菰SRAP—PCR反應體系的優化與建立

任緒瑞 劉艷玲 楊美 陳媛媛 王冬良 陳友根

摘 要 利用單因素分析法對影響菰SRAP-PCR擴增效果的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、DNA模板和引物濃度5種因素進行了優化。結果表明：建立了適合菰基因組的SRAP-PCR的體系：1 μL 10×Buffer、0.5 U Taq DNA聚合酶、2 mmol/L MgCl2、50 ng模板DNA、0.20 mmol/L dNTPs、正反向引物的濃度各為0.7 μmol/L，共10 μL。選取5對引物，利用該體系對72份菰樣本進行PCR擴增，共獲得132條清晰的譜帶，其中91條具有多態性，比率為68.9%。菰SRAP-PCR反應體系的優化和建立將為利用該標記進行種質遺傳多樣性分析和連鎖圖譜構建等研究提供技術支持。

關鍵詞 菰；SRAP；PCR反應體系；優化

中圖分類號 S511.9 文獻標識碼 A

SRAP（Sequence-related amplified polymorphism，序列相關擴增多態性）是一種不同于RAPD、SSR、AFLP、SNP的分子標記方法，由美國加州大學作物系的Li等[1]于2001年從蕓苔屬（Brassica L.）植物中研發而來。該標記因具有穩定、簡單和易于測序等特性而被廣泛應用于植物的品種鑒定[2]、遺傳多樣性分析[3]、遺傳圖譜構建[4-5]等研究，其研究對象涉及果樹[6]、蔬菜[7-8]和糧食作物[9]等。

菰（Zizania latifolia Turcz.），是稻族（Oryzeae）菰屬（Zizania L.）的多年生挺水禾草，具有廣泛的利用價值。菰的莖葉是優良的飼料，其嫩莖經過黑粉菌（Ustilago esculenta P. Henn）感染后成為中國重要的水生蔬菜茭白[10]。由于菰和水稻（Oryza sativa L.）親緣關系較近，且菰具有高產、抗逆性強等優點，是水稻品種改良的重要種質資源[11]。野生菰分布廣泛，在許多濕地中是優勢種或建群種[12]，對于湖岸帶的穩定具有重要的生態功能。雖然野生菰資源具有重要的育種價值和生態功能，目前關于菰野生種群的遺傳多樣性研究卻十分有限，應用的標記有Adh1a序列[13]和SSR標記[14]。SRAP作為一種新型分子標記，雖然在菰品種資源的遺傳變異分析中得到初步應用，但其擴增條帶產率和多態比率都較低[15]，其反應體系尚需優化?！?br>