張盛勇,程安春,汪銘書
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小RNA病毒3A基因及其編碼蛋白研究進展
張盛勇,程安春,汪銘書
1.四川農業大學動物醫學院禽病防治研究中心,四川農業大學動物疫病與人類健康四川省重點實驗室,成都611130
摘要:小RNA病毒3A蛋白是病毒的非結構蛋白,本文主要介紹3A基因以及其編碼蛋白的特點,3A蛋白對細胞蛋白轉運中的作用以及與其他蛋白的相互作用,3A蛋白與ARF家族在囊泡運輸中作用的機制等。
關鍵詞:小RNA病毒;3A基因;3A蛋白
小RNA病毒科家族龐大,由29個屬50個種組成(http://www.ictvonline.org/)。根據小RNA病毒翻譯起始所必需的內部核糖體進入位點(Internal Ribosome Entry Site, IRES)元件的二級結構和生物學特征可以將其劃分為5個不同的型。Ⅰ型主要包括腸道病毒屬(Enterovirus),以脊髓灰質炎病毒(Poliovirus,PV)為典型;Ⅱ型包括口蹄疫病毒屬(Aphthovirus)和心病毒屬(Cardiovirus)等,以口蹄疫病毒(Foot and Mouth Disease Virus,FMDV)和腦心肌炎病毒(Encephalomyocarditisvirus,EMCV)為典型;Ⅲ型以肝病毒屬(Hepatovirus)的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV )為代表;Ⅳ型包括禽肝病毒屬(Avihepatovirus)等,以鴨肝炎病毒(Duck Hepatitis Virus ,DHV)為代表;近年被發現的4型主要包括嵴病毒屬(Kobuvirus)等中的成員[1-2]。小RNA病毒顆粒無囊膜,直徑約為30 nm,呈20面體對稱,外表光滑呈球形。病毒基因組沒有帽子結構,其RNA編碼一個多聚前蛋白,其后再由病毒自身所編碼的蛋白酶加工,使之成為成熟的蛋白。起初的切割將多聚蛋白分為3個區域,P1區、P2區和P3區。其中位于P1區的蛋白VP0(VP2和VP4)、VP1和VP3為結構蛋白,P2區裂解為2A、2B、2C蛋白,P3區裂解為3A、3B、3C和3D蛋白,P2和P3都為非結構蛋白,參與病毒的各項生命活動。其中3A蛋白是膜結合蛋白,主要起到錨定復制復合體、抑制宿主蛋白的分泌以及調節膜蛋白遞呈等作用,在病毒的復制中起到了相當重要的作用。本文就3A基因及其編碼蛋白的特點和相關功能進行綜述,以便對小RNA病毒病原的進一步研究工作打下基礎。
13A基因序列及其編碼蛋白特征
1.13A基因序列特征小RNA病毒基因組由單一正鏈RNA組成,大小約7.0 kb~8.5 kb。其中包括5′端非編碼區(Untranslate Region,5′UTR)和3′端非編碼區(3′UTR),基因組5′UTR長600 nt~1 300 nt,連接有一個病毒小蛋白VPg,3′UTR長約為45 nt~345 nt,基因3′端非編碼區具有poly A尾結構,在這兩者之間是病毒的僅有的開放閱讀框(Open Read Frame,ORF)。當病毒ORF在宿主細胞中表達出其多聚前蛋白后,被病毒自身所編碼的蛋白酶切割成為成熟的蛋白。在多聚蛋白近N段1/3處編碼病毒的結構蛋白(P1),組裝成病毒的衣殼。剩下2/3的部分則編碼病毒的非結構蛋白(P2,P3),主要參與對病毒復制所需的相關蛋白、宿主防御系統和宿主核糖體復合體等結構和功能進行調節,使病毒核酸在宿主細胞內得到完整的復制和翻譯。3A基因位于P3區,由于病毒的不同其基因序列上也存在一定的差異,如PV 3A基因含有261核苷酸,能夠編碼87氨基酸;鴨肝炎病毒(Duck Hepatitis Virus ,DHV)含有279核苷酸,編碼93氨基酸;口蹄疫病毒3A蛋白的C末端比其他的小RNA病毒都要長,總共含有459核苷酸,可以編碼153氨基酸的蛋白[3-5]。同樣是在口蹄疫病毒中,在97年臺灣的分離株上也發現C端附近有10個氨基酸缺失的毒株,并且之后的對其C端附近的氨基酸缺失的重組病毒的體外實驗中,都能連續穩定培養10代以上[6-8]。說明了小RNA病毒的3A基因序列在大小上是較為保守的,部分的差異體現在C端的長度差異,但這些差異對病毒的影響并不大。
1.23A基因編碼蛋白的特征小RNA病毒3A蛋白是其前體3AB蛋白的切割產物,3A和3B通常是以二聚體的狀態存在[9]。在3A蛋白C端都具有一段很強的疏水區,并且這個疏水區域是相當保守的。張廣宇等人在對FMDV毒株的研究發現,有6個α螺旋在蛋白前段形成了親水性強的內部疏水結構,而蛋白的后段則主要是由無規卷曲形成的疏水區[10]。González-Magaldi等人的研究也表明了,3A編碼區的前半部分也是比較保守的親水區域[11]。在PV的研究中進一步確定到了,3A蛋白在其C端有22個殘基組成的疏水結構域[3, 12]。3A蛋白的這種同時具有部分強疏水區和部分親水區的結構,使得其蛋白具有跨膜的功能,對其在病毒生命過程中的定位起到了決定性作用。
23A蛋白的功能
2.1蛋白質轉運抑制功能部分小RNA病毒的3A蛋白具有抑制蛋白質在高爾基體和內質網之間的雙向轉運功能,其中包括干擾素IFN-β、白細胞介素IL-6、白細胞介素IL-8、主要組織相容性復合體MHC-Ⅰ、腫瘤壞死因子TNF受體等宿主防御相關的分子[13-15]。例如在腸道病毒的免疫逃逸機制中,3A蛋白對內質網向高爾基體的蛋白轉運過程的抑制起著重要作用[16-17]。同樣在對柯薩奇病毒 B3(Coxsachievirus B3,CVB3) 3A蛋白的研究中也發現了其抑制蛋白從內質網到高爾基體的運輸[17-18]。
該機制下蛋白轉運被抑制的根本原因是內質網到高爾基體的雙向運輸被阻斷,而此雙向運輸功能是取決于外被蛋白Ⅰ(Coat Protein Ⅰ, COP Ⅰ)和外被蛋白II(coat protein II, COP II)的外包復合物的成功形成。COPⅠ募集到膜上是被GTP酶(Protein-synthesizing GTPases)作用的ADP核糖基化因子1(ADP-Ribosylation Factor 1,ARF1)嚴格控制的[12,19]。因此ARF-GDP 和ARF-GTP的正確調控是COP Ⅰ被募集到膜上的根本保證,也是雙向運輸的基礎。3A蛋白在細胞膜上能夠通過與高爾基體特異的BFA抗性因1 (Golgi-specific brefeldin A resistance factor 1,GBF1)的結合來阻斷ARF1的活化。結果導致COPⅠ不能被募集到膜上使得蛋白質運輸被抑制[20]。ElsWessels發現只有腸道病毒的3A蛋白能夠抑制COPⅠ募集到膜上,而在人鼻病毒、腦心肌炎病毒、口蹄疫病和甲型肝炎病毒的3A蛋白都不能抑制蛋白的轉運。與腸道病毒最為相似的輪狀病毒,本身不具備蛋白轉運抑制功能,但當其N端被CVB3 3A蛋白N端所取代后,使得重組病毒獲得了對GBF1的結合能力,能阻斷ARF1的活化,從而使得其具有蛋白轉運抑制能力。然而在之后的研究中又發現71型腸道病毒的3A蛋白無法抑制蛋白轉運[13]。該71型腸道病毒3A蛋白的第7位氨基酸有個非極性的脯氨酸,然而其他的腸病毒的第7位都是帶負電的氨基酸。由此認為71型腸道病毒3A蛋白不具備抑制蛋白轉運功能的主要原因有可能是該位點上氨基酸的改變所引起的,而其他的小RNA病毒在此位點上的氨基酸變化也有可能就是該抑制蛋白運輸功能喪失的原因,而對于該位點的確認還需要進一步的研究。
2.2作為3D聚合酶的錨定功能研究表明3A蛋白在膜相關復合體的表面與GBF1/ARF1和ACBD3結合并形成復合體后,吸引細胞中的磷脂酰肌醇4-激酶IIIβ(Phosphatidylinositol 4-Kinase Class III Beta,PI4KIIIβ)募集到這個復合體上,催化膜磷脂分子轉化為磷脂酰肌醇四磷酸(PI4P)[18,21-22]。隨后使得3D也被募集到被催化的膜上結合,并使得3D聚合酶活性的表現,進而開始病毒RNA的復制過程[23-25]。Jeffrey J. DeStefano等人的研究表明,3AB能夠促進3D聚合酶的合成,并且不會改變3D聚合酶的保真性[26]。在對PV的研究中發現,3AB蛋白可以直接結合到3CD前體蛋白上,然后能夠激活3CD蛋白的蛋白酶活性。所以認為3AB蛋白能在RNA復制復合物中作為3D 聚合酶的錨定[27]。而3AB蛋白與膜結合部位主要為3A的強疏水區,因此認為3A蛋白在RNA復制復合體的形成過程中,能將3D錨定到復制復合體上,并激活其聚合酶活性。
2.33A蛋白對病毒復制的影響非結構蛋白的功能往往與病毒整個生命周期都有著重要的關聯。作為小RNA病毒非結構蛋白之一的3A蛋白,其在病毒復制中起著非常重要的作用。有大量研究表明3A蛋白幾個堿基的突變會導致病毒RNA復制的受阻,可見3A蛋白是病毒RNA復制的關鍵。其強疏水區使得其可直接作用于膜系統,成功的與膜結合是病毒RNA復制復合體形成的基礎[28]。這使得其在病毒RNA復制的準備階段中發揮著重要作用。在PV 3A蛋白和3CD蛋白中,George A等人使用海拉細胞提取的體外培養系統中發現3A蛋白能與GBF1/ARF蛋白作用募集PI4Kβ到膜上形成復制復合體的功能[29]。大量的實驗也表明3A蛋白還能與高爾基蛋白ACBD3相互作用來募集PI4Kβ到復制位點,該兩種不同的途徑是相互獨立的[21,30-32]。無論是通過何種途徑3A蛋白在小RNA病毒復制過程中都起到了相當關鍵的作用。
33A蛋白與其他蛋白的作用
3.13A與3B的共同作用小RNA病毒3A蛋白能將復制復合體錨定到其改造好的膜上,功能活性與3B蛋白有著密切的聯系。3A蛋白和3B蛋白的前體3AB蛋白是一個多功能蛋白。在體外實驗中發現3AB蛋白能以輔助因子的身份來激活3D聚合酶[28]。大量研究表明3AB蛋白具還有雙螺旋去穩定功能。3AB的螺旋去穩定性是沒有特異性的,可以作用于DNA雙鏈、RNA雙鏈以及RNA和DNA的雜交雙鏈,并且該活性不存在方向性。能使RNA鏈不穩定,促進RNA鏈的退火,這表明3AB蛋白具有核酸分子伴侶活性[33]。而單獨的3A和3B都不具備激活3D聚合酶活性和核酸伴侶活性。對腸道病毒的研究中進一步將其活性位點定位到了3A蛋白C末端的7個氨基酸和3B蛋白所組成的3B+7蛋白,該3B+7蛋白有著幾乎與3AB蛋白相同的核酸分子伴侶活性。由此說明3A與3B蛋白的共同作用對于其核酸伴侶活性是必須的。由于小RNA病毒3A蛋白C端的差別較大,是否其核酸分子伴侶活性位點都集中于3B+7還需進一步驗證,但可以肯定的是該活性的正常發揮是需要3A和3B蛋白共同作用的。
3.23A蛋白與GBF1/ARF相互作用小RNA病毒3A蛋白所引起的蛋白運輸抑制的主要原因是細胞的囊泡運輸受到了阻礙。囊泡運輸受多種因子調控,大量研究證明3A蛋白主要影響的是囊泡運輸中ARF家族蛋白的重排[34]。ARF空間結構相對保守,ARF的構象上能夠在有活性的ARF-GTP和無活性ARF-GDP轉換[35-36]。當ARF結合GTP后其N末端的α螺旋可以插入到內質網膜內, GTP-ARF與內質網膜結合后激活外被蛋白裝配途徑[37]。接下來外被蛋白的結合到內質網并與GTP-ARF相間形成被膜小窩。然后在受體膜上ARF活化磷脂酶D(PLD), 導致了囊泡與靶膜的特異性融合,在與靶膜的融合中囊泡ARF-GTP復合物和外被蛋白會被洗脫下來。但ARF并沒有GTP 酶的活性, 只有當ARF同靶膜上的GTP酶活化蛋白(GTPase-Activating Proteins,GAPs)作用才能使ARF-GTP 轉化為ARF-GDP,從而完成整個循環。因此ARF家族蛋白不同構象的成功轉換是細胞正常蛋白轉運的基礎。3A蛋白通過對 GBF1的募集,使得ARF一直處于有活性的ARF-GTP狀態,而非活性狀態的ARF-GDP無法產生,使得囊泡無法與內質網結合。3A蛋白與GBF1/ARF相互作用,最終使得宿主蛋白的轉運被抑制。
4展望
小RNA病毒入侵宿主后能將宿主的膜改造,然后在被改造后的膜上復制其自身RNA,并將其積聚在被感細胞的細胞質里。在整個過程中3A蛋白是通過何種機制調節來實現通過GBF1抑制ARF家族蛋白的活化來抑制蛋白的運輸,同時又通過募集GBF1到膜上形成復制復合體完成自身的復制,這都是不明確的。但是兩者都很清晰地反應了,3A蛋白在病毒復制的整個過程中起重要的作用。也有人提出這些膜的改造是由于病毒2BC蛋白與3A蛋白共同作用使得分泌途徑變化,然而具體的機制尚未被闡明。細胞中具有很多microRNAs以及其他的宿主蛋白,其中是否存在能影響小RNA病毒3A蛋白功能發揮的因素還不清楚,有待進一步研究。
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DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2016.02.016
通訊作者:汪銘書,Email:mshwang@163.com
Corresponding authors: Wang Ming-shu, Email: mshwang@163.com
中圖分類號:R374
文獻標識碼:A
文章編號:1002-2694(2016)02-0177-05
收稿日期:2015-09-21;修回日期:2015-11-26
Research progress in 3a gene of picornaviridae and its encoded protein
ZHANG Sheng-yong,CHENG An-chun,WANG Ming-shu
(Avian Diseases Research Center, College of Veterinary Medicine, Sichuan Agricultural University/KeyLaboratoryofAnimalDiseasesandHumanHealthofSichuanProvince/InstituteofPreventiveVeterinaryMedicine,SichuanAgriculturalUniversity,Chengdu611130,China)
Abstract:Picornaviridae protein 3A is a non-structural protein of the virus.This article mainly introduced the characteristics of 3A gene and its encoding protein,the role of cell protein transport and interaction with other proteins. ARF family protein and 3A protein in the vesicles transportation synthetically discusses the interaction mechanism and so on.
Keywords:picornaviridae; 3A gene; 3A protein
國家自然科學基金(No.3147223)、國家科技支撐計劃(No. 2015BAD12B05)和國家現代農業(水禽)產業技術體系(CARS-43-8)聯合資助
Supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 3147223) and the National Technological Support Projects of China (No. 2015BAD12B05)