阿爾茨海默癥miRNA靶基因預測研究

孔 薇, 張 昕, 牟曉陽

(1. 上海海事大學信息工程學院， 上海 201306; 2. 美國羅文大學生物化學系， 新澤西 08028)

阿爾茨海默癥miRNA靶基因預測研究

孔 薇1, 張 昕1, 牟曉陽2

(1. 上海海事大學信息工程學院， 上海 201306; 2. 美國羅文大學生物化學系， 新澤西 08028)

為深入了解阿爾茨海默癥的發病機制， 利用匹配的基因表達數據和miRNA表達數據， 對miRNA的靶基因進行預測分析. 首先對選擇出的差異表達miRNA進行靶基因預測； 然后利用HCTarget算法驗證預測的靶基因； 最后對miRNA及其靶基因構建調控網絡. 調控網絡中包含11個已確定的與AD有關的miRNA及6個AD致病基因. 通過分析網絡發現miRNA及其靶基因在正常與患病兩種情況下的活性變化趨勢， 生物學分析也證實了它們在AD中的重要作用， 為AD發病機制研究提供了依據.

微小RNA； 阿爾茨海默癥； 靶基因； 預測； HCTarget算法

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阿爾茨海默癥(Alzheimer’s disease, AD)是一種典型的中樞神經退行性疾病， 以進行性癡呆為主要臨床表現. AD的特征性病理改變為大腦皮層及腦區的纖維蛋白沉積， 即細胞外間隙的β淀粉樣蛋白(β-amyloid,β-A)和細胞內多聚Tau蛋白的沉積， 病理形態學上分別表現為老年斑(SP)和神經纖維纏結(NFT)[1-2]. 近年來對AD的生物信息學研究主要集中在基因表達數據的處理、 基因調控網絡的構建等方面. 隨著miRNA研究的深入， 其在AD發生發展中的作用也漸漸為人們重視. miRNA對AD發生發展的影響涉及到對APP、 BACE1、 神經元的凋亡等多環節的調控作用[3-5]. 融合基因表達數據和匹配的miRNA數據， 進行miRNA靶基因預測并構建miRNA—基因調控網絡.

miRNAs(micro RNAs)是一類能在轉錄……