大的成本。余偉師他們樂觀估計,這個過程至少需要五年以上的時間。

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