基于不同裂解液的蛋白質組樣品制備方法的比較研究

孫寧寧　王子健　高祥　程欣　孫萬春　楊靜波　劉寧

摘 要 蛋白質組學研究所面臨的首要問題就是蛋白質組的樣品制備， 而不同的樣品制備方案針對細胞、組織等樣品的裂解能力， 以及對不同種類蛋白的溶解能力會有很大的差異。本研究以培養的293T細胞為對象， 利用質譜分析鑒定蛋白的方法， 比較了采用3種常用的蛋白質組樣品制備方法（Triton X100法、尿素法和TRIzol法）所提取蛋白種類的差異， 并利用生物信息學工具對所得數據進行了分析。結果表明， Triton X100法和尿素法所提取蛋白的鑒定數目接近， 而TRIzol法所提取蛋白的鑒定數目比二者減少約8%。從所鑒定的蛋白種類來看， 3種方法相差較大， 僅約有32%的蛋白為3種方法所共有， 生物學功能也不盡相同。本研究為評價各種蛋白質組樣品制備方法提供了一種快速、有效、全面的研究方法。

關鍵詞 蛋白質組； 樣品制備； 尿素； 曲拉通 X100； TRIzol； 液相色譜質譜聯用endprint