黃永祿,李佳萍,顧丹霞,林曉偉,呂火烊,張 嶸
采用基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜快速檢測產(chǎn)KPC大腸埃希菌ST131和ST405分型的研究
黃永祿1,李佳萍1,顧丹霞2,林曉偉2,呂火烊2,張 嶸1
目的 采用基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS)快速檢測產(chǎn)KPC大腸埃希菌ST131、ST405,并對該方法的可行性進(jìn)行評價(jià)。方法 收集浙江省人民醫(yī)院臨床分離46株大腸埃希菌,擴(kuò)增blaKPC耐藥基因,采用多位點(diǎn)序列分型方法(MLST)進(jìn)行分型。MALDI-TOF MS對大腸埃希菌進(jìn)行鑒定并對不同克隆的峰圖進(jìn)行主成分分析和算法統(tǒng)計(jì),獲得分型區(qū)分的特征峰。結(jié)果 46株KPC型大腸埃希菌均攜帶KPC-2耐藥基因,MLST方法檢測到2種ST型,分別為ST131和ST405。主成分分析圖顯示ST131和ST405可分為2簇,其中2株ST131和3株ST405分類錯(cuò)誤。ClinProTools軟件4種算法結(jié)果基本相似,方法特異度和靈敏度分別為93.27 %和97.92 %。用于區(qū)分ST131和ST405的特征峰主要為8 331.84、4 166.44、4 860.21和2 783.66 Da。這4個(gè)峰區(qū)分具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,有較高準(zhǔn)確性。結(jié)論 采用MALDI-TOF MS可快速區(qū)分產(chǎn)KPC大腸埃希菌ST131和ST405,具有操作簡單、耗時(shí)短、區(qū)分靈敏度和特異度高以及成本低等優(yōu)點(diǎn),能用于大腸埃希菌克隆分型研究。
基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜; 大腸埃希菌; 多位點(diǎn)序列分型; 質(zhì)譜分型; ST131; ST405
大腸埃希菌是社區(qū)和醫(yī)院感染的主要病原體,在2013年CHINET臨床分離菌株中排名第一,檢出率達(dá)19.86 %。自2008年中國杭州首次發(fā)現(xiàn)耐碳青霉烯大腸埃希菌后[1],世界各地均有報(bào)道[2-5],且發(fā)生率逐年增加。快速可靠地分辨耐碳青霉烯類大腸埃希菌不同克隆型對其傳播和流行病學(xué)監(jiān)測至關(guān)重要。目前,分型方法包括擴(kuò)增片段長度多態(tài)性分析(AFLP)、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA分析(RAPD)、脈沖場凝膠電泳(PFGE)以及多位點(diǎn)序列分析(MLST)等[6]。由于MLST具有重復(fù)性強(qiáng)、分辨率較高、所得數(shù)據(jù)可在全球范圍內(nèi)進(jìn)行交流的優(yōu)點(diǎn),成為目前分型最常用的方法[7-8],但該方法需要擴(kuò)增大腸埃希菌7對管家基因并進(jìn)行測序比對,存在實(shí)驗(yàn)操作繁瑣、耗時(shí)長、成本高等缺點(diǎn)[6]。
基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDITOF MS)除了在細(xì)菌鑒定上有強(qiáng)大優(yōu)勢以外[9-10],用于細(xì)菌耐藥和快速分型的研究也受到越來越多的關(guān)注,可用于快速鑒別耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(金葡菌)[11-12],檢測耐碳青霉烯酶腸桿菌科細(xì)菌[13-14],在快速分型上的應(yīng)用包括金葡菌CC分型[15],大腸埃希菌O157:H7的特征峰研究等。本實(shí)驗(yàn)采用MALDI-TOF MS對大腸埃希菌進(jìn)行快速分型,以期判斷質(zhì)譜用于快速分型的可靠性。
1.1材料
1.1.1菌株來源 46株大腸埃希菌臨床分離株收集自2011-2014年浙江省人民醫(yī)院,主要分離自尿液、痰液和分泌物標(biāo)本。
1.1.2試劑和儀器 三氟乙酸(TFA)、α-氰-4-羥基苯丙烯酸(CHCA)、色譜級乙腈、甲酸、無水乙醇(美國Sigma公司)。哥倫比亞血瓊脂平皿(杭州威晟生物科技公司)。Microflex LT MACDI-TOF MS儀(德國Bruker公司)。MALDI-TOF MS基質(zhì)(50 %乙腈加2.5 %三氟乙酸配制的飽和α-氰基-4-羥基肉桂酸溶液)實(shí)驗(yàn)室配制。
1.1.3統(tǒng)計(jì)軟件 FlexControl 3.0軟件,Biotype 3.0軟件,ChinProTool 3.0軟件(德國Bruker公司)。
1.2方法
1.2.1菌株培養(yǎng)和鑒定 將分離菌株轉(zhuǎn)種于哥倫比亞血平皿上,35 ℃孵育18~24 h,采用蛋白提取法處理后,采用MALDI-TOF MS進(jìn)行鑒定,重復(fù)3次。大腸埃希菌DH5α蛋白提取液作為校準(zhǔn)品,測定時(shí)用于儀器的校準(zhǔn)和陽性對照,具體步驟參照文獻(xiàn)[12],使用FlexControl 3.0軟件采集質(zhì)譜圖數(shù)據(jù),圖譜數(shù)據(jù)比對使用Biotyper 3.0軟件與標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,使用分值量化來判定結(jié)果,得分大于2.0可鑒定到種的水平,得分小于2.0而大于1.7可鑒定到屬的水平,得分小于1.7則表示無法給出可靠的鑒定結(jié)果。
1.2.2碳青霉烯類耐藥基因檢測 對大腸埃希菌碳青霉烯酶基因blaKPC進(jìn)行擴(kuò)增[16],PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分析,擴(kuò)增產(chǎn)物送上海生工生物技術(shù)有限公司測序,測序結(jié)果與GenBank上已知序列進(jìn)行比對分析。
1.2.3MLST PCR分別擴(kuò)增大腸埃希菌的7個(gè)管家基因(adk,fumC,gyrB,icd,mdh,purA,recA),引物序列和PCR擴(kuò)增條件參照文獻(xiàn)[16]。PCR產(chǎn)物經(jīng)測序后所得DNA序列與數(shù)據(jù)庫(http:// pubmlst.org)進(jìn)行比對,確定序列類型(ST型)。
1.2.4算法分析 采用Biotyper 3.0軟件將對比數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析,生成主成分分析(PCA)圖。采用ChinProTool 3.0軟件對各菌株峰圖進(jìn)行分組分析,實(shí)驗(yàn)步驟按照軟件自帶說明書操作。維持基本參數(shù)不變,將所有菌株分為2組(ST131組和ST405組),分別調(diào)入樣品數(shù)據(jù),采用遺傳算法(GA)、支持向量機(jī)算法(SVM)、監(jiān)督神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法(SNN)和快速分類算法(QC)對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析并建立相應(yīng)模型。模型中識別能力(recongnition capability)和交叉驗(yàn)證(cross validation)分別體現(xiàn)了該模型的靈敏度和特異度,對區(qū)分這2組的特征性峰進(jìn)行圖譜差異比較及分析,判斷質(zhì)譜能否用于大腸埃希菌分型。
2.1微生物鑒定、耐藥基因擴(kuò)增、MLST分型
MALDI-TOF MS 鑒定結(jié)果均為大腸埃希菌,得分均>2.000,準(zhǔn)確鑒定到種。46株大腸埃希菌均產(chǎn)KPC-2型碳青霉烯酶。46株KPC-2型大腸埃希菌中22株為ST131,24株為ST405。
2.2數(shù)據(jù)分析
2.2.1主成分分析 主成分分析顯示46株產(chǎn)KPC型大腸埃希菌大致分為兩簇,ST131(紅色)和ST405(綠色和藍(lán)色),其中2株ST131(編號為編號1,22)和3株ST405(編號為38,41,43)分類錯(cuò)誤。見圖1。
2.2.2ClinProTools軟件算法統(tǒng)計(jì) 通過GA、SVM、SNN和QC 4種算法的結(jié)果基本相似,其靈敏度均>90.00 %,其中GA算法得出的靈敏度最高為100 %,其次為SVM算法97.92 %,SNN算法95.83 %,QC算法的靈敏度相對較低,為93.75 %;特異度SVM算法最高93.27 %,GA算法90.64 %,其余2種算法的特異度一致,均為88.91 %,SVM算法是MALDI-TOF MS用于大腸埃希菌分型分析最合適算法。
2.2.3特征性峰數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) 采用ClinProTools對質(zhì)譜峰進(jìn)行統(tǒng)計(jì)顯示,峰104、42、57和18是用于區(qū)分ST131和ST405最為主要的特征性峰,圖2直觀顯示兩組菌株平均峰圖的主要特征峰差異,主要特征峰分別在8 331.84、4 166.44、4 860.21 和2 783.66 Da處。

圖1 ST131(紅色)和ST405(綠色和藍(lán)色)主成分分析圖Figure 1 Principal component analysis dendrogram of ST 131 (red) and ST405 (green and blue)

圖2 ST131(紅色)和ST405(綠色)特征峰比較圖Figure 2 Representative peaks of the average spectra of the ST131 (red) versus ST405 isolates (green). arb. u.,arbitrary units
Anderson-Darling檢驗(yàn)是正態(tài)性檢驗(yàn)的一種方法,可確定樣本所基于的總體是否呈非正態(tài)分布的單樣本假設(shè)檢驗(yàn)。其P值越接近0,則總體呈非正態(tài)性分布。這4個(gè)特征性峰的Anderson-Darling檢驗(yàn)的P值(PAD)均<0.05,見表1,這些峰呈非正態(tài)性分布,從而選用秩和檢驗(yàn)的P值(PWKW)來衡量這些特征性峰用于區(qū)分ST131和ST405組差異有無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)果顯示,這4個(gè)峰的PWKW值均<0.05,說明兩組菌株之間的這4個(gè)峰的差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。受試者工作特征曲線(ROC曲線)可以反映各個(gè)峰鑒別ST131和ST405組的靈敏度和特異度,ROC曲線繪制圖顯示,這4個(gè)特征性峰的曲線下面積(AUC)均>0.9,提示這些峰在鑒別ST131和ST405菌株時(shí)有較高準(zhǔn)確性。

表1 區(qū)分ST131和ST405特征性峰的峰值統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)Table 1 Data of the characteristic peaks which were used to distinguish ST131 from ST405
2008年,杭州地區(qū)首次發(fā)現(xiàn)產(chǎn)KPC大腸埃希菌[1]。2014年,MLST結(jié)果顯示杭州地區(qū)KPC-2大腸埃希菌主要ST型為ST131[17],還包括ST648、ST38、ST405等,與國際上關(guān)于產(chǎn)KPC大腸埃希菌的ST型報(bào)道一致[18-19]。ST131和ST405大腸埃希菌與高水平耐藥相關(guān),其中ST131是全球流行的多重耐藥克隆大腸埃希菌的主要ST型,易攜帶耐藥基因在不同菌株之間流行傳播;ST405是產(chǎn)KPC大腸埃希菌的另一種主要ST型,通常攜帶不同的CTX-M型耐藥基因,且與很多毒力因子相關(guān),目前證實(shí)已經(jīng)是高風(fēng)險(xiǎn)的流行克隆株[20]。MLST作為目前最常用分型方法,可用于細(xì)菌毒力株和耐藥株的追蹤,新的變異株引起的疾病流行鑒定與分子流行病學(xué)研究。MLST通過分析基因的核苷酸序列,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育圖,能推斷菌株間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,解決了多位點(diǎn)酶凝膠電泳(MLEE)等技術(shù)分析基因表達(dá)產(chǎn)物的缺陷,也解決了PFGE在各實(shí)驗(yàn)室相互比較困難的問題[6]。但它同樣具有局限性:MLST不適用于管家基因變異程度低或無變異的菌株;操作繁瑣,需要擴(kuò)增7對管家基因并進(jìn)行測序,耗時(shí)長,成本過高;對于分析含有大量基因組島、插入序列或缺少基因組詳細(xì)信息的菌株存在局限性。
已有報(bào)道認(rèn)為,MALDI-TOF MS用于分型研究具有強(qiáng)大潛力,對于常見人類致病菌如肺炎鏈球菌[21],質(zhì)譜得到肺炎鏈球菌區(qū)分其他鏈球菌的特征峰是2 944 Da,可直接應(yīng)用于臨床感染的判斷;質(zhì)譜顯示金葡菌CC分型中存在特征峰可以快速區(qū)分不同CC分型[15]。但質(zhì)譜用于分型研究中也同樣存在一些問題,如質(zhì)譜能快速區(qū)分沙門菌屬具體種但無法區(qū)分臨床相關(guān)血清型[22]。SPINALI等[23]認(rèn)為,質(zhì)譜在分型研究上還缺少系統(tǒng)的方法和指導(dǎo)原則,尤其是質(zhì)譜十分靈敏,培養(yǎng)條件以及操作條件都可能影響質(zhì)譜穩(wěn)定性。2014年,MATSUMURA等[24]研究了產(chǎn)ESBL大腸埃希菌ST131和ST405 區(qū)分的特征峰是9 720 Da,兩者區(qū)分靈敏度和特異度分別為94.0 %和92.7 %;而2015年,LAFOLIE等[25]對ST131大腸埃希菌與其他ST型區(qū)分,發(fā)現(xiàn)在9 713 Da和6 612 Da有其特征峰。本次實(shí)驗(yàn)對產(chǎn)KPC大腸埃希菌ST131 和ST405進(jìn)行區(qū)分得到的特征峰和文獻(xiàn)報(bào)道存在差異,可能的原因:①細(xì)菌培養(yǎng)基的選擇以及細(xì)菌的培養(yǎng)條件,這些因素可能會影響質(zhì)譜的峰圖[26];②細(xì)菌存在不同的耐藥和毒力基因,會導(dǎo)致質(zhì)譜圖譜存在差異,這也可能是主成分分析圖中存在5株細(xì)菌分類錯(cuò)誤的原因。
編碼碳青霉烯酶的基因多由質(zhì)粒介導(dǎo),耐藥基因隨質(zhì)粒轉(zhuǎn)移在不同菌種之間傳播,造成耐藥性的擴(kuò)散,快速可靠地鑒定并分辨細(xì)菌分型對細(xì)菌傳播研究和大規(guī)模流行病學(xué)監(jiān)測至關(guān)重要。本研究中,ClinProTools軟件對ST131和ST405兩組進(jìn)行分析得到3 239、4 166、4 860和8 332 Da是用于區(qū)分的最主要的4個(gè)特征性峰,這些峰的秩和檢驗(yàn)的P值均<0.05,同時(shí)ROC曲線的AUC均>0.9,說明這4個(gè)峰區(qū)分ST131和ST405有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,在鑒別ST131和ST405菌株時(shí)有較高準(zhǔn)確性。綜上所述,在本次研究中,采用MALDI-TOF MS對產(chǎn)KPC大腸埃希菌主要ST型ST131和ST405能夠快速區(qū)分,與MLST方法相比,具有操作簡單、耗時(shí)短、靈敏度和特異度高、成本低等優(yōu)點(diǎn),質(zhì)譜技術(shù)在細(xì)菌同源性分析上具有巨大潛力。
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Matrix-assisted laser desorption ionization - time of flight mass spectrometry for rapid typing of KPC-producing Escherichia coli ST131 and ST405
HUANG Yonglu,LI Jiaping,GU Danxia,LIN Xiaowei,Lü Huoyang,ZHANG Rong. (Clinical Laboratory Center,the Second Affiliated Hospital of Zhejiang University,Hangzhou 310009,China)
Objective To rapidly identify and detect KPC-producing Escherichia coli ST131 and ST405 groups by matrix-assisted laser desorption ionization - time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) method. Methods Forty-six E.coli isolates were collected from Zhejiang Provincial People’s Hospital. The blaKPCgene was amplified and multilocus sequence typing (MLST) was performed to analyze the molecular typing of these strains. All the strains were identified by using MALDI-TOF MS method. The resulting mass spectra were analyzed by principal component analysis and algorithm statistics to obtain the characteristic peaks. Results All the 46 E. coli isolates carried KPC-2 resistant gene. MLST showed two clonal groups of E. coli,ST131 and ST405. Principal component analysis diagram indicated the ST131 and ST405 groups were divided into two clusters,but two ST131 and three ST405 isolates were misclassified. The four standard algorithms in ClinProTools provided similar results in differentiating ST131 from ST405 isolates. The sensitivity and specificity were 93.27 % and 97.92 %,respectively. Four main characteristic peaks were 8 331.84,4 166.44,4 860.21 and 2 783.66 Da,which had statistical significance and high accuracy in differentiating the strains. Conclusions MALDI-TOF MS method has shown good performance in differentiating ST131 from ST405 clonal groups. It is simple to operate at low cost and short time with high sensitivity and specificity.
matrix-assisted laser desorption ionization - time of flight mass spectrometry; Escherichia coli; multilocussequence typing; mass spectra typing; ST131; ST405
R378.1
A
1009-7708(2016)04-0460-05
10.16718/j.1009-7708.2016.04.014
浙江省中醫(yī)藥管理局資助項(xiàng)目(2011ZA058);浙江省科學(xué)技術(shù)廳2014年度省公益性技術(shù)應(yīng)用研究計(jì)劃項(xiàng)目(2014C33191);浙江省科技廳公共衛(wèi)生監(jiān)測與突發(fā)事件處置關(guān)鍵技術(shù)研究科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目(2011R50021)。
1. 浙江大學(xué)附屬第二醫(yī)院檢驗(yàn)科,杭州 310009;2. 浙江省人民醫(yī)院。
黃永祿(1972—),男,碩士,主管技師,主要從事免疫方面研究。
張嶸,E-mail:brigitte_zx@163.com。
2015-09-17
2015-12-14